От Сысой Ответить на сообщение
К Дмитрий Кропотов Ответить по почте
Дата 08.12.2004 18:32:42 Найти в дереве
Рубрики Прочее; Россия-СССР; Версия для печати

Вы неправы, т.к. это лишь ваше предположение ...

Здравствуйте!

>Иначе они - не часы.

Часы-часы, потому как для разных групп генов имеется своя скорость мутаций, также как и для основных таксонов живых существ. И это давно известно, скажем разные скорости мутаций в мтДНК и аутосомных генах. Поэтому глобальных молекулярных часов для всех абсолютно генов не существует. Существуют локальные молекулярные часы, на сонове которых и ведется подсчет. Кстати, основатель теории нейтральной эволюции, прямо относящейся к молекулярным часам, Кимура еще в начале 80-х принял теорию локальных молекулярных часов. Если вы посмотрите на современные публикации по теме, то именно локальные молекулярные часы являются наиболее общепринятой теорией. Скажем общеизвестный случай с Д-петлей в мтДНК - там скорость мутаций выше и ни для кого это не новость, также как и гипервариабельные участки ДНК, контролирующие продукцию антител.
Заявлять о разной скорости мутаций в разных участках ДНК у раных видов как о какой-то новости - ломиться в открытую дверь.

>И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
>"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "

Так все правильно. Порядок указан правильно, далее специфицировано, что часы могут быть для гена, и для генома. Также указано, что постоянство скорости мутаций не абсолютно (т.к. для слова "относительно" не указан объект), т.е. могут варьировать в каких-то пределах. Для генома часы(конечно грубые) могут быть получены усреднением мутаций по всем сайтам (хотя этого прямо и не сказано). Ваше утверждение о посотянстве скорости мутаций во всех участках ДНК не просматривется в вышеприведенной цитате.

>О том, что предположение о постоянстве скорости мутаций - слабое место метода анализа митДНК - я вам неоднократно указывал, и ссылку эту давал:
>"The rate of mtDNA mutation is not well known. A study by Parsons et al. (1997) found a rate 20 times higher than that calculated from other sources. In an article reviewing mtDNA research, Strauss (1999a) reports that mtDNA mutation rates differ in some groups of animals, and can even vary dramatically in single lineages"
> http://www.talkorigins.org/faqs/homs/mtDNA.html

Предположение о постоянстве скорости мутаций уже давно в прошлом, как я вам уже указал, тем более, чтов гордом одиночестве расчеты по мутациям и не используются. Скорости определенные по генетическому анализу калибруются по палеонтологическим находкам.
Приведенная вами фраза может быть истолкована по разному. Например:
The rate of mtDNA mutation is not well known. может быть понята и в том смысле что неизвестна точно скорость всех участков мтДНК, т.к. скорость мутаций в управляющих последовательностях HRVII и HRVI вполне хорошо известна. Также, как мы видим, работа Страусса является обзором, т.е. сведения о разнице скорости мутаций у разных групп животных давно и хорошо всем известна.
Более того, данные Parsons не могут быть воспроизведены другими учеными, среди которых и знаменитый M.Stoneking, что отражено в публикации 1998 года:
Mitochondrial mutation rate revisited: hot spots and polymorphism. Nature Genetics 18, 109 - 110.

>>> Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
>>Хамство не украшает. Запросы авторам статей по генетической датировке я послал, также и людям, сведующим в рассчетах скорости эволюции.
>В чем тут вы видите хамство? В том, что я оказался прав, выдвинув версию о вашей загруженности?

Причем здесь слово версия? Я вам сообщил про свою загруженность до вашей так называемой "версии"
В контексте вашей фразы Сысой, уже высказался, причем по заметке, приведенной в сообщении выше не сказал ничего. Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
А Александр и того не собирается. никакой версии о загруженности нет, а есть инсинуации по поводу намерений оппонентов.

>>Так что не надо дергаться. Сидите и ждите, пока вам ответят.
>>Быстрота-то она нужна лишь при ловле блох и при поносе.
>Это, надо полагать, не хамство?
>Вопрос об извинениях с вашей стороны, видимо, будет риторическим.

