>1000 лет назад никакого "субстрата" уже давно не было. Генетика подтверждается антропологическими данными археологических исследований. Вообще литовский народ среди европейских считается одним из наиболее гомогенных. В принципе их генотип не менялся со времени оттеснения балтов к Балтийскому морю. Это 5-6 века. Отчасти балтам близки беларусы и северо-западные русские (местные). Вероятно славянами была ассимилирована голядь, приднепровцы, но не в таком масштабе, как угро-финны.
ну археологи смешивание балтов и финно-угров вполне себе отмечают, особенно у всяких Куршей и др.
на литве - балты же не заканчиваются.
