От vld
К Александр
Дата 28.08.2015 18:34:44
Рубрики Россия-СССР; Ссылки;

Re: Ну что...

>Один тупой рыхлый изовравшийся барчук написал "Я предложил во-первых оценить минимальное количество информации, кодируемой каким угодно способом, необходимое, чтобы закодировать хотя бы только внешний вид человека ( про устройство мозга уж помолчу), так чтобы изображение нельзя было отличить от оригинала. Получил от Вас ноль инофрмации."

>Тупого рыхлого изовравшегося барчука ткнули носом В то, что для кодирования внешнего вида нужно минимальное количество информации. Вместо того, чтобы честно по-мужски признать что не знал и поблагодарить за науку, тупой осклизлый барчук продолжает хамить умным.

Что ж вас так колбасит-то, "не умеете объяснить - ваша вина, а не студента"@

На самом деле минимальное необходимое количество инвормации - 1 бит. Кодируем 1 - человек, 0 - нет. Т.е. имея правильную систему декодирования информации в первом случае получаем на выходе гомо сапиенса. во втором - не получаем.
Все упирается в систему декодирования соб-сно. Все эти меру информации по Шеннону и проч., которые пытается Игорь приложить к данной задаче (кодирование генома) - они из другой оперы.
Говорить о проблеме кодирования генома, обходя вопрос "устройства декодера" бессмысленно. На невербальном уровне математик понимает что и как, пролагая четкую границу между собственно кодом и адресатом кода,но вот объяснить это третьему лицу бывает несколько непросто.
От Игорь
К vld (28.08.2015 18:34:44)
Дата 29.08.2015 12:30:17

Re: Ну что...

>>Один тупой рыхлый изовравшийся барчук написал "Я предложил во-первых оценить минимальное количество информации, кодируемой каким угодно способом, необходимое, чтобы закодировать хотя бы только внешний вид человека ( про устройство мозга уж помолчу), так чтобы изображение нельзя было отличить от оригинала. Получил от Вас ноль инофрмации."
>
>>Тупого рыхлого изовравшегося барчука ткнули носом В то, что для кодирования внешнего вида нужно минимальное количество информации. Вместо того, чтобы честно по-мужски признать что не знал и поблагодарить за науку, тупой осклизлый барчук продолжает хамить умным.
>
>Что ж вас так колбасит-то, "не умеете объяснить - ваша вина, а не студента"@

>На самом деле минимальное необходимое количество инвормации - 1 бит. Кодируем 1 - человек, 0 - нет. Т.е. имея правильную систему декодирования информации в первом случае получаем на выходе гомо сапиенса. во втором - не получаем.
>Все упирается в систему декодирования соб-сно. Все эти меру информации по Шеннону и проч., которые пытается Игорь приложить к данной задаче (кодирование генома) - они из другой оперы.
>Говорить о проблеме кодирования генома, обходя вопрос "устройства декодера" бессмысленно.

Проблему "декодера" и обходят современные биологи. Безосновательно полагая, что все что нужно для развития жизни, заключено в самой живой клетке.

На невербальном уровне математик понимает что и как, пролагая четкую границу между собственно кодом и адресатом кода,но вот объяснить это третьему лицу бывает несколько непросто.
От vld
К Игорь (29.08.2015 12:30:17)
Дата 30.08.2015 13:49:46

Re: Ну что...

> Проблему "декодера" и обходят современные биологи. Безосновательно полагая, что все что нужно для развития жизни, заключено в самой живой клетке.

С оплным основанием полагаю. Т.к. бактерия, помещенная в подходящие условия, очень бодро размножается, довольствуясь той информацией, которая содерижится в ДНК и тем "декодером". коим является она сама.
От Игорь
К vld (30.08.2015 13:49:46)
Дата 30.08.2015 14:38:49

Re: Ну что...

>> Проблему "декодера" и обходят современные биологи. Безосновательно полагая, что все что нужно для развития жизни, заключено в самой живой клетке.
>
>С оплным основанием полагаю. Т.к. бактерия, помещенная в подходящие условия, очень бодро размножается, довольствуясь той информацией, которая содерижится в ДНК и тем "декодером". коим является она сама.

