Главное - два двигателя дают меньший вес при той же площади входного сечения.
Остальное - составляющие второго порядка.
Например то, что два двигателя располагаются более "плоско", поэтому их легче вписать в фюзеляж, создающий подъемную силу, вроде МиГ-29 и Су-27.
Ну и надежность - немаловажный фактор.
А так, понятно, все определяется потребной тягой. Если нужна небольшая тяга - лучше использовать один двигатель. Если тяга нужна большая - лучше ставить два.
