Насчёт Понтрягина. Согласно ещё одной легенде, его вызвали на заседание Политбюро и сказали, что надо решить такой-то круг задач. Так что тут действительно шло от практической постановки к построению теории. Однако, теория не была бы построена, если бы до этого 30 с лишним лет в стране не развивался функциональный анализ. В Советском Союзе школа его была и в 20-30-х гг., писались учебники, по мере роста науки её основы вводились в программы университетов. Я не знаю, как финансировались эти исследования и как учёные получали зарплату - как преподаватели, прикладники или фундаментальщики. (Кстати, финансирование фундаментальной науки - это не только зарплата, но и соответствующие научные издания для публикаций, конференции и т.д.) Причём внутри группы советских учёных по функциональному анализу шла та же непригляднейшая грызня с использованием обвинений в некоммунистичности, что и в других областях. (В отличие от биологии, не шло речи о том, что одни были более правы, чем другие, а просто о том, что все сволочи.)
И ещё. Для того, чтобы Политбюро вызвало к себе именно Понтрягина, а не кого-то ещё, нужна определённая научная структура, распределяющая задачи. То есть на подхвате у Политбюро должен был быть специалист наверху Академии Наук, который смог бы понять, что задача относится к такому-то направлению исследования дифференциальных уравнений, что надо привлекать функциональный анализ и что надо звать именно Понтрягина.
А вообще одним-двумя примерами здесь не обойдёшься. Тут нужно исследовать тысячи случаев. Учёные молчат, как партизаны, когда у них прямо спрашиваешь, как получилось, что их фундаментальное исследование пригодилось на практике несколько лет спустя. (То есть даже когда пригодилось, они ссылаются на эстетическую красоту теории с самого начала.) Подозреваю, что для полного исследования вопроса нужен властный ресурс. Или специалист, занимавшийся этим много лет ещё в советское время.