Вы как будто не читаете, что вам пишут или не понимаете.
Ещё раз. Как в 1740 решили считать с первого царя Ивана Грозного, дав Иоанну Антоновичу номер 3 - так и продолжили. Поэтому Александр 1-й, а не какой-то там. Никакой системы НЕ меняли.
Иванов пересчитали историки в своих работах, а не официально на высшем уровне.
Иванов считают не "от Москвы", а от Рюрика. До Калиты не было великих князей с именем Иван.
Василий один до Василия Дмитрича был, НО Карамзин и на давал нумерацию Василиям. Кто её им дал - вопрос, но в любом случае какой-то историк, и с ней можно не соглашаться