От Дмитрий Кропотов Ответить на сообщение
К Сысой Ответить по почте
Дата 08.12.2004 11:36:05 Найти в дереве
Рубрики Прочее; Россия-СССР; Версия для печати

Молекулярные часы должны идти всегда одинаково

Привет!
Иначе они - не часы.
И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "

О том, что предположение о постоянстве скорости мутаций - слабое место метода анализа митДНК - я вам неоднократно указывал, и ссылку эту давал:
"The rate of mtDNA mutation is not well known. A study by Parsons et al. (1997) found a rate 20 times higher than that calculated from other sources. In an article reviewing mtDNA research, Strauss (1999a) reports that mtDNA mutation rates differ in some groups of animals, and can even vary dramatically in single lineages"
http://www.talkorigins.org/faqs/homs/mtDNA.html

>> Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
>Хамство не украшает. Запросы авторам статей по генетической датировке я послал, также и людям, сведующим в рассчетах скорости эволюции.
В чем тут вы видите хамство? В том, что я оказался прав, выдвинув версию о вашей загруженности?

>Так что не надо дергаться. Сидите и ждите, пока вам ответят.
>Быстрота-то она нужна лишь при ловле блох и при поносе.
Это, надо полагать, не хамство?
Вопрос об извинениях с вашей стороны, видимо, будет риторическим.

>> Ведь никаких особых сложностей в моем сообщении нету. Это просто здравый смысл, применять который всегда призывает Сергей Георгиевич.
>Сложностей в вашем сообщении нету, это да. Но дело в том что вы не знаете по какой методике были проведены рассчеты, и я не знаю.
Зато я знаю, что они проводились в предположении
а)что скорость накопления мутаций в митДНК хорошо известна (см. выше - это упоминается как слабость метода)
б)методика эта названа "молекулярными часами"
в)результаты применения этой методики
на всем участке 600тыс.-наст.время дают прямую пропорциональную зависимость число различий-время расхождения ветвей. Единственное исключение - время расхождения человек-шимпанзе - 5-8 млн.лет. Тут предполагается иной наклон прямой, нежели при анализе времени расхождения человек-неандерталец и человек-человек.

Все эти методики выдают в результате прямую, которую я вижу по двум точкам - 8 различий для совр. людей дают 200 тыс. лет, в три раза большее число различий для неандертальцев - дают и в три раза больший срок - 600 тыс. лет. Иначе употреблять эпитет "молекулярные часы" по отношению к методу определения этих датировок не было бы нужды. Часы, знаете ли, _равномерно_ отмеряют равные промежутки времени, потому они и часы.

Никакими ссылками на "методику" вы этого факта не опровергнете.

>Поэтому самым благоразумным было бы подождать ответов специалистов в рассчете скорости эволюции.
Мы от вас уже много чего ждем, не так давно вы обещали интервью взять у генетика И.А.Захарова,
https://vif2ne.org/nvz/forum/3/archive/95/95682.htm
я даже вопросы подготовил - и в результате - ни ответа ни привета.
Даже формальных извинений дать не удосужились - дескать, не получилось - уж так загружены, так загружены... :)

Не удивлюсь, что и эта тема тихо умрет с вашей стороны - сказать что-нибудь по-существу не получится, или ответа от своих корреспондентов так и не дождетесь.
Я, со своей стороны, чтобы вы не забыли - подниму ветку в корень.

>Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.

Вы не указали датировок, к которым они пришли. Как укажете - так, думаю, и увидим, что это вариация на ту же тему "молекулярных часов", который идут с постоянной скоростью.
Чтож не указали датировок? Откуда такая избирательность - вроде бы что-то сказать, и в то же время ничего не сказать?

>Очевидно, что линейный расчет здесь не поможет, в статьях идут ссылки на модели построения филогенеза и использования программных пакетов, но принципы не указаны, т.к. они предполагаются базовыми для эволюционных генетиков.
Посмотрим. Если для вас упоминание "программных пакетов" служит увеличивающим авторитетность исследования признаком - то для меня - наоборот, слишком уж я хорошо знаю эту кухню.

>Поэтому благоразумнее будет подождать ответа авторов статей. Кстати, третья неандертальская последовательность из станицы Межмайской была проанализирована и с участием наших специалистов из Института гериатрии (Игорь Овчинников), Института археологии (Галина Романова), Института и Музея антропологии МГУ (Виталий Харитонов). Можно спросить и их, если кто-нибудь знает контактные данные.
Я, к сожалению, не знаю.

>Сомнений в калибровке и датировке дат расхождения ненадертальцев и людей пока я нигде в журналах не обнаружил даже среди сторонников мультирегиональной гипотезы (Воплофф, Смит, Темплетон), что говорит об адекватной методологии работ. На данный момент мне представляется несколько невероятной ситуация "все ученые дураки, один Дмитрий умный". Так что подождем - увидим ...
Не все, далеко не все. Отзывы специалистов, полагавших генетический анализ недостоверным я привел
https://vif2ne.org/nvz/forum/3/co/132524.htm


И, посмотрите, например, в биографии Вилсона, первопроходца генетических датировок - как встретили его датировки антропологи:
http://awcmee.massey.ac.nz/aw.htm

Таким образом, у вас остался один аргумент - дескать, генетики использовали особые методики анализа генетических данных, которые оправдывают их правильность. Ну выкатите вы ссылку, что использовалась "методика Х". Вряд ли там будет что-то более примечательное, нежели просто название и пара общих слов о сути. Но результат-то очевиден - эта методика на двух точках, различающихся в 3 раза по числу различий в геноме, дает сроки, тоже различающиеся в 3 раза - 600 тыс. лет для неандертальцев и 200 тыс. лет для совр. людей. Другого она дать не может, поскольку эти цифры сейчас общеприняты, сомневаться в них - большой грех :) Следовательно, по крайней мере, для интересующего нас периода, методика вырождается в прямую пропорциональность, неизбежно приводящую к противоречиям при попытке продолжить ее дальше. Можно, конечно, не продолжать - ограничиться только этими точкам, но чего тогда стоит эта методика? Что и требовалось доказать.

Понимаете, это полная капитуляция с вашей стороны, как бы вам не хотелось обратного. Датировка расхождения линий шимпанзе и совр. человека сейчас принимается примерно в 5-8 млн. лет. Все эти ваши методики и данные не могут ей противоречить. Второй дате, которой не могут противоречить ваши данные является сакраментальные 130-200 тыс. лет возникновения человека совр. типа в Африке. И вывод один - либо авторы просто взяли разные методики (например, приняв скорость мутаций на ветви человек-шимпанзе иной, чем на ветви человек-неандерталец и человек-человек), либо не увидели этого противоречия - неприменимости концепции "молекулярных часов".

По вашим данным:
Разница между человеческими популяциями 10,9 человек/ненадерталец - 35,2 (в 3.2 раза больше); человек/шимпанзе - 93,4 (2.7 раза больше)

Итак, если считать, что 93.4 различия соответствует 6.5 млн.лет расхождения шимпанзе-человек, то неандертальцы выделились 2.5 млн. лет, а совр. человек появился 760 тыс. лет назад - ну никак 200 тыс. лет не получается, если данные не подгонять в угоду моде и господствующему мнению :)


Дмитрий Кропотов, www.avn-chel.nm.ru