От vld
К Игорь
Дата 30.08.2015 15:52:31
Рубрики Россия-СССР; Ссылки;

Re: Ну что...

> Последнее - что декодером является она сама - ниоткуда не следует - механизм этого декодирования мягко говоря непознан.

Если мы не знаем деталей функционирования какого-то мезанизма, это не значит, что его не существует. Вот он, налицо, работает и прекрасно работает, основные принципы работы в общем-то ясны. И незачем "измышлять сущности".
От Игорь
К vld (30.08.2015 15:52:31)
Дата 30.08.2015 20:42:13

Re: Ну что...

>> Последнее - что декодером является она сама - ниоткуда не следует - механизм этого декодирования мягко говоря непознан.
>
>Если мы не знаем деталей функционирования какого-то мезанизма, это не значит, что его не существует.

Во-первых это может быть не механизм вообще. Во-вторых он может быть вне клетки, и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.

> Вот он, налицо, работает и прекрасно работает, основные принципы работы в общем-то ясны. И незачем "измышлять сущности".

Как раз принципы работы совсем не ясны. Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру. Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.
От vld
К Игорь (30.08.2015 20:42:13)
Дата 31.08.2015 12:46:05

Re: Ну что...

> Во-первых это может быть не механизм вообще.

Это фантазии.

> Во-вторых он может быть вне клетки,

Это тоже фантазии.

>и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.

и это фантазии.

Вы свои досужие измышления "новых сущностей", замешанное, на, простите уж за прямоту, дремучем невежестве в области биологии, противопоставляете всей физеологии клетки, биозимии и биофизике, что несколько самонадеянно.

> Как раз принципы работы совсем не ясны.

Как раз "принципы" - ясны, не вполне ясны механизмы реализации этих принципов. Что постепенно и исследуется.

>Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру.

Это как раз в принципе ясно. Там нет никаких сложностей. Сам когда-то занимался задачей, приведшей со временем моих бывших сотрудников к созданию удовлетворительного кода, моделирующего фолдинг, начинали с простейших однородных полимеров в dilute solution и потихоньку добавляли в цепочку "неоднородности". Черт возьми - лучший алгоритм за всю историю моего программирования, до сих пор горжусь, до сих пор юзают "британские ученые", поди. При нынешних вычислительных возможностях народ моделирует сворачивание реальных цепочек аминокислот в присутствии возмущений. Нет. тут "в принципе" нет ничего неясного, на сегодняшний день это рядовая, хоть и очень "тяжеловесная" вычислительная задача, с которой увлеченно сношаются биофизики и биохимики на всех континентах кроме Антарктиды.

> Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.

Ну не могли не завершить свое выступление феерической глупостью.
От Игорь
К vld (31.08.2015 12:46:05)
Дата 31.08.2015 23:11:00

Re: Ну что...

>> Во-первых это может быть не механизм вообще.
>
>Это фантазии.

>> Во-вторых он может быть вне клетки,
>
>Это тоже фантазии.

Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?


>>и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.
>
>и это фантазии.

Это у биологов фантазии.

>Вы свои досужие измышления "новых сущностей", замешанное, на, простите уж за прямоту, дремучем невежестве в области биологии, противопоставляете всей физеологии клетки, биозимии и биофизике, что несколько самонадеянно.

А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"? А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.

>> Как раз принципы работы совсем не ясны.
>
>Как раз "принципы" - ясны, не вполне ясны механизмы реализации этих принципов. Что постепенно и исследуется.

Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма? И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.

>>Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру.
>
>Это как раз в принципе ясно. Там нет никаких сложностей. Сам когда-то занимался задачей, приведшей со временем моих бывших сотрудников к созданию удовлетворительного кода, моделирующего фолдинг, начинали с простейших однородных полимеров в dilute solution и потихоньку добавляли в цепочку "неоднородности". Черт возьми - лучший алгоритм за всю историю моего программирования, до сих пор горжусь, до сих пор юзают "британские ученые", поди.

Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?

> При нынешних вычислительных возможностях народ моделирует сворачивание реальных цепочек аминокислот в присутствии возмущений. Нет. тут "в принципе" нет ничего неясного, на сегодняшний день это рядовая, хоть и очень "тяжеловесная" вычислительная задача, с которой увлеченно сношаются биофизики и биохимики на всех континентах кроме Антарктиды.

Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.

>> Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.
>
>Ну не могли не завершить свое выступление феерической глупостью.
От vld
К Игорь (31.08.2015 23:11:00)
Дата 02.09.2015 12:28:10

Re: Ну что...

> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?

Про РНК и рибосомы не слыхали?

>>и это фантазии.
>
> Это у биологов фантазии.

У биологов не фантазии, у биологов рутинная работа по выявлению механизмов работы клетки. Вы же со своими измышляемыми сущностями просто повторяете опыт предыдущих поколений. измышлявших богов, которые тоаскали по небу планеты, а солнце мчалось по небесной дороге на колеснице Фаэтона.

> А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"?

Не вся.

>А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.

Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.

> Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма?

Известно уже достаточно много. Просто вы абсолютно не в теме. Вам неинтересно - не читаете соотв. литературу. мне известно, ибо я читаю. Александру известно, ибо он читает.

> И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.

Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.

> Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?

"Элементарно, Ватсон". Аминокислота (вобще любой мономер в полимере) обладает опр. химическими и физическими свойствами, взаимодействуя как с ближайшими мономерами, так и с удаленными, а также со средой, более сложным образом, посредством среды с удаленными мономерами. Т.е берем полимер, моделируем силы, действющие на каждый мономер, запускаем "время" и смотрим, как скрутится. Обычно постепенно усложняется программа вводом новых параметров (заряд, валентность, гидрофильность, гидрофобность, приближение ближайшего мономера, приближение n мономеров, полевое приближение, учет влияния неоднородности и неизотропности среды). И смотрим в каждом айнзаце, как скрутится - вот и вся наука. Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
Проблема в том, что если задачку ставить реалистично, то требования к объему выч. растет лавинообразно. А иногда малый параметр оказывается довольно существенным. Посему моделируется тяжело. Мой личный вклад был в создании удачной схемы аналитически-численного рассчета, который существенно минимизировал требования к объему выч. за счет оптимизации стратегии подбора начальных условия (айнзацев). Как-то так. впрочем, давно жто было, с тех пор прогресс далеко шагнул. Уж не знаю как сейчас коды реализуют.

> Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.

При одинаковых начальных условиях и умеренных возущениях, сворачивается в одно и то же по очевидным причинам. На самом деле и в природе не всегда "удачно" сворачивается, не всякий белок жизнеспособен.
От Игорь
К vld (02.09.2015 12:28:10)
Дата 02.09.2015 16:09:12

Re: Ну что...

>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>
>Про РНК и рибосомы не слыхали?

Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.

>>>и это фантазии.
>>
>> Это у биологов фантазии.
>
>У биологов не фантазии, у биологов рутинная работа по выявлению механизмов работы клетки. Вы же со своими измышляемыми сущностями просто повторяете опыт предыдущих поколений. измышлявших богов, которые тоаскали по небу планеты, а солнце мчалось по небесной дороге на колеснице Фаэтона.

Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.

>> А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"?
>
>Не вся.

>>А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.
>
>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.

Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.

>> Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма?
>
>Известно уже достаточно много. Просто вы абсолютно не в теме. Вам неинтересно - не читаете соотв. литературу. мне известно, ибо я читаю. Александру известно, ибо он читает.

Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год. Так что не надо про меня говорить, чего не знаете. Если есть на что сослаться - ссылайтесь.

>> И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.
>
>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.

И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа? И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.

>> Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?
>
>"Элементарно, Ватсон". Аминокислота (вобще любой мономер в полимере) обладает опр. химическими и физическими свойствами, взаимодействуя как с ближайшими мономерами, так и с удаленными, а также со средой, более сложным образом, посредством среды с удаленными мономерами. Т.е берем полимер, моделируем силы, действющие на каждый мономер, запускаем "время" и смотрим, как скрутится.

Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру? Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?

> Обычно постепенно усложняется программа вводом новых параметров (заряд, валентность, гидрофильность, гидрофобность, приближение ближайшего мономера, приближение n мономеров, полевое приближение, учет влияния неоднородности и неизотропности среды). И смотрим в каждом айнзаце, как скрутится - вот и вся наука.

