К ВВС принадлежали также части противовоздушной обороны, которые состояли из артиллерийской группы ПВО (командир майор Х. Локк, Таллинн) и отдельных подразделений. На вооружении имелось:
4 русские зенитные 3” пушки образца 1915 года,
2 3” английские пушки “Армстронг”,
6 немецких пушек 37 мм,
12 40 мм пушек Бофорс,
8 немецких 75мм пушек Круппа,
12 зенитных советских 76, 2 мм пушек обр. 1931 г. (арендованы на 1 год в январе 1940 года),
зенитные пулеметы: 2 спаренных “Максим”, 105 Виккерсов (в т. ч. 1 спаренный), 25 Кольт.
Береговая артиллерия также входит в состав военно-морских сил и подчинена комендантам укрепленных районов. Начальник береговой обороны - капитан моря К. Фрейманн, штаб размещен в Таллинне. Ему подчинены коменданты трех укрепленных районов - острова Аэгна - капитан-лейтенант О. Кивима, острова Найссаар - капитан-майор Е. Урм, полуострова суурупи - капитан-майор Й. Подер.
На Аэгна находятся:
батарея №1 - 4 береговых 305 мм пушки в двух башнях,
батарея №2 - 4 береговых пушки 152 мм,
батарея №3 - 4 береговых пушки 130мм,
батарея №10 - 3 зенитных пушки 37мм,
батарея № 14 (противодесантная) - 4 полевых 3” пушки образца 1902;
На полуострове Виимси (остров Аэгна):
батарея № 7 - 3 береговых пушки 120мм,
батарея № 8 - 4 береговых пушки 152 мм,
батарея № 11 - 4 береговых пушки 152 мм;
На острове Найссаар:
батарея №4 - 4 береговых пушки 152 мм,
батарея №5 - 2 береговых пушки Кане 152 мм,
1 береговая пушка Виккерс 152 мм,
батарея №12 (противодесантная) - 5 полевых пушек 3” образца 1902;
На полуострове Суурупи:
батарея №6 - 3 морских пушки 254 мм,
батарея №9 - 4 морских пушки 120 мм,
батарея №13 - противодесантная - 2 полевых пушки образца 1902
Численность личного составана 05/01/40 составила:
Гарнизон Аэгнассаре 599 чел.
Гарнизон Найссааре 214 чел.
Гарнизон Суурупи 236 чел.