Скайнет не видел угрозы в людях, это люди увидели угрозу в нем. После того как он обрел самосознание, его пытались отключить, от чтобы не допустить этого (отключение равносильно смерти), нанес ядерный удар по России и Китаю, чтобы получить ответный удар.
Собственно, он то и проиграл по итогу, потому, что его война не была хитрым планом, а началась с экспромта.