От Вячеслав
К А.Б.
Дата 24.05.2010 18:54:12
Рубрики Прочее;

Re: Не упрощайте.

>>Строго говоря никто.
>
>Такого не может быть. :)
Бывает.

>>Рибосома не берет данные из РНК, рибосома берет саму РНК и использует как матрицу.
>
>Там много интересного - промоутеры, стоп-блоки и т.п. информация, позволяющая стартовать построение белка и завершить его нужным образом. Так что - данные по РНК берутся.
Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет" вдоль молекулы и химически взаимодействует с разными участками по-разному. Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять, а их на ней не остается, они м.с. в побитовом режиме переносятся в структуру белка. Ну вспомните винил, разве можно сказать, что игла звукоснимателя взяла данные? Можно ли сказать, что поток воды в трубе, повторяющий изгиб трубы, берет данные об изгибе? Получается, что если кто и берет данные, то только сам синтезированный белок, структура которого хоть как-то отражает РНК.

>>Не думаю что здесь подходит эта аналогия. Т.к. сам "станком" здесь является не столько рибосома, сколько сама РНК.
>
>РНК способны сами производитьть белок? Ведь вы знаете что это не так.
;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка. Если уж брать аналогию станка, то РНК - это сам станок, а рибосома - что-то типа шпинделя.;)

> С учётом "трехбуквенного кода" определяющего какую именно аминокислоту используют на текущей стадии наращивания белковой цепи... Конечно это код!
Только рибосома - не декодер, а транслятор.

>>Вот опять та же проблема - мыслите жизнь лишь на организменном уровне.
>
>Когда-то иного уровня не было. Не так ли? :)
Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня. Если не изменяет память, то при универсальности кода, клеточные мембраны появились многократно и независимо, т.е. "общий предок" всех организмов был не организмом, а чем-то типа лужи, в который шли реакции подобные тем, что сейчас идут в клетках.
> Да и организменного - тоже. Этот аспект вы очень не хотите разбирать, как вижу. :)
Да я не против, только как то у нас в одни ворота получается. Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно. А упомянутый аспект невозможно понять в отрыве от многоуровневой системности жизни, в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни. Вот я чего пытаюсь донести.

>>отпадает - т.с. информация всегда была правильной, организмов еще не было, а жизнь уже была.
>
>Что кодировали пре-РНК? в чём их польза была?
Вот посмотрите, думаю многие вопросы снимутся
http://elementy.ru/news/431013
ну и с этим ознакомьтесь http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%9D%D0%9A_%D0%BC%D0%B8%D1%80
От А.Б.
К Вячеслав (24.05.2010 18:54:12)
Дата 25.05.2010 09:45:14

Re: Вы знаете как работает "компутер"?

>Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет"...

Причем строго в одну сторону. А почему?
Опять же - сборка белка "по программе" начинается не со случайного места. То есть последовательность сборки снабжена доп. информацией, управляющей процессом. Это - точно код.

>Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять

Чтобы "брать" (как я понимаю ваше понимание этого слова в данном контексте) - надо обладать памятью. Но это не обязательно для декодирования. Как аналогия - Жаккардовский станок (ЕМНИП) - где рисунок ткани задается перфолентой. Как вы охарактеризуете такое устройство? Где там программа. Откуда ее можно "брать"?

Получается, что если кто и берет данные...

Обработка данных (декодирование) не предусматривает сохранение полной копии использованной информации. В общем случае.

>;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка.

Это "немного" портит все дело. :)

>Только рибосома - не декодер, а транслятор.

Не только. Еще и сборщик. Трансляция - это работа только с информацией. А тут на выходе - конечная продукция (белок).

>Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня.

Слишком много безответных вопросов. Но, давайте пока остановимся на становлении кода. Каким образом возник механизм "записи информации" - то есть переход от 3-мерной структуры белка в последовательность РНК?

>Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно.

Какие вам концепции?! Там же все прозрачно. принцип был создан. И запущен в жизнь. Обсуждать можно - дополняется ли исходная информация или размывается. :)

>...в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни.

Уровень выше "просто молекул и реакций" - все же жизнь - это бОльшая структурированность.

И чем была ценна "случайная структурированность" для начального этапа? Ответа нету, не так ли?
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 09:45:14)
Дата 25.05.2010 16:26:11

Ага, вот так - у-у-у-у-у!!!

>>Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет"...
>
>Причем строго в одну сторону. А почему?
Есть механизм, после образования очередной пептидной связи, что-та на что-то комплементарное влияет и получается физическое смещение, ориентированное относительно уже сформировавшейся связи, самим способом влияния. Я не помню как там все точно, но помню, что какая-то механика, весьма хитрая, но не более того.

