От Сепулька
К Дмитрий Кропотов
Дата 06.12.2004 14:52:21
Рубрики Прочее; Россия-СССР;

Re: О проблемах...

>Не принимайте всерьез, Фриц, высказывания Сепульки про то, что Сысой что-то там рассмотрел. Сепулька, по своему обыкновению, излагает только выгодные ей факты, а о противоположных - умалчивает. Дискуссия шла (идет) в "кулуарах".

Дождемся окончания дискуссии, и тогда посмотрим. Насчет же "по обыкновению, излагает только выгодные ... факты" - это можно очень часто адресовать Вам, поэтому Ваше обвинение Вам и возвращаю.
От Дмитрий Кропотов
К Сепулька (06.12.2004 14:52:21)
Дата 07.12.2004 09:18:09

Так чего ждать-то?

Привет!
>>Не принимайте всерьез, Фриц, высказывания Сепульки про то, что Сысой что-то там рассмотрел. Сепулька, по своему обыкновению, излагает только выгодные ей факты, а о противоположных - умалчивает. Дискуссия шла (идет) в "кулуарах".
>
>Дождемся окончания дискуссии, и тогда посмотрим. Насчет же "по обыкновению, излагает только выгодные ... факты" - это можно очень часто адресовать Вам, поэтому Ваше обвинение Вам и возвращаю.
Сысой, уже высказался, причем по заметке, приведенной в сообщении выше не сказал ничего. Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
А Александр и того не собирается.
Хотя тут бы им и карты в руки - ведь они ученые-генетики, и тема имеет отношение к ним.
А вы, Сепулька - чего молчите? Ведь никаких особых сложностей в моем сообщении нету. Это просто здравый смысл, применять который всегда призывает Сергей Георгиевич.



Дмитрий Кропотов, www.avn-chel.nm.ru
От Сысой
К Дмитрий Кропотов (07.12.2004 09:18:09)
Дата 07.12.2004 17:07:11

Ответа ждать, а не хамить ...

Здравствуйте!

>Сысой, уже высказался, причем по заметке, приведенной в сообщении выше не сказал ничего.

Спешу заметить, что здесь я не высказывался. А тот спор еще не закончен по причине моей теперешней згруженности работой перед Рождеством.

> Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.

Хамство не украшает. Запросы авторам статей по генетической датировке я послал, также и людям, сведующим в рассчетах скорости эволюции.

Так что не надо дергаться. Сидите и ждите, пока вам ответят. Быстрота-то она нужна лишь при ловле блох и при поносе.
Вам я уже говорил о своей загруженности, вы решили педалировать. Меня такие трюки не впечатляют.

> Ведь никаких особых сложностей в моем сообщении нету. Это просто здравый смысл, применять который всегда призывает Сергей Георгиевич.

Сложностей в вашем сообщении нету, это да. Но дело в том что вы не знаете по какой методике были проведены рассчеты, и я не знаю. Поэтому самым благоразумным было бы подождать ответов специалистов в рассчете скорости эволюции. Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.
Очевидно, что линейный расчет здесь не поможет, в статьях идут ссылки на модели построения филогенеза и использования программных пакетов, но принципы не указаны, т.к. они предполагаются базовыми для эволюционных генетиков.
Поэтому благоразумнее будет подождать ответа авторов статей. Кстати, третья неандертальская последовательность из станицы Межмайской была проанализирована и с участием наших специалистов из Института гериатрии (Игорь Овчинников), Института археологии (Галина Романова), Института и Музея антропологии МГУ (Виталий Харитонов). Можно спросить и их, если кто-нибудь знает контактные данные.

Сомнений в калибровке и датировке дат расхождения ненадертальцев и людей пока я нигде в журналах не обнаружил даже среди сторонников мультирегиональной гипотезы (Воплофф, Смит, Темплетон), что говорит об адекватной методологии работ. На данный момент мне представляется несколько невероятной ситуация "все ученые дураки, один Дмитрий умный". Так что подождем - увидим ...
От Дмитрий Кропотов
К Сысой (07.12.2004 17:07:11)
Дата 08.12.2004 11:36:05

Молекулярные часы должны идти всегда одинаково

Привет!
Иначе они - не часы.
И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "

О том, что предположение о постоянстве скорости мутаций - слабое место метода анализа митДНК - я вам неоднократно указывал, и ссылку эту давал:
"The rate of mtDNA mutation is not well known. A study by Parsons et al. (1997) found a rate 20 times higher than that calculated from other sources. In an article reviewing mtDNA research, Strauss (1999a) reports that mtDNA mutation rates differ in some groups of animals, and can even vary dramatically in single lineages"
http://www.talkorigins.org/faqs/homs/mtDNA.html

>> Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
>Хамство не украшает. Запросы авторам статей по генетической датировке я послал, также и людям, сведующим в рассчетах скорости эволюции.
В чем тут вы видите хамство? В том, что я оказался прав, выдвинув версию о вашей загруженности?

>Так что не надо дергаться. Сидите и ждите, пока вам ответят.
>Быстрота-то она нужна лишь при ловле блох и при поносе.
Это, надо полагать, не хамство?
Вопрос об извинениях с вашей стороны, видимо, будет риторическим.

>> Ведь никаких особых сложностей в моем сообщении нету. Это просто здравый смысл, применять который всегда призывает Сергей Георгиевич.
>Сложностей в вашем сообщении нету, это да. Но дело в том что вы не знаете по какой методике были проведены рассчеты, и я не знаю.
Зато я знаю, что они проводились в предположении
а)что скорость накопления мутаций в митДНК хорошо известна (см. выше - это упоминается как слабость метода)
б)методика эта названа "молекулярными часами"
в)результаты применения этой методики
на всем участке 600тыс.-наст.время дают прямую пропорциональную зависимость число различий-время расхождения ветвей. Единственное исключение - время расхождения человек-шимпанзе - 5-8 млн.лет. Тут предполагается иной наклон прямой, нежели при анализе времени расхождения человек-неандерталец и человек-человек.

Все эти методики выдают в результате прямую, которую я вижу по двум точкам - 8 различий для совр. людей дают 200 тыс. лет, в три раза большее число различий для неандертальцев - дают и в три раза больший срок - 600 тыс. лет. Иначе употреблять эпитет "молекулярные часы" по отношению к методу определения этих датировок не было бы нужды. Часы, знаете ли, _равномерно_ отмеряют равные промежутки времени, потому они и часы.

Никакими ссылками на "методику" вы этого факта не опровергнете.

>Поэтому самым благоразумным было бы подождать ответов специалистов в рассчете скорости эволюции.
Мы от вас уже много чего ждем, не так давно вы обещали интервью взять у генетика И.А.Захарова,
http://vif2ne.org/nvz/forum/3/archive/95/95682.htm
я даже вопросы подготовил - и в результате - ни ответа ни привета.
Даже формальных извинений дать не удосужились - дескать, не получилось - уж так загружены, так загружены... :)

Не удивлюсь, что и эта тема тихо умрет с вашей стороны - сказать что-нибудь по-существу не получится, или ответа от своих корреспондентов так и не дождетесь.
Я, со своей стороны, чтобы вы не забыли - подниму ветку в корень.

>Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.

Вы не указали датировок, к которым они пришли. Как укажете - так, думаю, и увидим, что это вариация на ту же тему "молекулярных часов", который идут с постоянной скоростью.
Чтож не указали датировок? Откуда такая избирательность - вроде бы что-то сказать, и в то же время ничего не сказать?

>Очевидно, что линейный расчет здесь не поможет, в статьях идут ссылки на модели построения филогенеза и использования программных пакетов, но принципы не указаны, т.к. они предполагаются базовыми для эволюционных генетиков.
Посмотрим. Если для вас упоминание "программных пакетов" служит увеличивающим авторитетность исследования признаком - то для меня - наоборот, слишком уж я хорошо знаю эту кухню.

>Поэтому благоразумнее будет подождать ответа авторов статей. Кстати, третья неандертальская последовательность из станицы Межмайской была проанализирована и с участием наших специалистов из Института гериатрии (Игорь Овчинников), Института археологии (Галина Романова), Института и Музея антропологии МГУ (Виталий Харитонов). Можно спросить и их, если кто-нибудь знает контактные данные.
Я, к сожалению, не знаю.

