>какие службы и организации, и каким образом должны с этим бороться?
Прежде всего санитарно-эпидемиологическая служба и видимо МЧС.
> Есть ли какие нибудь утвержденные документы, планы и т.д. на этот случай?
Естественно. Более того - как ни крути а на южных границах эта война (бактериологическая) не прекращается уже многие десятилетия - тушканчики, хорьки и прочие больные хомяки - бегают.
Да и собственно - если б не работала эта служба мы бы уже давно передохли от ящура, ботулизма и клещевого энцефалита.
>Скажем город от 100 до 500 тысяч населения, лето, появляется несколько случаев заболевания неизвестым (или известным, но в более тяжелой форме)заболеванием.
>Кто, с какого момента и что должен делать?
Это называется "поведение карантинных мероприятий" начинает проводить медслужба с момента госпитализации такого больного - далее в зависимости от серьезности заболевания есс-но могут привлекаться силовые структуры и сми.