Высшее руководство страны было руководство СССР, а офицеры "Альфы" были офицерами КГБ СССР.
Они присягу давали.
И потому их ДОЛГ был защищать именно СССР как государство, против которого был поднят мятеж руководством РСФСР.
Гонять придурков-террористов, которые государству не угрожали - это они завсегда готовы, а вот как потребовалось защить это самое государство именно как офицеру госбезопасности - так сразу и отказались.