Последнее - что декодером является она сама - ниоткуда не следует - механизм этого декодирования мягко говоря непознан.
От vld
К Игорь (30.08.2015 14:38:49)
Дата 30.08.2015 15:52:31

Re: Ну что...

> Последнее - что декодером является она сама - ниоткуда не следует - механизм этого декодирования мягко говоря непознан.

Если мы не знаем деталей функционирования какого-то мезанизма, это не значит, что его не существует. Вот он, налицо, работает и прекрасно работает, основные принципы работы в общем-то ясны. И незачем "измышлять сущности".
От Игорь
К vld (30.08.2015 15:52:31)
Дата 30.08.2015 20:42:13

Re: Ну что...

>> Последнее - что декодером является она сама - ниоткуда не следует - механизм этого декодирования мягко говоря непознан.
>
>Если мы не знаем деталей функционирования какого-то мезанизма, это не значит, что его не существует.

Во-первых это может быть не механизм вообще. Во-вторых он может быть вне клетки, и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.

> Вот он, налицо, работает и прекрасно работает, основные принципы работы в общем-то ясны. И незачем "измышлять сущности".

Как раз принципы работы совсем не ясны. Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру. Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.
От vld
К Игорь (30.08.2015 20:42:13)
Дата 31.08.2015 12:46:05

Re: Ну что...

> Во-первых это может быть не механизм вообще.

Это фантазии.

> Во-вторых он может быть вне клетки,

Это тоже фантазии.

>и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.

и это фантазии.

Вы свои досужие измышления "новых сущностей", замешанное, на, простите уж за прямоту, дремучем невежестве в области биологии, противопоставляете всей физеологии клетки, биозимии и биофизике, что несколько самонадеянно.

> Как раз принципы работы совсем не ясны.

Как раз "принципы" - ясны, не вполне ясны механизмы реализации этих принципов. Что постепенно и исследуется.

>Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру.

Это как раз в принципе ясно. Там нет никаких сложностей. Сам когда-то занимался задачей, приведшей со временем моих бывших сотрудников к созданию удовлетворительного кода, моделирующего фолдинг, начинали с простейших однородных полимеров в dilute solution и потихоньку добавляли в цепочку "неоднородности". Черт возьми - лучший алгоритм за всю историю моего программирования, до сих пор горжусь, до сих пор юзают "британские ученые", поди. При нынешних вычислительных возможностях народ моделирует сворачивание реальных цепочек аминокислот в присутствии возмущений. Нет. тут "в принципе" нет ничего неясного, на сегодняшний день это рядовая, хоть и очень "тяжеловесная" вычислительная задача, с которой увлеченно сношаются биофизики и биохимики на всех континентах кроме Антарктиды.

> Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.

Ну не могли не завершить свое выступление феерической глупостью.
От Игорь
К vld (31.08.2015 12:46:05)
Дата 31.08.2015 23:11:00

Re: Ну что...

>> Во-первых это может быть не механизм вообще.
>
>Это фантазии.

>> Во-вторых он может быть вне клетки,
>
>Это тоже фантазии.

Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?


>>и судя по тому, что в клетке обнаружили материального - это действительно так.
>
>и это фантазии.

Это у биологов фантазии.

>Вы свои досужие измышления "новых сущностей", замешанное, на, простите уж за прямоту, дремучем невежестве в области биологии, противопоставляете всей физеологии клетки, биозимии и биофизике, что несколько самонадеянно.

А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"? А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.

>> Как раз принципы работы совсем не ясны.
>
>Как раз "принципы" - ясны, не вполне ясны механизмы реализации этих принципов. Что постепенно и исследуется.

Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма? И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.

>>Не ясны даже простейшие вещи - как белок формиует свою пространственную структуру.
>
>Это как раз в принципе ясно. Там нет никаких сложностей. Сам когда-то занимался задачей, приведшей со временем моих бывших сотрудников к созданию удовлетворительного кода, моделирующего фолдинг, начинали с простейших однородных полимеров в dilute solution и потихоньку добавляли в цепочку "неоднородности". Черт возьми - лучший алгоритм за всю историю моего программирования, до сих пор горжусь, до сих пор юзают "британские ученые", поди.

Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?

> При нынешних вычислительных возможностях народ моделирует сворачивание реальных цепочек аминокислот в присутствии возмущений. Нет. тут "в принципе" нет ничего неясного, на сегодняшний день это рядовая, хоть и очень "тяжеловесная" вычислительная задача, с которой увлеченно сношаются биофизики и биохимики на всех континентах кроме Антарктиды.

Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.

>> Западные генетики изрядно тормознули биологию своими догмами о "генах", которых так и не открыли.
>
>Ну не могли не завершить свое выступление феерической глупостью.
От vld
К Игорь (31.08.2015 23:11:00)
Дата 02.09.2015 12:28:10

Re: Ну что...

> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?

Про РНК и рибосомы не слыхали?

>>и это фантазии.
>
> Это у биологов фантазии.

У биологов не фантазии, у биологов рутинная работа по выявлению механизмов работы клетки. Вы же со своими измышляемыми сущностями просто повторяете опыт предыдущих поколений. измышлявших богов, которые тоаскали по небу планеты, а солнце мчалось по небесной дороге на колеснице Фаэтона.

> А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"?

Не вся.

>А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.

Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.

> Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма?

Известно уже достаточно много. Просто вы абсолютно не в теме. Вам неинтересно - не читаете соотв. литературу. мне известно, ибо я читаю. Александру известно, ибо он читает.

> И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.

Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.

> Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?

"Элементарно, Ватсон". Аминокислота (вобще любой мономер в полимере) обладает опр. химическими и физическими свойствами, взаимодействуя как с ближайшими мономерами, так и с удаленными, а также со средой, более сложным образом, посредством среды с удаленными мономерами. Т.е берем полимер, моделируем силы, действющие на каждый мономер, запускаем "время" и смотрим, как скрутится. Обычно постепенно усложняется программа вводом новых параметров (заряд, валентность, гидрофильность, гидрофобность, приближение ближайшего мономера, приближение n мономеров, полевое приближение, учет влияния неоднородности и неизотропности среды). И смотрим в каждом айнзаце, как скрутится - вот и вся наука. Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
Проблема в том, что если задачку ставить реалистично, то требования к объему выч. растет лавинообразно. А иногда малый параметр оказывается довольно существенным. Посему моделируется тяжело. Мой личный вклад был в создании удачной схемы аналитически-численного рассчета, который существенно минимизировал требования к объему выч. за счет оптимизации стратегии подбора начальных условия (айнзацев). Как-то так. впрочем, давно жто было, с тех пор прогресс далеко шагнул. Уж не знаю как сейчас коды реализуют.

> Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.

При одинаковых начальных условиях и умеренных возущениях, сворачивается в одно и то же по очевидным причинам. На самом деле и в природе не всегда "удачно" сворачивается, не всякий белок жизнеспособен.
От Игорь
К vld (02.09.2015 12:28:10)
Дата 02.09.2015 16:09:12

Re: Ну что...

>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>
>Про РНК и рибосомы не слыхали?

Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.

>>>и это фантазии.
>>
>> Это у биологов фантазии.
>
>У биологов не фантазии, у биологов рутинная работа по выявлению механизмов работы клетки. Вы же со своими измышляемыми сущностями просто повторяете опыт предыдущих поколений. измышлявших богов, которые тоаскали по небу планеты, а солнце мчалось по небесной дороге на колеснице Фаэтона.

Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.

>> А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"?
>
>Не вся.

>>А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.
>
>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.

Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.

>> Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма?
>
>Известно уже достаточно много. Просто вы абсолютно не в теме. Вам неинтересно - не читаете соотв. литературу. мне известно, ибо я читаю. Александру известно, ибо он читает.

Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год. Так что не надо про меня говорить, чего не знаете. Если есть на что сослаться - ссылайтесь.

>> И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.
>
>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.

И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа? И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.

>> Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?
>
>"Элементарно, Ватсон". Аминокислота (вобще любой мономер в полимере) обладает опр. химическими и физическими свойствами, взаимодействуя как с ближайшими мономерами, так и с удаленными, а также со средой, более сложным образом, посредством среды с удаленными мономерами. Т.е берем полимер, моделируем силы, действющие на каждый мономер, запускаем "время" и смотрим, как скрутится.

Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру? Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?

> Обычно постепенно усложняется программа вводом новых параметров (заряд, валентность, гидрофильность, гидрофобность, приближение ближайшего мономера, приближение n мономеров, полевое приближение, учет влияния неоднородности и неизотропности среды). И смотрим в каждом айнзаце, как скрутится - вот и вся наука.

По разному скрутится в зависимости от разных случайностей. А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.


> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.

Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.


>Проблема в том, что если задачку ставить реалистично, то требования к объему выч. растет лавинообразно. А иногда малый параметр оказывается довольно существенным. Посему моделируется тяжело. Мой личный вклад был в создании удачной схемы аналитически-численного рассчета, который существенно минимизировал требования к объему выч. за счет оптимизации стратегии подбора начальных условия (айнзацев). Как-то так. впрочем, давно жто было, с тех пор прогресс далеко шагнул. Уж не знаю как сейчас коды реализуют.

Рад за Вас, но не за проблему.

>> Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.
>
>При одинаковых начальных условиях и умеренных возущениях, сворачивается в одно и то же по очевидным причинам. На самом деле и в природе не всегда "удачно" сворачивается, не всякий белок жизнеспособен.

Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.
От vld
К Игорь (02.09.2015 16:09:12)
Дата 03.09.2015 14:48:04

Re: Ну что...

>>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>>
>>Про РНК и рибосомы не слыхали?
>
> Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.

Причем тут "информационое наполнение" (совершенно непонятно что вы под этим имеете в виду). Я ответил вам о том, тчо в клетке служит "интерпретатором ДНК", т.е. "мастерской", производящей на основе рпограмы, заложенной в ДНК, в белковые цепочки.

> Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.

Что-то способны, что-то неспособны (пока), но вам-то, с заранее и накрепок закрытыми глазами, что.

>>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.
>
> Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.

Обоснуйте.

> Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год.

Так, значит, изучаете, начните не с чтения помойных ресурсиков и с общих рассуждений на необщие темы, а с учебника биологии для 8 класса. Когда разжуете учебник по биофизике для аспирантов, можно начинать строить свои концепции или критиковать существующие "в науке царских путей нет".

>>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.
>
> И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа?

Да. для многих генов известен. Для Вас это открытие? Просто наберите "гентоип и фенотип" в поисковике и наслаждайтесь изобилием ссылок.

>И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.

к вашему мощному скептецизму еще бы отсутствие мистицизма и побольше любознательности, цены б вам не было :)

>Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру?

Да, именно так. Не всегда " водну ти ту же" (есть допустимые различия), но "функционально" в большинстве случаев при одних и тез же начальных условиях - в одну и ту же.

>Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?

По-вашему, линейным кодом нельзя запрограммировать 3-мерную структуру?! Поколения программистов смотрят на вас с недоумением.

> По разному скрутится в зависимости от разных случайностей.

"Разных случайностей ... " м-дя. Это обычно называется "начальные и граничные условия" - диапазон допустимых условий как раз и есть одна из задачек обеспечения синтеза белка. В чем пробелма-то? Вы считаете белковую молекулу чем-то вроде пластилиновой колбаски -гни как хочешь? Нет, это совершенно не так, "скрутить" ее можно ограничемным числом способов. Простейшая моделька, кстати, используемаядля моделирования - магнитики на пружинках. Даже если все магнитики и пружинки одинаковы. не прилагая чрезмерных усилий такую структуру произвольно не свернешь.

> А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.

"Случайности". буде они не выходя за допустимый диапазон начальных условий, компенсируются устойчивости системы, выражение такое слышали "потенциальная яма".

>> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
>
> Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.

Потому тчо вам так хояется. А физхимики с изумлением смотрят на вас и продолжают все более успешно моделировать фолдинг.

Я более того скажу, пользуясь служебным положением мы с одним итальянским профессором такие кукукрямбы на кластере моделировали ... куда там линейным структурам. древовидные, аксиально-симметричные ...

> Рад за Вас, но не за проблему.

Непонятно что хотели сказать.

> Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.

Да сворачивается. сворачивается. иначе мы бы с вами не сотрясали электроны.

