>1.Рыцари - держатели фьефов на этих землях считали своими сюзеренами архиепископов, например Льежского и Утрехтского, либо Папу Римского?
Подчинение Папе напрямую искажало бы саму суть феодализма. Конечно, епископа.
>2. Бывали ли феодальные войны между архиепископами?
Конечно, бывали. Например в 1260 году во время конфликта Епископа Страсбургского с городом Страсбургом на стороне города выступал епископ Базеля.
Бывали даже такие занимательные конфликты, как война Ливонского ордена и Дерптского архиепископа, причем православный Псков по очереди поддерживал обе стороны.
>3. В Российском государстве XVI-XVII монастыри со своих земель выставляли воинов "конно, людно и оружно" на общих основаниях?
Общих оснований тогда не было, все было сугубо индивидуально. Но обычно - да, выставляли нескольких конных и оружных.