При подсчете немецких потер не учтено множество категорий военнослужащих подчинявшихся немецкому командованию. Подробности - например Кривошеев, коментарии к той таблице на котрую Вы сослались. Кривошеев само-собой стройнее и подробнее излагает чем я. Подсчет потерь военнослужащих СССР более полный в силу учета кактегрий военнослужащих, аналогичных неучтенным в Германии (дибо в ряде случаев в силу отсутствия или малочисленности таких категорий).
Соответственно возвращаясь к первоначальному вопросу "Почему такие большия расхождения потерь немцев первого года войны по данным генштаба и по данным немцев" ответ звучит так - отчасти из-за того что оценивались разные показатели. Немцы привели данные по потерям только Вермахта и при том только военнослужащих граждан рейха. А советский Генштабоценил потери противника (т.е. не только собственно вермахта и не только граждан Рейха и вообще не только немецких ВС). При этом обе стороны назвали это "потери Германии" (что в обоих случаях не вполне верно отражает сущность представленных цифр). Даже если сами по себе обе цифры были-бы абсолютно верными это обстоятельство должно было бы привести к существенной между ними разнице.