Вообще на будущее. Вы лучше прочитывайте весь текст, прежде чем отвечать, а то у вас поабзацная система.
От Игорь
К vld (03.09.2015 14:48:04)
Дата 04.09.2015 22:05:03

Re: Ну что...

>>>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>>>
>>>Про РНК и рибосомы не слыхали?
>>
>> Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.
>
>Причем тут "информационое наполнение" (совершенно непонятно что вы под этим имеете в виду). Я ответил вам о том, тчо в клетке служит "интерпретатором ДНК", т.е. "мастерской", производящей на основе рпограмы, заложенной в ДНК, в белковые цепочки.

Кажется именно Вы тут заявили, что человек может колироваться одним битом. Типа 1 - есть человек, 0 - нет человека ( игнорируя, что все люди разные, ну да ладно). Ну так ясно, что если человек кодируется минимумом битов в ДНК, то значит интерпретатор этого кода должен содержат максмум битов. То есть проблема недостаика информации в ДНК переносится на проблему недостатка информации в клетке вообще. А информационное напонение рибосом в сравнении с ДНК ничтожно. Так что они никак не могут быть адекватным интерпретатором ДНК.

>> Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.
>
>Что-то способны, что-то неспособны (пока), но вам-то, с заранее и накрепок закрытыми глазами, что.

Никогда не будут способны, так как живая клетка - не механизм, из чего они сейчас исходят.

>>>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.
>>
>> Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.
>
>Обоснуйте.

Моллюски высыхающего Аральского моря образовали новые виды буквально за пару десятилетий.

>> Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год.
>
>Так, значит, изучаете, начните не с чтения помойных ресурсиков и с общих рассуждений на необщие темы, а с учебника биологии для 8 класса. Когда разжуете учебник по биофизике для аспирантов, можно начинать строить свои концепции или критиковать существующие "в науке царских путей нет".

Я учил биологию в школе и уже тогда обратил внимание, что никто не объясняет динамику процессов в клетке, а лишь констатирует, чо она вот такая. Но почему белки и органелы точно делают именно то, что нужно, подходя в нужное время в нужыне места ДНК и т.п? У них что, моторчики есть и программы, точно указывающие куда нужно двигаться и что делать?

>>>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.
>>
>> И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа?
>
>Да. для многих генов известен. Для Вас это открытие? Просто наберите "гентоип и фенотип" в поисковике и наслаждайтесь изобилием ссылок.

И что там собственно есть-то? Что наличие таких-то "генных" аллелей связано, например с такой то отличительной особеннстью индивидуального организма, как глухота, или морщинистость семян. Но это ведь никакой не фенотип, а просто индивидуальные изменения облика данного вида живого организма. А где и как кодируются те фенотипичные признаки, которые определяют, что это человек, а не скажем, кузнечик?

>>И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.
>
>к вашему мощному скептецизму еще бы отсутствие мистицизма и побольше любознательности, цены б вам не было :)

>>Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру?
>
>Да, именно так. Не всегда " водну ти ту же" (есть допустимые различия), но "функционально" в большинстве случаев при одних и тез же начальных условиях - в одну и ту же.

Насколько мне известно, это никто теоретически не доказал. В свое время нобелевский лауреат Кристиан Анфенсен денатурировал ферментативные белки в растворе - они раскручивались в длинные цепочки. Затем убирал денатурирующие агенты и белки вроде как скручивались обратно в то же самое без помощи клеточных механизмов, так как восстанавлмвалась их ферментативная активность. Отсюда и пошло убеждение, что де белки "сами знают" как им скручиваться. Но естественно теоретически это никто до сих пор не обосновал. Потом выяснилось, что ферментную активность в водном растворе вне клетки после денатурирования восстанавливают отнюдь не все белки и не всегда. Тогда стали думать, а как же в клетке - и выяснили, что там есть специальные белки-уклачики, которые назвали шаперонами, которые каким-то образом помогают белкам правильно укладываться, если допускаются ошибки фолдинга, а они допускаются весьма часто. Причем шапероны даже помогают раскручивать неправильно сложившийся белок, и скручивать его заново уже правильно. Само устройство шаперонов ввовсе не таково, чтобы они могли содержать информацию о том, как нужно скручивать данный конкретный белок. Поэтому как они работают - до сих пор никто толком не знает. Не знают даже , как они находят неправильно сложившийся белок. Что касается компьютерных вычислений фолдинга, то в сети я встречал расчеты только коротких белков в несколько десятков аминокислот, для которых вариантов складывания не так уж много и всегда можно поправкой параметров в компьютерной модели подогнать задачку под известный ответ.


