Макаренко начинал не в Харькове, а под Полтавой. Это была колония (им. Горького), в которую присылали преступников (тем, кому до 18 и в тюрьму не положено было).
В Куряж, который под Харьковом колония была переведена через несколько лет. Там была колония беспризорников. То есть слили две колонии. Обе были учреждениями Наркомпросса.
Комунна им. Дзержинского -- изначально "проект" НКВД, построенная на отчисления от зарплат сотрудников органов. Туда отобрали часть детей из колонии Горького. Макаренко сразу предложили руководство комунной. Подробнее см. Педадогическую Поэму и интервью самого Макаренко.
Сам метод воспитания, в котором важное место занимает физическая и «начальная военная подготовка», жесткая дисциплина, занятие трудом (дети и подростки работали!), марши по Харькову, горны и барабаны, может быть отнесен, при желании, к тоталитарным (ругали ведь нацистов за молодежные военно-трудовые организации).
Не может, потому что не это было главное. См. самого Макаренко.