А если мы говорим "в Средней Азии", то это оттого, что она была когда-то единым отдельным государством? А "в Анатолии"? А "в Альпах"?
Простите, но государственный статус с употреблением предлогов в русском языке никак не связан. Попытки увязать предлоги с независиммостью-незалежностью - это как раз и есть нововведение российско-украинских самостийников после 91-го.