Это не так. Например, для марксизма они различаются.
Посмотрим в БСЭ.
=========================
Метафизика, 1) философская «наука» о сверхчувствительных принципах бытия...
2) Противоположный диалектике философский метод, исходящий из количественного понимания развития, отрицающий саморазвитии… В качестве метода мышления, противоположного диалектике, М. впервые была истолкована в идеалистической форме Г. Гегелем. К. Маркс, Ф. Энгельс и В. И. Ленин показали научную несостоятельность метафизического метода мышления. Именно в марксизме понятие «М.» приобрело указанный смысл и в терминологическом отношении.
Онтология, (от греч. ón, род. падеж óntos - сущее и...логия), раздел философии, в котором рассматриваются всеобщие основы, принципы бытия, его структура и закономерности. По своему существу О. выражает картину мира, которая соответствует определенному уровню познания реальности и фиксируется в системе философских категорий, характерных для данной эпохи, а также для той или иной философской традиции (материализма или идеализма и т.п.). В этом смысле каждая философская и вообще теоретическая система непременно опирается на определенные онтологические представления, составляющие её устойчивое содержательное основание и подвергающиеся изменениям по мере развития познания…
До начала 19 в. О. развивалась умозрительно, опираясь на спекулятивные представления о скрытых сущностях вещей. Несостоятельность такого учения о бытии, подвергнутая критике в немецкой классической философии, была полностью преодолена марксизмом, который показал необходимую связь и единство О., гносеологии и логики и, следовательно, зависимость онтологических представлений от наличного уровня и форм познания…
В современной марксистской литературе вопрос об О. является предметом дискуссии: если одни считают, что О. не имеет права на самостоятельное существование, то, по мнению других, в рамках диалектического материализма О. должна выступать в качестве его особого раздела.
========================
Упрощенно говоря. Метафизика – это «наука» о сверхчувствительном и антидиалектичный метод. Онтология – это представления о мироустройстве. Представления, изменяющиеся (развивающиеся вслед за познанием), с возможностями диалектики.
Еще проще, антидиалектика и диалектика.
