От Александр
К Лысенко-от-физики
Дата 28.05.2003 19:21:00
Рубрики Прочее; История; Манипуляция; Идеология;

Re: Лысенко =...

>Геном-то, оказывается, нестабилен. У БАКТЕРИЙ. У нас с вами, насколько я понимаю, все кораздо стабильнее. А почему? Всякие репаразы должны работать одинаково, и там, и там.

Почему же одинаково? Бактерии раком не болеют. При значительных мутационных повреждениях генома есть два пути - чинить с ошибками или сдохнуть. Одноклеточные выбирают чинить с ошибками потому что им терять нечего. Многоклеточные выбирают сдохнуть и запускают програмируемую клеточную смерть. Обгорать на солнышке не случалось?

>>В колонии же клетки происходят от предка, и поэтому ведут себя очень сходно. Различие "гелей" обусловлено вариабельностью геномов бактерий-основателей.
>
>лихо. Это ваше мнение и не более. Вы не замечаете разницы между своим мнением и твердо установленными данными.

Твердо установленные "физиком который тоже мог подпутать"? Вы бы экспериментальные данные изложили.

> Держу пари, никто точно не знает, чем именно отличаются гели разных колоний. Я подозреваю, что ДНК разные,

Так "твердо установленные" или "никто точно не знает"?

>НО!!!!!

> эта ДНК, исходя из ВАШИХ же слов, и в пределах одной колоний должна быть разная. То есть, мы все равно упирамся в коллективные эффекты.

В какие? Хорошо бы примерчик. А то в темродинамике мы тоже упремся в коллективные эффекты.

>>Тут дело в том, что части геля (белки и углеводы) продуцируются самими бактериями. Последовательность и конформация белка обуславливается взаимодействием генов. Процессинг углеводов тоже обусловлен белковыми ферментами, что кодируются генами.
>
>Ну, отлично. А как насчет напрячься, и самому сделать выводы из своих же слов? Процесс колективный. Работает СЕТЬ генов и сеть "месседжеровых" (сообщательных) молеекул. При ОДНОМ И ТОМ же ДНК - коде, может, в результате самоорганизации, возникнуть РАЗНАЯ культура.
>Это просто или надо подробнее?

Надо подробнее. Пусть клетки в центре колонии голодают, а по краям обжираются. Какое отношение это имеет к наследственности? Это чистая экология. Берем любую из этих клеток, растим новые колонии и наблюдаем то же самое. В центре голодают по краям растут. При чем тут наследственность?

>Ну и? Повторюсь, для меня очевидно, что система при одном и том же исходном ДНК коде может возникнуть РАЗНЫЙ гель? Это надо подробнее объяснять?

Объяснять надо при чем тут наследственность. Берете оплодотворенную яйцеклетку из черной мыши, сажаете в белую и получаете угадайте какую.

От Лысенко-от-физики
К Александр (28.05.2003 19:21:00)
Дата 29.05.2003 13:56:59

Как же все можно утопить в терминологии :(

>Объяснять надо при чем тут наследственность.

Я вообще предлагаю не использовать это неактуальное слово. Оно все запутывает.

Простые факты таковы, что хромосомная ДНК - а именно вокруг нее шла драка, не определяет фенотипические (= макроскопические) свойства организма однозначно. Признания и пониманя этого достаточно, чтобы закончить эту трепологию.

Вообще это было ясно давно хотя бы из того, что при росте макро-организма клетки дифференцируются. ДНК - код у разных клеток один и тот же, но на разных участках у них "заглушки", и белок они синтезируют разный. Загадка морфогенеза в том и состоит, как именно клетки делают выбор.

По концепции эволюционно-устойчивой стратегии Мейнарда Смита клетке нужно выбрать тот или иной режим функционирования, который - когда выбор сделан - уже устойчив.

Данный набор генов, поскольку они могут "глушить" друг друга, вообще говоря, ничего не определяет. Может так случиться в зависимости от начальных условий, что тот или иной белок присутствует в большей или меньшей степени, могут "вначале" включиться (или выключиться) те или иные гены.

То есть, НЕТ отдельных генов как таковых, есть СЕТЬ взаимодействующих генов, определяющих всю сосвокупность белков. Вот эта формулировка мне нравится больше всего.

Давайте еще раз подробно. Есть СЕТЬ генов. Гены (некоторые? все? да неважно), вырабатывают белки, которые могут "заглушить" или наоборот "активизировать" другие гены. эта сеть генов и сотрудничает и конкурирует одновременно (прямо по Энгельсу!).

Тот режим, МОДА, на которую выйдет данная клетка (= сложная совокупность ДНК и белка), вообще говоря неоднозначен. он зависит от начальной "затравки" из болтающихся в клетке и РЯДОМ белков. И не только белков, заметтье, но и кусков ДНК!