Сначала ожидаю их от вас.

>Зато я знаю, что они проводились в предположении
>а)что скорость накопления мутаций в митДНК хорошо известна (см. выше - это упоминается как слабость метода)

Это лишь ваше предположение - не более того. Работы проводилиось по двум локусам, для которых известны скорости мутаций, а не по всей мтДНК.

>б)методика эта названа "молекулярными часами"

У этой методики очень много вариантов. И чтобы судить о адекватности, надо представлять каким образом был произведен расчет и при каких допущениях.

>в)результаты применения этой методики на всем участке 600тыс.-наст.время дают прямую пропорциональную зависимость число различий-время расхождения ветвей. Единственное исключение - время расхождения человек-шимпанзе - 5-8 млн.лет. Тут предполагается иной наклон прямой, нежели при анализе времени расхождения человек-неандерталец и человек-человек.

Если вы не знаете примененной методики, то вы не можете говорить о прямой зависимости и наклонах кривой, т.к. первичные данные вы не анализировали. Обычно в таких случаях спрашивают авторов или специалистов по эволюционной генетике. Запросы я послал.

>Все эти методики выдают в результате прямую, которую я вижу по двум точкам - 8 различий для совр. людей дают 200 тыс. лет, в три раза большее число различий для неандертальцев - дают и в три раза больший срок - 600 тыс. лет. Иначе употреблять эпитет "молекулярные часы" по отношению к методу определения этих датировок не было бы нужды. Часы, знаете ли, _равномерно_ отмеряют равные промежутки времени, потому они и часы.

Вы не можете говорить о всех методиках, т.к. далеко не все они дают прямую, из-за явления насыщения мутаций. Тем более, если вы сами же приводите цитаты о разной скорости мутаций у разных видов, то говорить о какой-то абсолютной прямой без поправок не приходится.
Как я уже указывал, существует множество версий молекулярных часов и сводить все к одному эпитету несколько неадекватно. Часы, знаете ли, они разные бывают, тем более что для проверки их точности проводят калибровку по палеонтологическим данным.

>Никакими ссылками на "методику" вы этого факта не опровергнете.

Т.е. вы боитесь услышать ответы специалистов по теме, где бы они рассказали о свои методиках, и хотите завершить спор до этих комментариев. Я правильно понял?

>>Поэтому самым благоразумным было бы подождать ответов специалистов в рассчете скорости эволюции.
>Мы от вас уже много чего ждем, не так давно вы обещали интервью взять у генетика И.А.Захарова,
> http://vif2ne.org/nvz/forum/3/archive/95/95682.htm
> я даже вопросы подготовил - и в результате - ни ответа ни привета.
>Даже формальных извинений дать не удосужились - дескать, не получилось - уж так загружены, так загружены... :)

Обращайтесь к академику Захарову. Ваши вопросы были переданы, но ответа я не получил. И за что я должен извиняться? На себя оборотитесь ...

>Не удивлюсь, что и эта тема тихо умрет с вашей стороны - сказать что-нибудь по-существу не получится, или ответа от своих корреспондентов так и не дождетесь.
>Я, со своей стороны, чтобы вы не забыли - подниму ветку в корень.

Хамство - ваша вторая натура. Из этой фразы можно сделать вывод, что ни о какой "версии о загруженности" не шла в ваших инсинуациях поводу оппонентов, а имела тот же примерно смысл, что и эта. Если вы боитесь и хотите спор завершить - так и скажите.

>>Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.
>
>Вы не указали датировок, к которым они пришли. Как укажете - так, думаю, и увидим, что это вариация на ту же тему "молекулярных часов", который идут с постоянной скоростью.
>Чтож не указали датировок? Откуда такая избирательность - вроде бы что-то сказать, и в то же время ничего не сказать?