>Сомнений в калибровке и датировке дат расхождения ненадертальцев и людей пока я нигде в журналах не обнаружил даже среди сторонников мультирегиональной гипотезы (Воплофф, Смит, Темплетон), что говорит об адекватной методологии работ. На данный момент мне представляется несколько невероятной ситуация "все ученые дураки, один Дмитрий умный". Так что подождем - увидим ...
Не все, далеко не все. Отзывы специалистов, полагавших генетический анализ недостоверным я привел
http://vif2ne.org/nvz/forum/3/co/132524.htm


И, посмотрите, например, в биографии Вилсона, первопроходца генетических датировок - как встретили его датировки антропологи:
http://awcmee.massey.ac.nz/aw.htm

Таким образом, у вас остался один аргумент - дескать, генетики использовали особые методики анализа генетических данных, которые оправдывают их правильность. Ну выкатите вы ссылку, что использовалась "методика Х". Вряд ли там будет что-то более примечательное, нежели просто название и пара общих слов о сути. Но результат-то очевиден - эта методика на двух точках, различающихся в 3 раза по числу различий в геноме, дает сроки, тоже различающиеся в 3 раза - 600 тыс. лет для неандертальцев и 200 тыс. лет для совр. людей. Другого она дать не может, поскольку эти цифры сейчас общеприняты, сомневаться в них - большой грех :) Следовательно, по крайней мере, для интересующего нас периода, методика вырождается в прямую пропорциональность, неизбежно приводящую к противоречиям при попытке продолжить ее дальше. Можно, конечно, не продолжать - ограничиться только этими точкам, но чего тогда стоит эта методика? Что и требовалось доказать.

Понимаете, это полная капитуляция с вашей стороны, как бы вам не хотелось обратного. Датировка расхождения линий шимпанзе и совр. человека сейчас принимается примерно в 5-8 млн. лет. Все эти ваши методики и данные не могут ей противоречить. Второй дате, которой не могут противоречить ваши данные является сакраментальные 130-200 тыс. лет возникновения человека совр. типа в Африке. И вывод один - либо авторы просто взяли разные методики (например, приняв скорость мутаций на ветви человек-шимпанзе иной, чем на ветви человек-неандерталец и человек-человек), либо не увидели этого противоречия - неприменимости концепции "молекулярных часов".

По вашим данным:
Разница между человеческими популяциями 10,9 человек/ненадерталец - 35,2 (в 3.2 раза больше); человек/шимпанзе - 93,4 (2.7 раза больше)

Итак, если считать, что 93.4 различия соответствует 6.5 млн.лет расхождения шимпанзе-человек, то неандертальцы выделились 2.5 млн. лет, а совр. человек появился 760 тыс. лет назад - ну никак 200 тыс. лет не получается, если данные не подгонять в угоду моде и господствующему мнению :)


Дмитрий Кропотов, www.avn-chel.nm.ru
От Сысой
К Дмитрий Кропотов (08.12.2004 11:36:05)
Дата 08.12.2004 18:32:42

Вы неправы, т.к. это лишь ваше предположение ...

Здравствуйте!

>Иначе они - не часы.

Часы-часы, потому как для разных групп генов имеется своя скорость мутаций, также как и для основных таксонов живых существ. И это давно известно, скажем разные скорости мутаций в мтДНК и аутосомных генах. Поэтому глобальных молекулярных часов для всех абсолютно генов не существует. Существуют локальные молекулярные часы, на сонове которых и ведется подсчет. Кстати, основатель теории нейтральной эволюции, прямо относящейся к молекулярным часам, Кимура еще в начале 80-х принял теорию локальных молекулярных часов. Если вы посмотрите на современные публикации по теме, то именно локальные молекулярные часы являются наиболее общепринятой теорией. Скажем общеизвестный случай с Д-петлей в мтДНК - там скорость мутаций выше и ни для кого это не новость, также как и гипервариабельные участки ДНК, контролирующие продукцию антител.
Заявлять о разной скорости мутаций в разных участках ДНК у раных видов как о какой-то новости - ломиться в открытую дверь.

>И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
>"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "

Так все правильно. Порядок указан правильно, далее специфицировано, что часы могут быть для гена, и для генома. Также указано, что постоянство скорости мутаций не абсолютно (т.к. для слова "относительно" не указан объект), т.е. могут варьировать в каких-то пределах. Для генома часы(конечно грубые) могут быть получены усреднением мутаций по всем сайтам (хотя этого прямо и не сказано). Ваше утверждение о посотянстве скорости мутаций во всех участках ДНК не просматривется в вышеприведенной цитате.