>>Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?
>
>По-вашему, линейным кодом нельзя запрограммировать 3-мерную структуру?! Поколения программистов смотрят на вас с недоумением.

Речь идет не об абстрактном программировании линейным кодом 3-х мерной структуры, а о проблеме фолдинга белков, которая до сиз пор удовлетоврительно теоретически не решена.

>> По разному скрутится в зависимости от разных случайностей.
>
>"Разных случайностей ... " м-дя. Это обычно называется "начальные и граничные условия" - диапазон допустимых условий как раз и есть одна из задачек обеспечения синтеза белка. В чем пробелма-то?

Да в том, что в природе белки, особенно большие и сложные могут скручиваться неправильно и скручиваются. Но почему-то шаперонами это испавляется. Как устроен этот "механизм", никто не знает.

Вы считаете белковую молекулу чем-то вроде пластилиновой колбаски -гни как хочешь? Нет, это совершенно не так, "скрутить" ее можно ограничемным числом способов. Простейшая моделька, кстати, используемаядля моделирования - магнитики на пружинках. Даже если все магнитики и пружинки одинаковы. не прилагая чрезмерных усилий такую структуру произвольно не свернешь.

Чем больше магнитиков и пружинок, тем больше вариантов "скучивания".


>> А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.
>
>"Случайности". буде они не выходя за допустимый диапазон начальных условий, компенсируются устойчивости системы, выражение такое слышали "потенциальная яма".

Если бы все было так просто.

>>> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.
>>
>> Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.
>
>Потому тчо вам так хояется. А физхимики с изумлением смотрят на вас и продолжают все более успешно моделировать фолдинг.

Чем больше размер белка, тем все менее успешно. Но главное - нет теоретического обоснования что белок может всегда правильно скручиваться сам, и экспериментальная биология нашла белки шапероны, которые каким-то образом участвуют в исправлении ошибок фолдинга.

>Я более того скажу, пользуясь служебным положением мы с одним итальянским профессором такие кукукрямбы на кластере моделировали ... куда там линейным структурам. древовидные, аксиально-симметричные ...

>> Рад за Вас, но не за проблему.
>
>Непонятно что хотели сказать.

Тем, что Ваше моделирование проблему фолдинга не решает.

>> Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.
>
>Да сворачивается. сворачивается. иначе мы бы с вами не сотрясали электроны.

>Вообще на будущее. Вы лучше прочитывайте весь текст, прежде чем отвечать, а то у вас поабзацная система.
От Игорь
К Игорь (04.09.2015 22:05:03)
Дата 05.09.2015 13:29:10

Или вот к примеру

2005 год "Цитология", том 47 №11

Структурная динамика, стабильность и фолдинг белков
Кузнецова, Форже, Туроверов

В конце статьи в заключении написано следующее:

"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".
От vld
К Игорь (05.09.2015 13:29:10)
Дата 07.09.2015 17:44:14

Re: отвечу кратко

>"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".

Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.
От Игорь
К vld (07.09.2015 17:44:14)
Дата 08.09.2015 14:28:22

Re: отвечу кратко

>>"Несмотря на огромное число экспериментальных и теоретических работ по изучению процессов сворачивания - разворачивания белков, вопрос о том, каким образом в последовательности аминокислотных остатков закодирована информация о пространственной структуре белка, остается нерешенным".
>
>Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.

Мне смешно наблюдать, как генетики уже полвека ищут в последовательности аминокислот белка некий "стереохимический код" трехмерной структуры, который сами же и придумали.
От vld
К Игорь (08.09.2015 14:28:22)
Дата 09.09.2015 13:02:30

Re: отвечу кратко

>>Ваша аргументация предсказуема, проста как 5 коп и надежна как булыжник, если что-то не до конца изучено (или вам лично это непонятно), значит, поучаствовали божественные силы. Аминь.
>
> Мне смешно наблюдать, как генетики уже полвека ищут в последовательности аминокислот белка некий "стереохимический код" трехмерной структуры, который сами же и придумали.

