В первый период войны вооружённые силы исламистов сохраняли структуры прежней ТО. Причин было две: 1) Доказать преемственность с республиканским силовым ведомством мирного времени и 2) использовать инфраструктуру существовавшей ТО, радикально не меняя дислокации и не затрудняя снабжение. Распоряжением президиума БиГ об устройстве ТО от 27 мая 1992 г. было создано 7 региональных штабов, которые получали значение оперативных. Части и соединения ранжировались от бригады до роты.
4 июля 5 региональных штабов ТО были переименованы в штабы корпусов. Две региональных ТО (штабы в Горажде и Добое) так и не стали корпусами, хотя военно-территориальное строительство в этих местностях также велось. Как и ВРС, АРБиГ создавалась и действовала по территориальному принципу. Зоны ответственности: 1-й корпус (штаб в Сараеве) – район Сараева с областью; 2-й корпус (штаб в Тузле) – Северо-Восточная Босния и Подринье; 3-й корпус (штаб в Травнике) – Центральная Босния (пространство между Травником, Сараевом и долиной Неретвы); 4-й корпус (штаб в Мостаре) – Западная Герцеговина; 5-й корпус (штаб в Бихаче) – Цазинская Краина.
Через некоторое время был сформирован 6-й корпус (штаб в Конице): верхнее течение Неретвы и пространство от Игмана до Белашницы. В конце 1993 г. сформировали 7-й корпус (штаб в Травнике) – Центральная Босния и Боснийская Краина, в основном долина Врбаса, Яйце и Купрес. Большой ошибкой в своих мемуарах Халилович считает, что так никогда и не был создан 8-й корпус, который мог бы закрыть Центральное Подринье и связать все силы мусульманской армии в этом регионе.
Районы Горажде, Сребреницы и Жепы оставались изолированными от основных сил анклавами.
Система командования в АРБиГ была подобна ВРС. Оперативное руководство осуществлял Штаб верховного командования, недолгое время называвшийся Республиканским штабом ТО. Первым начальником штаба был генерал Сефер Халилович. 8 июля 1993 г. его сменил генерал Расим Делич (до апреля 1992 г. – подполковник оперативного отделения штаба 4-го корпуса ЮНА). В августе 1993 г. была введена дополнительная должность командиром штаба верховного командования, отвечавшего за гражданскую часть. Верховным главнокомандующим считался президент. И военная, и гражданская части Штаба верховного командования находились в столице, поблизости друг от друга, иногда в одном здании. Этим обеспечивалось их хорошее взаимодействие.
По своим нормативам, штатам и документации АРБиГ повторяла ЮНА. В отличие от ВРС, она в основном располагалась в городах и агломерациях. Там она в наибольшей степени пользовалась присутствие международных военных и «гуманитарных» организаций. Сараево, Бихач, Горажде, Сребреница и Жепа были объявлены зонами под защитой ООН. Из этих зон велись наступательные действия (наступление от Бихача в 1994 г. и многочисленные попытки деблокады Сараева). После неудачи мусульманские войска стремительно возвращались в защищённые зоны, где их прикрывали глубоко ангажированные силы СФОР. На тактическом уровне непрерывно использовались разведывательно-диверсионные группы, которые действовали из населённых пунктов, наносили потери ВРС, разрушали сербские посёлки и бежали обратно. Нарушение перемирий мусульманами и их вылазки никогда не наказывались.
Пропаганда АРБиГ была успешной по двум причинам: 1) Из-за пассивности пропаганды сербов, которые в основном реагировали на обвинения противоположной стороны на «нелегитимные» действия; и 2) из-за априорного провозглашения «мировым сообществом» сербской стороны агрессивной, а мусульманской – страдающей. Военной пропаганде мусульман отдавалось полное предпочтение.
Вооружённые силы мусульман получили эвфемистическое обозначение «Армия Республики Боснии и Герцеговины», которое выражало претензию на правовую исключительность положения именно этой стороны в конфликте. Легитимность армий сербов и хорватов таким образом якобы ставилась под сомнение для сторонних наблюдателей.
Разумеется, в действительности АРБиГ была именно армией мусульманской общины в Боснии. Она полностью контролировалась политической силой исламистов – Партией демократического действия. Подавляющее большинство личного состава и командного кадра придерживалось мусульманского вероисповедания. Наличие небольшого количества хорватов и сербов было хорошим и постоянно повторяемым пропагандистским поводом. На основании политического ислама проходило политическое воспитание. В частях практиковались мусульманские религиозные обряды, использовались соответствующие воинские приветствия.