Эта мода, устойчивый режим работы, зависит от всей предыстории системы, однозначно хромосомной ДНК он НЕ определяется.

Когда этот режим "устойчив", обладает преемсвенностью во времени, можно говорить о "наследственности", хотя, еще раз повторю, использовать этот термин вековой давности я нахожу неприличным.

Преемственность КОЛЛЕКТИВА клеток может наблюдаться как с отделением "детеныша" от матери, так и нет, как у просто неперывно живущей колонии дрожжей, это абсолютно неважно.

Дочерний коллектив клеток может отличаться от материнского коллектива как хромосомно, так и фенотипически, но что-то сохраняется, и тут-то генетики и спешат вляпать свое дурацкое слово "наследственность".

Забавно, но "непрерывная зародышевая плазма", выходит дело, действительно существует, но это коллектив клеток (в каждой из которых работает КОЛЛЕКТИВ генов, подчеркну), но не именно хромосомная ДНК.

Вообще, безграмотный детерменизм многих образованных людей, профессиональных ученых просто поражает.

При равных начальных условиях в экономике рынок не однозначно выбирает доминирующую технологию, как показал Нобеелвский лауреат Брайан Артур. На Западе это произвело шок в свое время. Все зависит от случайных и макроскопически не наблюдаемых начальных флуктуаций.

Классический пример: клавиатура QWERTY, которую придумали в середине 19 века. Это, если кто не знает, САМАЯ НЕУДОБНАЯ раскладка для латинского алфавита. Ее выбрали специально такой, потому что девушки-машинистки слишком быстро стучали пальчиками, и механизм печатающей машинки заедало. Надо было замедлить работу машинисток.

Очевидно, что в наши дни, с компьютерными клавиатурами, эта проблема неактуальна. Почему же QWERTY все продолжают выпускать? Да потому что ее выпускают ВСЕ. так принято. Никаких других причин нет. Где, в каком сжатом коде зашит этот стандарт? Да нигде. Это коллективная устойчивая мода.

Неее! - скажет ГЕНЕТИК. Эсть код - это документация на клавиатуру, просто ее никто не меняет. НИ ЧЕРТА! Документацию можно переписать в один день. Но в мире миллионы курсов по машинописи, миллионы людей потреяют работу. Они не сдадутся.

Повторюсь, QWERTY используют просто потому что ее используют. Организм обладает фенотипическими свойствами потому, что он, ВЕСЬ ОРГАНИЗМ, ими обладает.

Роль хромосом никто не отрицает. Но сами по себе они определяют далеко не все. Кто знает, может, они вообще никому не нужны и эволюционно устарели, как QWERTY. Просто атавизм.

Я этого не утверждаю, просто говорю "почему бы и нет".
От Александр
К Лысенко-от-физики (29.05.2003 13:56:59)
Дата 29.05.2003 20:25:00

Re: Как же...

>>Объяснять надо при чем тут наследственность.
>
>Я вообще предлагаю не использовать это неактуальное слово. Оно все запутывает.

>Простые факты таковы, что хромосомная ДНК - а именно вокруг нее шла драка, не определяет фенотипические (= макроскопические) свойства организма однозначно. Признания и пониманя этого достаточно, чтобы закончить эту трепологию.

В таком случае разговор не о генетике. Разумеется крысе можно отрезать хвост и в ДНК получившийся фенотип никак не закодирован. Если нас не интересует наследование признака то роль ДНК опускаема. Речь идет о хирургии, например. Хромосомы всплывают когда мы хотим предсказать хвостатое или бесхвостое у данной крысы будет потомство.

>Преемственность КОЛЛЕКТИВА клеток может наблюдаться как с отделением "детеныша" от матери, так и нет, как у просто неперывно живущей колонии дрожжей, это абсолютно неважно.

>Дочерний коллектив клеток может отличаться от материнского коллектива как хромосомно, так и фенотипически, но что-то сохраняется, и тут-то генетики и спешат вляпать свое дурацкое слово "наследственность".

Сохраняется не что-то, а все. Посадишь дрожжи - мухомор не вырастет. Не то что генетики спешат впаять слово наследственность, просто они только наследственность и изучают.

>Забавно, но "непрерывная зародышевая плазма", выходит дело, действительно существует, но это коллектив клеток (в каждой из которых работает КОЛЛЕКТИВ генов, подчеркну), но не именно хромосомная ДНК.

Генетики никогда и не говорили что ген один, ген с самого начала был "элементарной единицей", каковых в клетке по определению не одна, и взаимодействие генов еще с Моргана изучали.

>Вообще, безграмотный детерменизм многих образованных людей, профессиональных ученых просто поражает.

Поражает.

>Неее! - скажет ГЕНЕТИК. Эсть код - это документация на клавиатуру, просто ее никто не меняет.

Генетик не занимается историей технических стандартов.

