Они вообще отдельным списком шли, так как вроде противопоставляли себя официальной церкви. Но с другой стороны, былитеми же православными. Отношения к службе старообрядцев в войсках менялось от царствования к царствованию и даже в ходе одного царствования, как это произошло в годы царствования Николая I, когда к 30-м годам 19 века в арми практически не осталось старообрядцев, но в Крымскую войну они появились вновь, правда, только, как ополченцы. В дальнейшем, при Александре II старообрядцы служили на общих основаниях. Где-то с 1875 разрешено было ношение бород.
Однако общее отношение к воинской службе старообрядцев не находилось в полном соотвествии с отношением к ним, как конфессии. Ну, были запечатаны алтари в церквах, но старообрядцы продолжали служить. нередко на очень высоких должностях.
P.S. молокане - тоже раскольничья секта. Но с особым учетом.