От Игорь Ответить на сообщение
К vld Ответить по почте
Дата 02.09.2015 16:09:12 Найти в дереве
Рубрики Россия-СССР; Ссылки; Версия для печати

Re: Ну что...

>> Чем они хуже фантазий про механизм в самой клетке, которую уже исследовали вдоль и поперек в смысле материальных составляющих, а так никакого интерпретатора ДНК и не нашли?
>
>Про РНК и рибосомы не слыхали?

Слыхал, что их информационное наполнение много меньше ифнормационного наполнения ядерного ДНК.

>>>и это фантазии.
>>
>> Это у биологов фантазии.
>
>У биологов не фантазии, у биологов рутинная работа по выявлению механизмов работы клетки. Вы же со своими измышляемыми сущностями просто повторяете опыт предыдущих поколений. измышлявших богов, которые тоаскали по небу планеты, а солнце мчалось по небесной дороге на колеснице Фаэтона.

Биологи не способны объяснить динамику клеточных процессов. Да они и не объясняют.

>> А что, кто-то доказал, что "вся физиология клетки" является интерпретатором "генетического кода"?
>
>Не вся.

>>А вот то, что организмы в экстремальных условиях способны к взрывному видообразованию, которое требует наличия творческого начала, а не тупого перебора - это действительно кое-кем было показано.
>
>Неудобно вас огорчать, но "творческое начало" - это и есть довольно-таки "тупой перебор" различных возможностей.

Вот только времени на это нет в исследованных случаях. Если речьт вести о простом переборе.

>> Какие же принципы ясны - если до сих пор неизвестно, где и как в ДНК записан фенотип организма?
>
>Известно уже достаточно много. Просто вы абсолютно не в теме. Вам неинтересно - не читаете соотв. литературу. мне известно, ибо я читаю. Александру известно, ибо он читает.

Мне Александр давал ссылку, я там не нашел. Самому мне интересно и я это все изучаю не первый год. Так что не надо про меня говорить, чего не знаете. Если есть на что сослаться - ссылайтесь.

>> И как в зародыше включаются те или иные стадии клеточного образования в нужном месте и в нужное время для формирования органов и тела.
>
>Здрасьте. Таких "маркерных генов" уже кучу наоткрывали.

И что - известен механизм их использования организмом для формированяи фенотипа? И что, информационное наполнение этих маркерных генов позволяет формировать все органы тела? Собственно что известно-то? Да то, что в таких-то процессах участвуют такие-то "гены". И все. Ни у кого нет теории, а как это все работает в целом, и получается каждый раз строго одно и то же - одинаковые однояйцевые близнецы к примеру.

>> Моделировать можно что угодно - что запишешь в код, то и получишь. Ну раз моделировали, так объясните - как тысячи аминокислот в цепочке быстро скручиваются во вполне конкретную трехмерную структуру - каждый раз одну и ту же?
>
>"Элементарно, Ватсон". Аминокислота (вобще любой мономер в полимере) обладает опр. химическими и физическими свойствами, взаимодействуя как с ближайшими мономерами, так и с удаленными, а также со средой, более сложным образом, посредством среды с удаленными мономерами. Т.е берем полимер, моделируем силы, действющие на каждый мономер, запускаем "время" и смотрим, как скрутится.

Одинаково скрутятся только короткие цепочки аминокислот - полипептиды. Но не будете же Вы утверждать, что белок, определяемый линейным кодом в ДНК, как состоящий из сотен и тысяч аминокислот, скрутится каждый раз в одну и ту же трехмерную структуру? Если кроме линейного кода последовательности аминокислот больше ничего не используется?

> Обычно постепенно усложняется программа вводом новых параметров (заряд, валентность, гидрофильность, гидрофобность, приближение ближайшего мономера, приближение n мономеров, полевое приближение, учет влияния неоднородности и неизотропности среды). И смотрим в каждом айнзаце, как скрутится - вот и вся наука.

По разному скрутится в зависимости от разных случайностей. А в образованиии белка случайности недопустимы - белок будет нерабочим.


> Потом включаем динамику (скручивание в процессе построения), что может заметно поменять картинку в сравн. со статикой. Сейчас программки есть (в т.ч. составленные моими бывшими коллегами), где этим можно играться через веб-интерфейс в кач. учебного пособия для студентов.

Да есть, только они не объясняют поставленной проблемы. Не может линейный код в ДНК определять однозначно вторичную и третичную структуры белка.


>Проблема в том, что если задачку ставить реалистично, то требования к объему выч. растет лавинообразно. А иногда малый параметр оказывается довольно существенным. Посему моделируется тяжело. Мой личный вклад был в создании удачной схемы аналитически-численного рассчета, который существенно минимизировал требования к объему выч. за счет оптимизации стратегии подбора начальных условия (айнзацев). Как-то так. впрочем, давно жто было, с тех пор прогресс далеко шагнул. Уж не знаю как сейчас коды реализуют.

Рад за Вас, но не за проблему.

>> Моделировать можно - вот только нужно объяснить - почему сворачивается каждый раз в одно и то же, а не во всякое разное.
>
>При одинаковых начальных условиях и умеренных возущениях, сворачивается в одно и то же по очевидным причинам. На самом деле и в природе не всегда "удачно" сворачивается, не всякий белок жизнеспособен.

Да не сворачивается в одно и то же само собой, исходя только из первичнйо структуры, записаннйо в ДНК. Только короткие отрезки.