>Роль хромосом никто не отрицает. Но сами по себе они определяют далеко не все. Кто знает, может, они вообще никому не нужны и эволюционно устарели, как QWERTY. Просто атавизм.

>Я этого не утверждаю, просто говорю "почему бы и нет".

Потому что это легко проверяется экспериментально. Ответ на Ваш вопрос "Нет".
От Лысенко-от-физики
К Александр (29.05.2003 20:25:00)
Дата 30.05.2003 10:38:51

Возражений не последовало, как я вижу

Набор генов (ввиду своего взаимодействия, взаимного подавления и активирования) не определяет набор белков ОДНОЗНАЧНО. Этот процесс находится на тонкой грани между детерминированным и вероятностным, он НЕЛИНЕЙНО зависит от начальных условий - затравки из белков и нехромосомной ДНК.

Это же относится к дочернему организму. При одном и том же наборе хромосом стартовый (полученный от родителей) набор белков и межклеточной среды МОЖЕТ давать разный фенотип, устойчиво воспроизводящийся. Мироновская - 808.

Так или нет? сколько можно уходить в сторону?

Я уж вообще не рассматриваю другое явление, более радикальное. которое сейчас все больше осуждается - о нарушении основной догмы молекулярной биологии, т.е. жесткой схемы ДНК - РНК - БЕЛОК с запретом на обратное направление, и

МОДИФИКАЦИИ ХРОМОСОМНОЙ ДНК под давлением нового белка, то есть В ПРЯМОМ СМЫСЛЕ наследовании приобретенных признаков

См. книгу "А что, если Ламарк прав?" австралийских иммунологов, "Мир", 2002 г.
От Александр
К Лысенко-от-физики (30.05.2003 10:38:51)
Дата 30.05.2003 12:01:22

Re: Возражений не...

>Набор генов (ввиду своего взаимодействия, взаимного подавления и активирования) не определяет набор белков ОДНОЗНАЧНО. Этот процесс находится на тонкой грани между детерминированным и вероятностным, он НЕЛИНЕЙНО зависит от начальных условий - затравки из белков и нехромосомной ДНК.

Вы говорите странные вещи. "Тонкая грань" между коровой и дубом? Или все-таки однозначно детерминировано что из коровы корова, и из дуба дуб? А между Word и Excel тоже тонкая грань? Заметьте что текст документа и содержимое таблицы не определяется кодом программы однозначно. И тем не менее покупают почему-то и Word и Excelю

>Это же относится к дочернему организму. При одном и том же наборе хромосом стартовый (полученный от родителей) набор белков и межклеточной среды МОЖЕТ давать разный фенотип, устойчиво воспроизводящийся.

>Так или нет? сколько можно уходить в сторону?

Если в ДНК закодирован триггер то будет триггер. Состояние существующего триггера может переключаться. Но если триггер в ДНК не закодирован то не будет триггера и состояние переключаться не будет. Бактериофаг лямбда может лизировать бактерию сразу или встроиться в ее хромосому и замолчать до времени. При облучении ультрафиолетом фаг активируется и лизирует клетку. Эта его способность закодирована в гене репрессоре. Замутируй ген репрессор и фаг сможет только лизировать клетки, а встраиваться в хромосому не сможет.

>Я уж вообще не рассматриваю другое явление, более радикальное. которое сейчас все больше осуждается - о нарушении основной догмы молекулярной биологии, т.е. жесткой схемы ДНК - РНК - БЕЛОК с запретом на обратное направление, и

Запрета на синтез ДНК по РНК нет.

>МОДИФИКАЦИИ ХРОМОСОМНОЙ ДНК под давлением нового белка, то есть В ПРЯМОМ СМЫСЛЕ наследовании приобретенных признаков

Какого "нового белка"?
От Лысенко-от-физики
К Александр (30.05.2003 12:01:22)
Дата 31.05.2003 20:53:15

Читайте Брайана Артура, Ствена Уолфрэма, Крстофера Ленгтона

>>Набор генов (ввиду своего взаимодействия, взаимного подавления и активирования) не определяет набор белков ОДНОЗНАЧНО. Этот процесс находится на тонкой грани между детерминированным и вероятностным, он НЕЛИНЕЙНО зависит от начальных условий - затравки из белков и нехромосомной ДНК.
>
>Вы говорите странные вещи. "Тонкая грань" между коровой и дубом? Или все-таки однозначно детерминировано что из коровы корова, и из дуба дуб?

Простите меня, пожалуйста, но я, в похоже, самом деле, немного заРВался (не НЕ зВРался). Вы, да и многие, в самом деле, очень сильно отстали от современной науки, теории сложности.
Поскольку я читаю лекции студентам - математикам, я считаю эти вещи давным давно известными.

