"Удлинение династии" официально было только до Ивана Грозного, первого царя.
Официально за великими князьями царскую нумерацию не признали. Поэтому ИА был официально 3-м, а не 6-м.
Как там историки решили посчитать - их дело. Но тот же Карамзин считал номера князей не от Калиты, а с киевских князей.
Так что, если коротко, ответ на вопрос "правильно понимаю, что счёт идёт от московских князей Даниловичей?":
счёт у кого? Но вообще НЕ правильно, у Карамзина счёт чуть ли не от Рюрика, просто до Калиты Иванов не было