>Опять же - сборка белка "по программе" начинается не со случайного места. То есть последовательность сборки снабжена доп. информацией, управляющей процессом. Это - точно код.
Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)

>>Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять
>
>Чтобы "брать" (как я понимаю ваше понимание этого слова в данном контексте) - надо обладать памятью.
Да
> Но это не обязательно для декодирования.
Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.
> Как аналогия - Жаккардовский станок (ЕМНИП) - где рисунок ткани задается перфолентой. Как вы охарактеризуете такое устройство? Где там программа. Откуда ее можно "брать"?
Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон. Команды начала и остановки - это вроде как ближе к коду. А сама структура белка - это уже вроде как шаблон. Тут уже просто проблема выбора метода моделирования процесса, да можно моделировать т.с. "кибернетически" через введение сущностей типа программ и кодов, но в то то и дело, что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики". Т.е. целесообразность применения более сложной модели на это уровне сомнительна. Ну если только не ставить себе целью придание т.с. "кибернетического" веса и прочего информационного тумана. Как аналогия для объяснения технарям чайника типа нас с Вами - это пожалуйста, но биологи достаточно подробно уже описали это все через "механику", где уже собственно не коды, а комплиментарные связи структурных единиц. Мы можем восхищаться такой сложной механикой, типа - ба, да это же натурально код, однако в вопросе происхождения этих систем, чтобы остаться в рамках науки, а не съехать в спекулятивную философию, мы должны мыслить в рамках подробной и четкой модели от биологов, а не на аналогиях и нестрогих обобщениях. А уже имеющаяся модель и есть по-сути уход от кибернетики в механику. Кстати, в рамках такого подхода было выяснено, что сам процесс синтеза не универсален, у ядерных и безъядерных протекает очень по-разному. Общее скорее лишь в химической базе и используемых комплиментарных парах, которые мы и интерпретируем как универсальность кода.

>Получается, что если кто и берет данные...
>Обработка данных (декодирование) не предусматривает сохранение полной копии использованной информации. В общем случае.
Соглашусь. Процессу память не нужна. Но она нужна отдельному устройству. Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.

>>;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка.
>>Это "немного" портит все дело. :)
С чего?
"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК. Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже. Самый главный этап трансляции — присоединение аминокислот к синтезируемой белковой молекуле (реакция транспептидации) — осуществляется молекулой 23S-рРНК. Поэтому логично предположить, что всё началось именно с этой молекулы." (с)
http://elementy.ru/news/431013

>>Только рибосома - не декодер, а транслятор.
>
>Не только. Еще и сборщик. Трансляция - это работа только с информацией. А тут на выходе - конечная продукция (белок).
Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически. А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты, которые обрабатываются "механической" системой из рибосом и РНК, а если кибернетически, то и на выходе не белок, а его структура, т.е. информация.

>>Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня.
>
>Слишком много безответных вопросов.
Ну и что? Любой ответ всегда порождает еще больше вопросов, многие из которых долго остаются безответными.
>Но, давайте пока остановимся на становлении кода. Каким образом возник механизм "записи информации" - то есть переход от 3-мерной структуры белка в последовательность РНК?
"Согласно общепризнанной в настоящее время теории «РНК-мира», на ранних этапах развития жизни все основные функции, которые сегодня выполняются белками, выполнялись молекулами РНК. Появление системы синтеза белка на основе записанных в РНК «инструкций» стало ключевым событием, ознаменовавшим переход от «мира РНК» к привычному нам «белковому миру». Поскольку рибосомы являются центральным компонентом этой системы, вопрос о происхождении рибосом чрезвычайно важен для понимания того, как РНК-организмы превратились в первые прокариотические клетки." (с)

>>Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно.
>
>Какие вам концепции?! Там же все прозрачно. принцип был создан. И запущен в жизнь. Обсуждать можно - дополняется ли исходная информация или размывается. :)
Ничего себе "прозрачно"! Положим что вопросы структуры мышления и физического устройства субъекта, задумавшего принцип, мы пока трогать не будем(хотя как-то принцип задумывался! как?). Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"? В какой последовательности формировался этот "материальный вид"? Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?

>>...в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни.
>
>Уровень выше "просто молекул и реакций" - все же жизнь - это бОльшая структурированность.
Конечно, но это не элементарная жизнь. Не базис. А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции (условно говоря "малый цикл") внизу и большой массо-энергетический цикл (включающий эти реакции, т.с. "большой цикл") вверху. Вот все вместе это уже жизнь, хотя еще и без всякой организменной структурированности. И, кстати, даже без белковых форм.

>И чем была ценна "случайная структурированность" для начального этапа? Ответа нету, не так ли?
Тут не понял, структурированность какого уровня? Если организменного - то это белковый футляр для "малого цикла", дабы обеспечить его стабильность в "большом". Если речь о "ценности" "малого цикла" для "большого", то тут сложнее, хотя гипотезы есть и все они так или иначе крутятся вокруг стабилизации "большого цикла". Короче, тут уже судя по всему переход к пригоженским структурам. Точных ответов, конечно, нет. Но гипотезы есть, их проверяют и уточняют. В общем, проблема статистической невероятности случайной самосборки первого организма уже успешно решена. Уровень невероятности понижен на несколько порядков. Т.е. процесс познания идет и тупиков не видно.
От А.Б.
К Вячеслав (25.05.2010 16:26:11)
Дата 25.05.2010 21:20:22

Re: Я несколько про другое. :)

>Есть механизм, после образования очередной пептидной связи...