По разному скрутится в зависимости от разных случайностей. А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.


> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.

Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.


>Проблема в том, что если задачку ставить реалистично, то требования к объему выч. растет лавинообразно. А иногда малый параметр оказывается довольно существенным. Посему моделируется тяжело. Мой личный вклад был в создании удачной схемы аналитически-численного рассчета, который существенно минимизировал требования к объему выч. за счет оптимизации стратегии подбора начальных условия (айнзацев). Как-то так. впрочем, давно жто было, с тех пор прогресс далеко шагнул. Уж не знаю как сейчас коды реализуют.

Рад за Вас, но не за проблему.

>> Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.
>
>При одинаковых начальных условиях и умеренных возущениях, сворачивается в одно и то же по очевидным причинам. На самом деле и в природе не всегда "удачно" сворачивается, не всякий белок жизнеспособен.

Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.
От vld
К Игорь (02.09.2015 16:09:12)
Дата 03.09.2015 14:48:04

Re: Ну что...

>>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>>
>>Про РНК и рибосомы не слыхали?
>
> Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.

Причем тут "информационое наполнение" (совершенно непонятно что вы под этим имеете в виду). Я ответил вам о том, тчо в клетке служит "интерпретатором ДНК", т.е. "мастерской", производящей на основе рпограмы, заложенной в ДНК, в белковые цепочки.

> Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.

Что-то способны, что-то неспособны (пока), но вам-то, с заранее и накрепок закрытыми глазами, что.

>>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.
>
> Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.

Обоснуйте.

> Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год.

Так, значит, изучаете, начните не с чтения помойных ресурсиков и с общих рассуждений на необщие темы, а с учебника биологии для 8 класса. Когда разжуете учебник по биофизике для аспирантов, можно начинать строить свои концепции или критиковать существующие "в науке царских путей нет".

>>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.
>
> И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа?

Да. для многих генов известен. Для Вас это открытие? Просто наберите "гентоип и фенотип" в поисковике и наслаждайтесь изобилием ссылок.

>И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.

к вашему мощному скептецизму еще бы отсутствие мистицизма и побольше любознательности, цены б вам не было :)

>Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру?

Да, именно так. Не всегда " водну ти ту же" (есть допустимые различия), но "функционально" в большинстве случаев при одних и тез же начальных условиях - в одну и ту же.

>Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?

По-вашему, линейным кодом нельзя запрограммировать 3-мерную структуру?! Поколения программистов смотрят на вас с недоумением.

> По разному скрутится в зависимости от разных случайностей.

"Разных случайностей ... " м-дя. Это обычно называется "начальные и граничные условия" - диапазон допустимых условий как раз и есть одна из задачек обеспечения синтеза белка. В чем пробелма-то? Вы считаете белковую молекулу чем-то вроде пластилиновой колбаски -гни как хочешь? Нет, это совершенно не так, "скрутить" ее можно ограничемным числом способов. Простейшая моделька, кстати, используемаядля моделирования - магнитики на пружинках. Даже если все магнитики и пружинки одинаковы. не прилагая чрезмерных усилий такую структуру произвольно не свернешь.

> А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.

"Случайности". буде они не выходя за допустимый диапазон начальных условий, компенсируются устойчивости системы, выражение такое слышали "потенциальная яма".

>> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
>
> Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.

Потому тчо вам так хояется. А физхимики с изумлением смотрят на вас и продолжают все более успешно моделировать фолдинг.

Я более того скажу, пользуясь служебным положением мы с одним итальянским профессором такие кукукрямбы на кластере моделировали ... куда там линейным структурам. древовидные, аксиально-симметричные ...

> Рад за Вас, но не за проблему.

Непонятно что хотели сказать.

> Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.

Да сворачивается. сворачивается. иначе мы бы с вами не сотрясали электроны.

Вообще на будущее. Вы лучше прочитывайте весь текст, прежде чем отвечать, а то у вас поабзацная система.
От Игорь
К vld (03.09.2015 14:48:04)
Дата 04.09.2015 22:05:03

Re: Ну что...