>О том, что предположение о постоянстве скорости мутаций - слабое место метода анализа митДНК - я вам неоднократно указывал, и ссылку эту давал:
>"The rate of mtDNA mutation is not well known. A study by Parsons et al. (1997) found a rate 20 times higher than that calculated from other sources. In an article reviewing mtDNA research, Strauss (1999a) reports that mtDNA mutation rates differ in some groups of animals, and can even vary dramatically in single lineages"
> http://www.talkorigins.org/faqs/homs/mtDNA.html

Предположение о постоянстве скорости мутаций уже давно в прошлом, как я вам уже указал, тем более, чтов гордом одиночестве расчеты по мутациям и не используются. Скорости определенные по генетическому анализу калибруются по палеонтологическим находкам.
Приведенная вами фраза может быть истолкована по разному. Например:
The rate of mtDNA mutation is not well known. может быть понята и в том смысле что неизвестна точно скорость всех участков мтДНК, т.к. скорость мутаций в управляющих последовательностях HRVII и HRVI вполне хорошо известна. Также, как мы видим, работа Страусса является обзором, т.е. сведения о разнице скорости мутаций у разных групп животных давно и хорошо всем известна.
Более того, данные Parsons не могут быть воспроизведены другими учеными, среди которых и знаменитый M.Stoneking, что отражено в публикации 1998 года:
Mitochondrial mutation rate revisited: hot spots and polymorphism. Nature Genetics 18, 109 - 110.

>>> Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
>>Хамство не украшает. Запросы авторам статей по генетической датировке я послал, также и людям, сведующим в рассчетах скорости эволюции.
>В чем тут вы видите хамство? В том, что я оказался прав, выдвинув версию о вашей загруженности?

Причем здесь слово версия? Я вам сообщил про свою загруженность до вашей так называемой "версии"
В контексте вашей фразы Сысой, уже высказался, причем по заметке, приведенной в сообщении выше не сказал ничего. Возможно, конечно, работает в библиотеке, но сомневаюсь.
А Александр и того не собирается. никакой версии о загруженности нет, а есть инсинуации по поводу намерений оппонентов.

>>Так что не надо дергаться. Сидите и ждите, пока вам ответят.
>>Быстрота-то она нужна лишь при ловле блох и при поносе.
>Это, надо полагать, не хамство?
>Вопрос об извинениях с вашей стороны, видимо, будет риторическим.

Сначала ожидаю их от вас.

>Зато я знаю, что они проводились в предположении
>а)что скорость накопления мутаций в митДНК хорошо известна (см. выше - это упоминается как слабость метода)

Это лишь ваше предположение - не более того. Работы проводилиось по двум локусам, для которых известны скорости мутаций, а не по всей мтДНК.

>б)методика эта названа "молекулярными часами"

У этой методики очень много вариантов. И чтобы судить о адекватности, надо представлять каким образом был произведен расчет и при каких допущениях.

>в)результаты применения этой методики на всем участке 600тыс.-наст.время дают прямую пропорциональную зависимость число различий-время расхождения ветвей. Единственное исключение - время расхождения человек-шимпанзе - 5-8 млн.лет. Тут предполагается иной наклон прямой, нежели при анализе времени расхождения человек-неандерталец и человек-человек.

Если вы не знаете примененной методики, то вы не можете говорить о прямой зависимости и наклонах кривой, т.к. первичные данные вы не анализировали. Обычно в таких случаях спрашивают авторов или специалистов по эволюционной генетике. Запросы я послал.

>Все эти методики выдают в результате прямую, которую я вижу по двум точкам - 8 различий для совр. людей дают 200 тыс. лет, в три раза большее число различий для неандертальцев - дают и в три раза больший срок - 600 тыс. лет. Иначе употреблять эпитет "молекулярные часы" по отношению к методу определения этих датировок не было бы нужды. Часы, знаете ли, _равномерно_ отмеряют равные промежутки времени, потому они и часы.

Вы не можете говорить о всех методиках, т.к. далеко не все они дают прямую, из-за явления насыщения мутаций. Тем более, если вы сами же приводите цитаты о разной скорости мутаций у разных видов, то говорить о какой-то абсолютной прямой без поправок не приходится.
Как я уже указывал, существует множество версий молекулярных часов и сводить все к одному эпитету несколько неадекватно. Часы, знаете ли, они разные бывают, тем более что для проверки их точности проводят калибровку по палеонтологическим данным.

