Вы работаете с идеальными объектами (программами) и потому мир принимаете за идеальный объект. представляете свою частную деятельность программиста, за всеобщий закон развития мира – работу программиста божественного.
Эти ваши построения (про термодинамику прежде всего) опровергаются легко – наблюдаемыми мутациями вирусов и бактерий. приспосабливающихся к иммунитету антибиотикам. Так что с точки зрения науки ваша гипотеза неудовлетворительна для объяснения пробелов эволюционной теории, а с точки зрения религии она является ересью, поскольку Бога Вы подменяете, ну скажем, сверхцивилизацией, решившей поупражняться в генетическом программировании, что кстати приводит Вас к проблеме её возникновения.