>>>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>>>
>>>Про РНК и рибосомы не слыхали?
>>
>> Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.
>
>Причем тут "информационое наполнение" (совершенно непонятно что вы под этим имеете в виду). Я ответил вам о том, тчо в клетке служит "интерпретатором ДНК", т.е. "мастерской", производящей на основе рпограмы, заложенной в ДНК, в белковые цепочки.

Кажется именно Вы тут заявили, что человек может колироваться одним битом. Типа 1 - есть человек, 0 - нет человека ( игнорируя, что все люди разные, ну да ладно). Ну так ясно, что если человек кодируется минимумом битов в ДНК, то значит интерпретатор этого кода должен содержат максмум битов. То есть проблема недостаика информации в ДНК переносится на проблему недостатка информации в клетке вообще. А информационное напонение рибосом в сравнении с ДНК ничтожно. Так что они никак не могут быть адекватным интерпретатором ДНК.

>> Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.
>
>Что-то способны, что-то неспособны (пока), но вам-то, с заранее и накрепок закрытыми глазами, что.

Никогда не будут способны, так как живая клетка - не механизм, из чего они сейчас исходят.

>>>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.
>>
>> Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.
>
>Обоснуйте.

Моллюски высыхающего Аральского моря образовали новые виды буквально за пару десятилетий.

>> Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год.
>
>Так, значит, изучаете, начните не с чтения помойных ресурсиков и с общих рассуждений на необщие темы, а с учебника биологии для 8 класса. Когда разжуете учебник по биофизике для аспирантов, можно начинать строить свои концепции или критиковать существующие "в науке царских путей нет".

Я учил биологию в школе и уже тогда обратил внимание, что никто не объясняет динамику процессов в клетке, а лишь констатирует, чо она вот такая. Но почему белки и органелы точно делают именно то, что нужно, подходя в нужное время в нужыне места ДНК и т.п? У них что, моторчики есть и программы, точно указывающие куда нужно двигаться и что делать?

>>>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.
>>
>> И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа?
>
>Да. для многих генов известен. Для Вас это открытие? Просто наберите "гентоип и фенотип" в поисковике и наслаждайтесь изобилием ссылок.

И что там собственно есть-то? Что наличие таких-то "генных" аллелей связано, например с такой то отличительной особеннстью индивидуального организма, как глухота, или морщинистость семян. Но это ведь никакой не фенотип, а просто индивидуальные изменения облика данного вида живого организма. А где и как кодируются те фенотипичные признаки, которые определяют, что это человек, а не скажем, кузнечик?

>>И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.
>
>к вашему мощному скептецизму еще бы отсутствие мистицизма и побольше любознательности, цены б вам не было :)

>>Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру?
>
>Да, именно так. Не всегда " водну ти ту же" (есть допустимые различия), но "функционально" в большинстве случаев при одних и тез же начальных условиях - в одну и ту же.

Насколько мне известно, это никто теоретически не доказал. В свое время нобелевский лауреат Кристиан Анфенсен денатурировал ферментативные белки в растворе - они раскручивались в длинные цепочки. Затем убирал денатурирующие агенты и белки вроде как скручивались обратно в то же самое без помощи клеточных механизмов, так как восстанавлмвалась их ферментативная активность. Отсюда и пошло убеждение, что де белки "сами знают" как им скручиваться. Но естественно теоретически это никто до сих пор не обосновал. Потом выяснилось, что ферментную активность в водном растворе вне клетки после денатурирования восстанавливают отнюдь не все белки и не всегда. Тогда стали думать, а как же в клетке - и выяснили, что там есть специальные белки-уклачики, которые назвали шаперонами, которые каким-то образом помогают белкам правильно укладываться, если допускаются ошибки фолдинга, а они допускаются весьма часто. Причем шапероны даже помогают раскручивать неправильно сложившийся белок, и скручивать его заново уже правильно. Само устройство шаперонов ввовсе не таково, чтобы они могли содержать информацию о том, как нужно скручивать данный конкретный белок. Поэтому как они работают - до сих пор никто толком не знает. Не знают даже , как они находят неправильно сложившийся белок. Что касается компьютерных вычислений фолдинга, то в сети я встречал расчеты только коротких белков в несколько десятков аминокислот, для которых вариантов складывания не так уж много и всегда можно поправкой параметров в компьютерной модели подогнать задачку под известный ответ.