>Никакими ссылками на "методику" вы этого факта не опровергнете.

Т.е. вы боитесь услышать ответы специалистов по теме, где бы они рассказали о свои методиках, и хотите завершить спор до этих комментариев. Я правильно понял?

>>Поэтому самым благоразумным было бы подождать ответов специалистов в рассчете скорости эволюции.
>Мы от вас уже много чего ждем, не так давно вы обещали интервью взять у генетика И.А.Захарова,
> http://vif2ne.org/nvz/forum/3/archive/95/95682.htm
> я даже вопросы подготовил - и в результате - ни ответа ни привета.
>Даже формальных извинений дать не удосужились - дескать, не получилось - уж так загружены, так загружены... :)

Обращайтесь к академику Захарову. Ваши вопросы были переданы, но ответа я не получил. И за что я должен извиняться? На себя оборотитесь ...

>Не удивлюсь, что и эта тема тихо умрет с вашей стороны - сказать что-нибудь по-существу не получится, или ответа от своих корреспондентов так и не дождетесь.
>Я, со своей стороны, чтобы вы не забыли - подниму ветку в корень.

Хамство - ваша вторая натура. Из этой фразы можно сделать вывод, что ни о какой "версии о загруженности" не шла в ваших инсинуациях поводу оппонентов, а имела тот же примерно смысл, что и эта. Если вы боитесь и хотите спор завершить - так и скажите.

>>Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.
>
>Вы не указали датировок, к которым они пришли. Как укажете - так, думаю, и увидим, что это вариация на ту же тему "молекулярных часов", который идут с постоянной скоростью.
>Чтож не указали датировок? Откуда такая избирательность - вроде бы что-то сказать, и в то же время ничего не сказать?

Хамим потихоньку... Болезнь жто у вас, батенька, болезнь ...
О данных так не спрашивают. Для тех кто в танке повторяем, что анализирован был сайт с иной скоростью мутаций, что ясно видно из данных, и показывает неадекватность вашего утверждения об использовании концепции универсальных молекулярных часов для всех генов. А датировки я приведу (хотя разговаривать с таким хамьем и неприятно): шимпанзе/человек 4-5 млн. лет назад, человек/неандерталец 465 (317-744) тыс. лет назад, человек/человек 163 (111-260) тыс. лет назад.

> Если для вас упоминание "программных пакетов" служит увеличивающим авторитетность исследования признаком - то для меня - наоборот, слишком уж я хорошо знаю эту кухню.

Опять грязные инсинуации по поводу оппонента. Нехорошо ...

>>Сомнений в калибровке и датировке дат расхождения ненадертальцев и людей пока я нигде в журналах не обнаружил даже среди сторонников мультирегиональной гипотезы (Воплофф, Смит, Темплетон), что говорит об адекватной методологии работ. На данный момент мне представляется несколько невероятной ситуация "все ученые дураки, один Дмитрий умный". Так что подождем - увидим ...
>Не все, далеко не все. Отзывы специалистов, полагавших генетический анализ недостоверным я привел
> http://vif2ne.org/nvz/forum/3/co/132524.htm

Вы привели лишь общие фразы, а не какие-то ссылки на недостоверность анализа ДНК неандертальцев.


>Таким образом, у вас остался один аргумент - дескать, генетики использовали особые методики анализа генетических данных, которые оправдывают их правильность.

Так они и использовали особые методики. Только вам это не нужно, т.к. вы не стремитесь разобраться в данных и почему ученые считают эти датировки достоверными. Вы лишь продавливаете свое понимание анализа безо всяких к тому оснований.

>Понимаете, это полная капитуляция с вашей стороны, как бы вам не хотелось обратного.

Это больше похоже на жуткий страх с вашей стороны, что что-то может оказаться не по-вашему. Недаром вы педалируете так усиленно, стремитесь нахамить оппоненту и закончить спор до ответа специалистов, чтобы выглядеть победившей стороной.


> Датировка расхождения линий шимпанзе и совр. человека сейчас принимается примерно в 5-8 млн. лет. Все эти ваши методики и данные не могут ей противоречить.

