Хрущев вовремя заметил проблему ведомственности. Но с диалектикой у него было плохо. Он старался противоречиями не управлять, а устранять их. В военные годы равновесие в борьбе между партией и Советами было нарушено в пользу третьего нового участника – ведомств. Можно было использовать естественное противоречие между государственными органами: территориальными (Советами) и экстерриториальными (ведомствами). А на роль третьего, управляющего со стороны, вывести партию, соединяющую в себе и территориальный и экстерриториальный принципы. Всего то нужно было вывести партию из числа государственных органов и управлять через идеологические рычаги.
Хрущев попытался устранить противоречие самым простым образом – объединив ведомственные органы по территориальному признаку под началом местных партийных комитетов (двойное подчинение). За основу брались территории, нарезанные во время борьбы с сепаратистами, а не территориально-энергетические комплексы. На партию были возложены несвойственные ей функции непосредственного управления народным хозяйством. Идеологические задачи были отодвинуты на второй план. Было нарушено единство управления внутри ведомств. Проектное управление было заменено территориальным. Совнархозы распустили, но рубеж был пройден – партия стала идеологическим придатком к ведомственному государственному аппарату, а Советы были низведены на роль органов местного самоуправления.