>В этой цитате, признанной, в общем, правильной не раскрывается схема заражения. Возможно, она ещё и не выяснена,
Вы абсолютно правы. Она еще до конца не ясна, в учебники включать пока еще рано.
>патогенный белок в пищеварительном тракте человека не хочет перевариваться, расщепляясь до аминокислот?
Снова - бинго. Совершенно справедливо - протеазы его не расщепляют, лишь откусывают маленький кусочек с одного конца.
Другими словами есть две его формы: одна - нормальная, с какой-то неизвестной функцией, а другая - нехорошая. Этот нехороший конформант образует нерастворимые тяжи - амилоидные фибриллы, которые накапливаются в нервной ткани, т.к. их нельзя уничтожить. Как все происходит точно - вам никто не скажет, но гибнет большое количество нейронов, образуются вакуоли в мозге. На последних стадиях мозг выглядит как губка.
>Или патогенными являются и
аминокислотные недорасщеплённые фрагменты?
Нет, короткие пептиды (менее 100АК) патогенными не являются.
>У жвачных, понятней (желудок и пр. приспособлен больше к расщеплению растительной пищи)
Это не имеет значения, т.к. сей вредный белок (в плохой своей ипостаси) не расщепляется ни одним на сегодня известным ферментом.