Конечно не могут, они берут эту дату как калибровочную.

> Второй дате, которой не могут противоречить ваши данные является сакраментальные 130-200 тыс. лет возникновения человека совр. типа в Африке.

Т.е. вы согласны и с этой датой?

> И вывод один - либо авторы просто взяли разные методики (например, приняв скорость мутаций на ветви человек-шимпанзе иной, чем на ветви человек-неандерталец и человек-человек),

В том и вопрос, чтобы выяснить как считали авторы. Если не разбираться в методике, то можно сесть в большую лужу. Если взять кусочек ткани у животного, обработать его для биохимического исследования, а затем посмотреть в микроскоп, как она устроена, то можно сделать "эпохальное открытие" - ткани живого организма имеют бесклеточную структуру.
Или еще можно и так делать опровержения:
http://nauka.relis.ru/cgi/nauka.pl?50+0405+50405126+html

> либо не увидели этого противоречия - неприменимости концепции "молекулярных часов".

Это вряд ли ... Система анонимного рецензирования не позволяет пропускать в печать очевидные ляпы.


>Итак, если считать, что 93.4 различия соответствует 6.5 млн.лет расхождения шимпанзе-человек, то неандертальцы выделились 2.5 млн. лет, а совр. человек появился 760 тыс. лет назад - ну никак 200 тыс. лет не получается, если данные не подгонять в угоду моде и господствующему мнению :)

Вы не поняли данных. Посмотрите внимательнее, ненадертальцы и люди находятся на примерно на одном и том же расстоянии от шимпанзе, т.е. ваша методика подсчета неадекватна.

И причем здесь подгон? Просто вы используете модель молекулярной эволюции, которая не соответствует реальности, основываясь на предположении о прямой линейной зависимости и глобальных молекулярных часах.

Слова про подгон можно лишь интерпретировать как завуалированный страх, т.к. это попытка опорочить оппонента до того как он привел модели и основания для рассчетов.
От Администрация (Сепулька)
К Сысой (08.12.2004 18:32:42)
Дата 09.12.2004 15:59:46

Один день "только чтение" за оскорбление (-)
От Дмитрий Кропотов
К Сысой (08.12.2004 18:32:42)
Дата 09.12.2004 09:05:21

А у вас недопонимание

Привет!
>Здравствуйте!

>>Иначе они - не часы.
>
>Часы-часы, потому как для разных групп генов имеется своя скорость мутаций, также как и для основных таксонов живых существ.
А при чем тут разные группы генов? Разумеется, этот факт никто и не оспаривает.
Оспаривается тот факт, что у одной группы генов может быть разная скорость мутаций. И именно этот факт ставит крест на гипотезе молекулярных часов, так как часы тем и характерны, что отмеряют равномерно равные промежутки времени.

> И это давно известно, скажем разные скорости мутаций в мтДНК и аутосомных генах. Поэтому глобальных молекулярных часов для всех абсолютно генов не существует.
Интересна у вас манера спорить - приписать оппоненту тот тезис, который он не высказывал и начать его опровергать.
Я же вел речь о том, что именно тот вид молекулярных часов (а отнюдь не часы вообще и не глобальные часы - тезис о которых вы мне приписали) не может называться таковым, так как нет абсолютно никаких оснований считать, что скорость мутаций в этом виде генома одинакова. И это подтверждает тот факт, что, приняв эту скорость за постоянную, и основываясь на ней для датировок - мы приходим к тяжелым противоречиям.

>>И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
>>"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "
>
>Так все правильно. Порядок указан правильно, далее специфицировано, что часы могут быть для гена, и для генома. Также указано, что постоянство скорости мутаций не абсолютно (т.к. для слова "относительно" не указан объект), т.е. могут варьировать в каких-то пределах. Для генома часы(конечно грубые) могут быть получены усреднением мутаций по всем сайтам (хотя этого прямо и не сказано). Ваше утверждение о посотянстве скорости мутаций во всех участках ДНК не просматривется в
вышеприведенной цитате.
Т.е. вы согласны с тем, что если датировка на основе анализа расхождений в митДНК объявляется основанной на методике "молекулярных часов" - значит, подразумевается, что скорость накопления мутаций в митДНК считается постоянной - т.к. именно количество мутаций принимается за показания часов?
Все остальное, в общем-то, неважно. И те методики, о которых вам сообщат, просто подтвердят эту мысль.

