Переименования пошли в конце 1940-го, начале 1941-го. Например, самолеты И-200 были переименованы в МиГ-1 (первых 100) и МиГ-3 (со 101-го) приказом от 6 января 1941.
Однако У-2, насколько мне помнится (но спорить не буду) переименован только в 1944, после смерти Поликарпова.