Хамим потихоньку... Болезнь жто у вас, батенька, болезнь ...
О данных так не спрашивают. Для тех кто в танке повторяем, что анализирован был сайт с иной скоростью мутаций, что ясно видно из данных, и показывает неадекватность вашего утверждения об использовании концепции универсальных молекулярных часов для всех генов. А датировки я приведу (хотя разговаривать с таким хамьем и неприятно): шимпанзе/человек 4-5 млн. лет назад, человек/неандерталец 465 (317-744) тыс. лет назад, человек/человек 163 (111-260) тыс. лет назад.

> Если для вас упоминание "программных пакетов" служит увеличивающим авторитетность исследования признаком - то для меня - наоборот, слишком уж я хорошо знаю эту кухню.

Опять грязные инсинуации по поводу оппонента. Нехорошо ...

>>Сомнений в калибровке и датировке дат расхождения ненадертальцев и людей пока я нигде в журналах не обнаружил даже среди сторонников мультирегиональной гипотезы (Воплофф, Смит, Темплетон), что говорит об адекватной методологии работ. На данный момент мне представляется несколько невероятной ситуация "все ученые дураки, один Дмитрий умный". Так что подождем - увидим ...
>Не все, далеко не все. Отзывы специалистов, полагавших генетический анализ недостоверным я привел
> http://vif2ne.org/nvz/forum/3/co/132524.htm

Вы привели лишь общие фразы, а не какие-то ссылки на недостоверность анализа ДНК неандертальцев.


>Таким образом, у вас остался один аргумент - дескать, генетики использовали особые методики анализа генетических данных, которые оправдывают их правильность.

Так они и использовали особые методики. Только вам это не нужно, т.к. вы не стремитесь разобраться в данных и почему ученые считают эти датировки достоверными. Вы лишь продавливаете свое понимание анализа безо всяких к тому оснований.

>Понимаете, это полная капитуляция с вашей стороны, как бы вам не хотелось обратного.

Это больше похоже на жуткий страх с вашей стороны, что что-то может оказаться не по-вашему. Недаром вы педалируете так усиленно, стремитесь нахамить оппоненту и закончить спор до ответа специалистов, чтобы выглядеть победившей стороной.


> Датировка расхождения линий шимпанзе и совр. человека сейчас принимается примерно в 5-8 млн. лет. Все эти ваши методики и данные не могут ей противоречить.

Конечно не могут, они берут эту дату как калибровочную.

> Второй дате, которой не могут противоречить ваши данные является сакраментальные 130-200 тыс. лет возникновения человека совр. типа в Африке.

Т.е. вы согласны и с этой датой?

> И вывод один - либо авторы просто взяли разные методики (например, приняв скорость мутаций на ветви человек-шимпанзе иной, чем на ветви человек-неандерталец и человек-человек),

В том и вопрос, чтобы выяснить как считали авторы. Если не разбираться в методике, то можно сесть в большую лужу. Если взять кусочек ткани у животного, обработать его для биохимического исследования, а затем посмотреть в микроскоп, как она устроена, то можно сделать "эпохальное открытие" - ткани живого организма имеют бесклеточную структуру.
Или еще можно и так делать опровержения:
http://nauka.relis.ru/cgi/nauka.pl?50+0405+50405126+html

> либо не увидели этого противоречия - неприменимости концепции "молекулярных часов".

Это вряд ли ... Система анонимного рецензирования не позволяет пропускать в печать очевидные ляпы.


>Итак, если считать, что 93.4 различия соответствует 6.5 млн.лет расхождения шимпанзе-человек, то неандертальцы выделились 2.5 млн. лет, а совр. человек появился 760 тыс. лет назад - ну никак 200 тыс. лет не получается, если данные не подгонять в угоду моде и господствующему мнению :)

Вы не поняли данных. Посмотрите внимательнее, ненадертальцы и люди находятся на примерно на одном и том же расстоянии от шимпанзе, т.е. ваша методика подсчета неадекватна.

И причем здесь подгон? Просто вы используете модель молекулярной эволюции, которая не соответствует реальности, основываясь на предположении о прямой линейной зависимости и глобальных молекулярных часах.

Слова про подгон можно лишь интерпретировать как завуалированный страх, т.к. это попытка опорочить оппонента до того как он привел модели и основания для рассчетов.