По мне лучше всего оставить в jpg и упаковать в архив.
Акробат и Дежа Вю удобны для пересылки и хранения, но отдельные страницы дают больше маневра для использования.
В общем имха такая: один раз прочитать и отложить удобнее в pdf/djvu. Для работы удобнее jpg, а лучше всего ворд или pdf с распознанным текстом, хотя и тогда jpg хорошо иметь, так как при распознавании случаются ошибки.
Идеальный вариант - авторский pdf. :)