> Как было организовано в СССР взаимодействие военных и гражданских властей в глубоком тылу, т.е. в районах которые находились заведомо за пределами досягаемости противника (Западная Сибирь, Центральная Азия и т.д.).
Точно также как оно организовано в мирное время. Изменения в органах управления касались только прифронтовой полосы.
>Была ли какая-то единая инстанция, отвечавшая за состояние дел на территории области, расположенной в глубоком тылу?
АФАИК нет. Вернее как и в мирное время обком, облсовет.
>Кому подчинялись органы внутренних дел - военным или партийно-хоз. руководству?