А вам все и сразу? Все и сразу только в церкви - и посмертное блаженство, и посмертный мешок подарков от деда Мороза бога. Мы же, грешные. живем в обычной жизни, где природа свои тайны не томным голоском на ушко рассказывает (как вам), а выдирать приходится ценой долгой и не всегда благодарной работы. Вон гравитационо-волновое излучение уже не первое поколение физиков ищет, то что не наши, не значит, что его нет.
От Александр
К vld (28.08.2015 18:34:44)
Дата 28.08.2015 20:33:15

Вы, батенька, не сечете разницу между студентом и мракобесом

>>Тупого рыхлого изовравшегося барчука ткнули носом В то, что для кодирования внешнего вида нужно минимальное количество информации. Вместо того, чтобы честно по-мужски признать что не знал и поблагодарить за науку, тупой осклизлый барчук продолжает хамить умным.
>
>Что ж вас так колбасит-то, "не умеете объяснить - ваша вина, а не студента"@

При чем тут студент?

>На самом деле минимальное необходимое количество инвормации - 1 бит. Кодируем 1 - человек, 0 - нет. Т.е. имея правильную систему декодирования информации в первом случае получаем на выходе гомо сапиенса. во втором - не получаем.
>Все упирается в систему декодирования соб-сно. Все эти меру информации по Шеннону и проч., которые пытается Игорь приложить к данной задаче (кодирование генома) - они из другой оперы.

Не ищите в жопе мозга. Какой нафиг Шенон? Ща я открою для вас окошко в мир дурацкой логики :)
Дурак знает как кодируется растровая графика - двумерный массив пикселей. Векторной графике дурака не учили и сам он не интересовался. Ну потому что дурак. Дурак думает что трехмерные формы кодируются трехмерным массивом вокселей. Ну то есть чтобы закодировать тушку высотой в два метра сантиметров 40 в плечах и тридцать в толщину с разрешением хотя бы десяток вокселей на миллиметр, надо соответственно трехмерный массивчик 200 000 х 40 000 х 30 000. То есть 240 000 000 000 бит. То есть раз в 40 больше чем поместится в геноме. И никак-то по-другому трехмерную структуру не закодируешь. Ну в его дурацком понимании, конечно. А зипом в 40 раз не ужмешь, следовательно человека бог сотворил.

Дураку объяснили что трехмерные структуры кодируются с бесконечным разрешением параметрическими поверхностями: безьерами, нурбсами, субдивижином решеток с малым разрешением. Примерно так https://www.youtube.com/watch?v=ac4qV2uIF3Q
Не говоря уже о фракталах, с помощью которых очень небольшим количеством параметров кодируются структуры бесконечной сложности https://www.youtube.com/watch?v=oc3sKCGO-H0
https://www.youtube.com/watch?v=79SqIC2bNcM

Если бы мы имели дело со студентом, он бы заинтересовался и научился. Но мы имеем дело с мракобесом, которого интересуют только смачные пинки под его рыхлый зад.

>Говорить о проблеме кодирования генома, обходя вопрос "устройства декодера" бессмысленно. На невербальном уровне математик понимает что и как, пролагая четкую границу между собственно кодом и адресатом кода,но вот объяснить это третьему лицу бывает несколько непросто.

Дурак свел проблему к однозначно задаваемой трехмерной форме. Дурак утверждает что задать ее можно только растровым способом. Дураку указали что это не так. Любой третьеклассник знает что шар задается четырьмя числами: координатами центра и радиусом и никакого растра не надо. Это не геном, это Евклид. На крайняк Декарт. Все. Это знали даже кардиналы, которые гнобили Галилея. Мракобесов надо пороть, чтобы никому не повадно было. Его перформанс не является продуктом интеллектуальной деятельности. Это явление примерно такого порядка
http://s2.afisha.net/MediaStorage/75ab4c5c987b4c1d951e0d458108.jpg


---------------------------
http://tochka-py.ru/