>Это лишь ваше предположение - не более того. Работы проводилиось по двум локусам, для которых известны скорости мутаций, а не по всей мтДНК.
Ага. Значит, для этих локусов гипотеза молекулярных часов считалась справедливой. О чем тогда вообще речь? Ведь это очевидно - раз скорость мутаций _постоянна_, значит, есть прямая пропорциональность между количеством накопившихся различий и временем, за которые они накопились. Т.е., та прямая, о которой я вам говорил.
А эта прямая, если ее не превратить в кривую или не задавать изменение ее наклона в произвольные моменты - неизбежно приводит нас к противоречиям, которые я описал.

>Если вы не знаете примененной методики, то вы не можете говорить о прямой зависимости и наклонах кривой, т.к. первичные данные вы не анализировали. Обычно в таких случаях спрашивают авторов или специалистов по эволюционной генетике. Запросы я послал.

>Обращайтесь к академику Захарову. Ваши вопросы были переданы, но ответа я не получил. И за что я должен извиняться? На себя оборотитесь ...
Академик Захаров не участник форума. Вы взялись за это дело, подняли тему. Хотя бы сообщили о том, что дело откладывается.

>>>Как пример, демонстрирующий неприменимость вашего подхода, можно взять статью той же группы ученых (Krings et al.) за 1999 год, где они анализируют ДНК неандертальца из второго места (Хорватия). Анализ был проведен по сайту HRVII мтДНК, который имеет более высокую скорость мутаций, чем сайт HRVI, проанализированный в 1997 году. Разница между человеческими популяциями 10,9+-5,1; человек/ненадерталец - 35,2+-2,3; человек/шимпанзе - 93,4+-7,1; неандерталец/шимпанзе - 94,1+-5,7; популяции шимпанзе - 54,8+-24.

>всех генов. А датировки я приведу (хотя разговаривать с таким хамьем и неприятно): шимпанзе/человек 4-5 млн. лет назад, человек/неандерталец 465 (317-744) тыс. лет назад, человек/человек 163 (111-260) тыс. лет назад.
Итак, мы видим, что, по крайней мере, в этой работе ни о каких молекулярных часах и речи не идет. На периоде от 5 млн. лет до наших днейь мутаций принимается за 1 мутация в 48 тыс.лет (4.5 млн / 93.4), на периоде от 465 тыс.лет - наши дни - 13.2 тыс. лет (465/35.2), на периоде 163 тыс. лет - наши дния - 14.9

Очевидно, все измерения делались на основе анализа одних и тех же локусов - иначе об этом бы делалась оговорка и сравнивать их вообще было бы нельзя (ваша версия - когда разные часы идут по разному). И что мы видим? Ни о каких часах и речи не идет, так как для трех периодов принимается разная скорость хода этих часов. По каким основаниям - бог весть.
Ведь авторы, например, в случае с неандертальцами - располагали только материалом одного временного слоя, они не могли провести юстировку часов, скажем, сравнив одних и тех же неандертальцев, живших 30 и 40 тыс. лет назад. И даже если такое сравнение и делалось и показало опр. скорость накопления мутаций - какие основания ее экстраполировать на срок в десятки раз больший, раз все остальные опыты показывают, что эта скорость настолько изменчива?

Дмитрий Кропотов, www.avn-chel.nm.ru
От Дмитрий Кропотов
К Дмитрий Кропотов (08.12.2004 11:36:05)
Дата 08.12.2004 11:40:51

забыл дать ссылку

Привет!
>И о том, что они именно так и идут - заявляют ведущие генетики России:
>"Частоты возникновения точечных мутаций невысоки (порядка 10 в минус 8 на генерацию) и относительно постоянны...Молекулярные часы довольно строго показывают, как часто за миллион лет (в среднем) в ДНК того или иного гена или генома в целом происходят мутации "
В.З.Тарантул. Геном человека. Энциклопедия, написанная четырьмя буквами.М.,Языки славянской культуры,2003, с.136
Автор - зам. директора института молекулярной генетики РАН.
Дмитрий Кропотов, www.avn-chel.nm.ru
От Дмитрий Кропотов
К Сысой (07.12.2004 17:07:11)
Дата 08.12.2004 09:44:45

test (-)