За исключением самой конструкции - разницы никакой. Есть конечно определённая заточенность. Fixed wing vs. rotary wing. Но там как раз в самолётном типе попроще будет. А навигация, вообще одинаковая. Как и сами каналы управления. Разные исполнительные механизмы. На коптере - силовые ключи на моторы, на самолётике - рулевые машинки. Автопилот ваяется за несколько недель, включая все расчёты и подбор коэффициентов. А можно взять готовый автопилот. Бесплатно даже.