мы, будучи студентами, тоже так думали :) А вот прочнист нам тогда привел простой пример - два фюзеляжа и как варианты - два независимых ГО (как тут) и одно общее.
Представим, что один фюзеляж упруго деформируется по Z (для такой громадины это особо актуально). Что происходит? В первом случае - ничего, во втором - дополнительное нагружение ГО изгибающим моментом. Кроме того, все эти возможные деформации нужно учитывать при проводке каналов управления.
Решаемые, конечно, проблемы. Но без них жить все равно проще :)
Честно говоря, никогда сам не пытался сравнить эти два варианта "в цифрах", но такое объяснение помню со студенческих времен. Просто из-за сказанного тогда парадокса - схема с раздельными ГО аэродинамически и по прочности более стабильна чем с общим ГО.