Расскажу об одной капле в море.
В 1983 г. американский экономист Брайан Артур, он уже Нобелевский лауреат, опубликовал в советском журнале "Кибернетика" статью (вместе с нашими авторами Каниовским и Ермольевым) о механизме случайного выбора в экономических системах.

Об этом написано, кажется во 2м номере за 1990 г журнале "В мире науки" (переводной "Сайентифик Америкен").

Выбор случайный, да не случайный, детерминирванный, да не детерменированный. Ну не могу я подробно все пересказывать. Грубо, суть в том, что небольшие флуктуации на начальном этапе могут вырулить систему либо на одну, либо на другую УСТОЙЧИВУЮ ветку. Грань между двумя этапми - верятностным и детерминирванным, не надо гыгыкать - крайне размыта.

Другая капля в море - так называемые клеточные автоматы 4-го класса. Американский физик Стивен Уолфрэм (сейчас он более известен как создатель программы "Математика"). Уолфрэм изучал крайне прстые клеточные автоматы - линейки из ячеек, каждая из которых может принимать ограниченный набор значений.

оказалось, что все такие автоматы по типу своего поведения делятся на 4 класса.

1 - класс - все умирает
2 класс эволюция сводится к выходу либо на стационарные пространственные структуры либо на колебательные
3 - класс - хаотическая динамика.
4 - представьте себе, ПРОМЕЖУТОЧНАЯ между детерминированной и хаотической!!!

Другой американский математик Кристофер Ленгтон пришел к выводу, что именно такие системы - 4-го класса, должны лежать в основе живых систем.

Надеюсь, со временем я выложу свои лекции на сайте Института прикладной математики им. Келдыша РАН, и вы все сможете прочесть подробно.
От BLS
К Лысенко-от-физики (31.05.2003 20:53:15)
Дата 03.06.2003 22:16:58

Re: Читайте Брайана...

>Другая капля в море - так называемые клеточные автоматы 4-го класса. Американский физик Стивен Уолфрэм (сейчас он более известен как создатель программы "Математика"). Уолфрэм изучал крайне прстые клеточные автоматы - линейки из ячеек, каждая из которых может принимать ограниченный набор значений.
Ну так они ж дискретные.
А значит последовательность состояний выходит неизбежно выходит на периодическую последовательность.
Другое дело, что период может быть большим.

>оказалось, что все такие автоматы по типу своего поведения делятся на 4 класса.

>1 - класс - все умирает
>2 класс эволюция сводится к выходу либо на стационарные пространственные структуры либо на колебательные
>3 - класс - хаотическая динамика.
>4 - представьте себе, ПРОМЕЖУТОЧНАЯ между детерминированной и хаотической!!!

И откуда ж они берутся, эти 3 и 4?
От Александр
К Лысенко-от-физики (31.05.2003 20:53:15)
Дата 31.05.2003 22:44:04

Боюсь не найду времени.

>>Вы говорите странные вещи. "Тонкая грань" между коровой и дубом? Или все-таки однозначно детерминировано что из коровы корова, и из дуба дуб?
>
>Простите меня, пожалуйста, но я, в похоже, самом деле, немного заРВался (не НЕ зВРался). Вы, да и многие, в самом деле, очень сильно отстали от современной науки, теории сложности.

Спасибо на добром слове.

>Поскольку я читаю лекции студентам - математикам, я считаю эти вещи давным давно известными.

Вы им лекции по генетике читаете?

>Выбор случайный, да не случайный, детерминирванный, да не детерменированный. Ну не могу я подробно все пересказывать. Грубо, суть в том, что небольшие флуктуации на начальном этапе могут вырулить систему либо на одну, либо на другую УСТОЙЧИВУЮ ветку. Грань между двумя этапми - верятностным и детерминирванным, не надо гыгыкать - крайне размыта.

Вам был приведен пример подобной системы в биологии - прекрасно изученый выбор между литическим и лизогенным циклом фага лямбда. Заражаешь диким фагом газон бактерий и видишь мутные бляшки. Часть клеток фаг убил, у других встроился в хромосому и защитил от инфекции другими фагами. Инфецируешь фагом мутантным по гену репрессору и бляшки получаются прозрачные. Фаг может только убивать, а встраиваться не может. Отсюда мораль: недетерминизм в наследовании существует ровно в той степени в которой допускается геномом.

>Другой американский математик Кристофер Ленгтон пришел к выводу, что именно такие системы - 4-го класса, должны лежать в основе живых систем.

>Надеюсь, со временем я выложу свои лекции на сайте Института прикладной математики им. Келдыша РАН, и вы все сможете прочесть подробно.

Рад за математиков. Но биология естественная наука. Ее нельзя высосать из пальца. В ней гипотезы проверяются экспериментами. Как я уже писал однажды, у меня возникает ощущение что экспериментаторов среди советских ученых практически не было. Вы укрепляете это мое заблуждение.