>Вообще-то биологи, насколько я знаю, под благоприятными мутациями, о которых и шла речь, имеют в виду те, которые приводят к образованию устойчивой "новой сущности" с новыми качествами - способной сохраняться и размножаться в реальных условиях, сохраняя приобретенные новые признаки.
Нет, этой связки с видообразованием в понятии мутации нет. Благоприятная - означает лишь повышение шансов на выживание в данных конкретных условиях.
>Я не получил ответа на наиболее интересующий меня вопрос. Что слон и бактерия превращаться друг в друга не могут - это ясно. Но откуда взялся слон? Возможно ли возникновение нового вида как следствия благоприятных мутаций?
Хе-хе. Слон взялся из эволюционного развития ;-) На настоящее время основным фактором считается естественный отбор, который производит селекцию наиболее приспособленных организмов. Если вас интересуют предки слона, то самое благоразумное взять учебник и почитать "откуда и есть пошли слоны".
> Я слышал, что за время проведения исследований в области наследственности сменилось такое количество поколений дрозофилл (или "подопытных" бактерий), которое сравнимо с числом поколений "крупных" живых организмов. Никаких новых видов не появилось.
Здесь вы неправы в нескольких планах. По бактериям - новые виды и разновидности появляются каждое десятилетие. Экспериментальным путем продемонстировано действие отбора множество раз.
Далее, дрозофил надо сравнивать с насекомыми, а не с крупными животными, потому как скорость мутаций, репараций, дрейфа и так далее и тому подобное могут самым разительным образом отличаться. За время проведений исследований в области наследственности сменилось невероятно малое количество поколений дрозофил, если мы будем соотносить со всей эволюционной историей мух. Ученые не убыстряли смену дрозофильных поколений - скорость совершенно такая же как и в дикой природе.
>Так была ли эволюция с точки зрения молекулярной биологии?
А как же? Одни из самых убедительных доказательств пришли из сферы молекулярной биологии (сходства и различия последовательности белков).
> Или, согласно ныненшнему состоянию МОБ, эволюция как появление новых классов, семейств (не говоря уже о видах) живых существ противоречит данным науки?
И где же вы такое откопали? Даже феномен Кембрийского взрыва диверсификации находит вполне приличное объяснение.