>>Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?
>
>По-вашему, линейным кодом нельзя запрограммировать 3-мерную структуру?! Поколения программистов смотрят на вас с недоумением.

Речь идет не об абстрактном программировании линейным кодом 3-х мерной структуры, а о проблеме фолдинга белков, которая до сиз пор удовлетоврительно теоретически не решена.

>> По разному скрутится в зависимости от разных случайностей.
>
>"Разных случайностей ... " м-дя. Это обычно называется "начальные и граничные условия" - диапазон допустимых условий как раз и есть одна из задачек обеспечения синтеза белка. В чем пробелма-то?

Да в том, что в природе белки, особенно большие и сложные могут скручиваться неправильно и скручиваются. Но почему-то шаперонами это испавляется. Как устроен этот "механизм", никто не знает.

Вы считаете белковую молекулу чем-то вроде пластилиновой колбаски -гни как хочешь? Нет, это совершенно не так, "скрутить" ее можно ограничемным числом способов. Простейшая моделька, кстати, используемаядля моделирования - магнитики на пружинках. Даже если все магнитики и пружинки одинаковы. не прилагая чрезмерных усилий такую структуру произвольно не свернешь.

Чем больше магнитиков и пружинок, тем больше вариантов "скучивания".


>> А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.
>
>"Случайности". буде они не выходя за допустимый диапазон начальных условий, компенсируются устойчивости системы, выражение такое слышали "потенциальная яма".

Если бы все было так просто.

>>> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
>>
>> Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.
>
>Потому тчо вам так хояется. А физхимики с изумлением смотрят на вас и продолжают все более успешно моделировать фолдинг.

Чем больше размер белка, тем все менее успешно. Но главное - нет теоретического обоснования что белок может всегда правильно скручиваться сам, и экспериментальная биология нашла белки шапероны, которые каким-то образом участвуют в исправлении ошибок фолдинга.

>Я более того скажу, пользуясь служебным положением мы с одним итальянским профессором такие кукукрямбы на кластере моделировали ... куда там линейным структурам. древовидные, аксиально-симметричные ...

>> Рад за Вас, но не за проблему.
>
>Непонятно что хотели сказать.

Тем, что Ваше моделирование проблему фолдинга не решает.

>> Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.
>
>Да сворачивается. сворачивается. иначе мы бы с вами не сотрясали электроны.

>Вообще на будущее. Вы лучше прочитывайте весь текст, прежде чем отвечать, а то у вас поабзацная система.
От Игорь
К Игорь (04.09.2015 22:05:03)
Дата 05.09.2015 13:29:10

Или вот к примеру

2005 год "Цитология", том 47 №11

Структурная динамика, стабильность и фолдинг белков
Кузнецова, Форже, Туроверов

В конце статьи в заключении написано следующее:

"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".
От vld
К Игорь (05.09.2015 13:29:10)
Дата 07.09.2015 17:44:14

Re: отвечу кратко

>"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".

Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.
От Игорь
К vld (07.09.2015 17:44:14)
Дата 08.09.2015 14:28:22

Re: отвечу кратко

>>"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".
>
>Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.

Мне смешно наблюдать, как генетики уже полвека ищут в последовательности аминокислот белка некий "стереохимический код" трехмерной структуры, который сами же и придумали.
От vld
К Игорь (08.09.2015 14:28:22)
Дата 09.09.2015 13:02:30

Re: отвечу кратко

>>Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.
>
> Мне смешно наблюдать, как генетики уже полвека ищут в последовательности аминокислот белка некий "стереохимический код" трехмерной структуры, который сами же и придумали.

А вам все и сразу? Все и сразу только в церкви - и посмертное блаженство, и посмертный мешок подарков от деда Мороза бога. Мы же, грешные. живем в обычной жизни, где природа свои тайны не томным голоском на ушко рассказывает (как вам), а выдирать приходится ценой долгой и не всегда благодарной работы. Вон гравитационо-волновое излучение уже не первое поколение физиков ищет, то что не наши, не значит, что его нет.