Реально оценить потери афганского населения очень сложно, почти не возможно. Но если была хоть какая-то статистика о численности населения Афганистана по годам или, еще лучше, статистика смертности по годам, то я думаю был бы логичен такой подход:
Сравнить потери по годам за период перед вводом советских войск, во время нахождения там советских войск и период после вывода советских войск. Если среднегодовые потери афганцев при советских войсках выше чем без них, то это превышение и будет наш вклад в потери афганцев. А если они были при нас ниже, то надо вести речь не об уничтоженных афганцах, а о спасенных.