Система подготовки летного состава у авиации ВМС ФРГ общая с ВВС. Пилотов доучивают непосредственно в частях морской авиации.
Первоначально при формировании (еще на этапе Sea Hawk и Gannet) была сделана попытка создать свою систему обучения - летный и наземный состав готовился в Англии, была учебная группа в Великобритании, обучавшаяся на английских самолетах, и были куплены Fouga Magister с целью создать свою часть основной подготовки. Но с момента перехода на F-104G (т.е. с 1963-1965 гг) все летчики поступали из ВВС. То же самое и по вертолетной и патрульной авиации.
При этом авиация ВМС ФРГ с 1963 г. сама готовила свой наземный авиационно-технический состав в Marinefliegerlehrgruppe на о. Сильт, но эту группу разогнали в 1997 г., и с тех пор подготовка оного тоже возложена на ВВС.
