>Если я правильно понимаю северо-запад Афганистана населяют таджики.
Северо-восток Афганистана населяют таджики и памирцы (родственные таджикам горцы - ишкашимцы, зебаки, ваханцы и др., некоторые - перешедшие на таджикский).
> Вопрос следующий, во время среднеазиатских походов 19-го века, они уже входили в состав Афганистана или как?
Да, то, что входило в состав Афганистана, афганцы успели завоевать незадолго до среднеазиатских походов. В 1880-х афганцы вторглись и на Памир, но их выперли.
>И как они относились к государственным образованиям на территории Таджикистана если такие были? И почему соответсвенно их не "включили" в состав Российской Империи?
Были взаимно независимы. Грубо говоря - в каждом ущелье сидело по беку, которые в зависимости от обстоятельств признавали кокандского хана, бухарского эмира или афганского шаха (чуть раньше - также правителя Файзабада или Кундуза) или слали всех нахер. Не включили в РИ, потому что афганцы успели раньше. См. также мой ответ Кашину.