Вопрос - сборку белка можно начинать "против шерсти" - то есть прокручивя м-РНК от конца к началу? соберется правильная структура белка или нет?

>Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)

С точки зрения информатики - это код. :)
А для вопроса "считывания" - есть устройсва с памятью состояний и без оного свойства. Но при том это не ограничивает их функциональность по декодированию-трансляции.

>Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.

Вовсе не обязательно. Те же скрэмблеры (кодировка-декодировка речи) - работают без памяти состояния. И разговор не пишут. :)

>Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон.

Я говорю - код. Можете опрвергать мой тезис. :)

>А сама структура белка - это уже вроде как шаблон.

Тоже код. Описание 3-мерной структуры на языке нуклеотидов. Код, однозначно! :)

>... что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики".

Были и механические "ЭВМ". Отличие от нынешних - в легкости изменения кода. Ну и размере памяти под него.

>Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.

Нет. Рибосома - станок с декодером. РНК - "перфолента". И не стоит смешивать код и его носитель. ;)

>С чего?

С белка.

>"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК.

Я не заметил, чтобы было доказана способность "главной единицы" рибосомной РНК справляться с синтезом белка по м-РНК.

>Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже.

Как и за счет чего протекал этот отбор?

>Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически.

Я мыслю комплексно. :) Просто у нас разная смысловая нагрузка для терминов. Но. полагаю, усредним их толкование.

>А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты...

И то и другое на входе. Иначе на выходе будет суп, а не белок.

>...(хотя как-то принцип задумывался! как?).

А как вы задумываетесь? :)

>Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"?

Структурирование с разделением на клетку и окружающую среду. Плюс создание кода. Осмысленного.

>Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?

Да те же принцпы, что открываются сегодня биохимиками. Сдохнуть на зло... на это требуется своя воля. А вопрос когда организмы приобрели эту волю - сложен. :)
Ещё сложнее вопрос - когда зло появилось в материальном мире, и сколько времени властвует им. ;)

>А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции

Это еще не жизнь. Химический реактор на заводе - не живой. но там есть и специфические молекулы и реакции...
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 21:20:22)
Дата 26.05.2010 00:19:02

Значит я не так понял ;)

>>Есть механизм, после образования очередной пептидной связи...
>
>Вопрос - сборку белка можно начинать "против шерсти" - то есть прокручивя м-РНК от конца к началу? соберется правильная структура белка или нет?
Не знаю. Подозреваю, что в принципе можно. Кстати, гомохиральность не с этим связана?

>>Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)
>
>С точки зрения информатики - это код. :)
Ну и прекрасно. Собственно мне и надо зафиксировать, что это код в рамках нормативного использования кибернетического подхода.

>А для вопроса "считывания" - есть устройсва с памятью состояний и без оного свойства. Но при том это не ограничивает их функциональность по декодированию-трансляции.
Пусть.

>>Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.
>
>Вовсе не обязательно. Те же скрэмблеры (кодировка-декодировка речи) - работают без памяти состояния. И разговор не пишут. :)
Да ладно Вам, если это не сам алгоритм, а аппарат его реализующий, то там в том или ином виде и ПЗУ с алгоритмом и ОЗУ для каждого шага. Аккурат рибосома в компании с мРНК.;)

>>Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон.
>
>Я говорю - код. Можете опрвергать мой тезис. :)
Да мне это не нужно. Важно что кибернетический подход здесь не единственный. Т.е. смотрим на возникновение механизма, а то что он по возникновению оказался еще и чем-то большим (кодом) - дело второе. Такое в эволюции часто бывает. Вон кистеперые отрастили специфические плавники, дабы на мелководье сквозь заросли продираться, а оно оказалось пригодно в качестве сухопутных лап. Или тероподы отрастили перья для теплоизоляции, а они оказались удобными для полета. Или гоминиды встали на задние лапы, а передние освободились для клавиатуры. Почему бы и усложнившейся молекулярной машине не заделаться декодером?

>>А сама структура белка - это уже вроде как шаблон.
>
>Тоже код. Описание 3-мерной структуры на языке нуклеотидов. Код, однозначно! :)
Шаблон трехмерной структуры комплементарной набору нуклеотидов.;) Пусть код, но не забываем про молекулярный механизм.

>>... что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики".
>
>Были и механические "ЭВМ". Отличие от нынешних - в легкости изменения кода. Ну и размере памяти под него.
Отличный пример. Качественную грань между дверным замком и трехбитным арифмометром определить сможем? ;)

>>Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.
>
>Нет. Рибосома - станок с декодером. РНК - "перфолента". И не стоит смешивать код и его носитель. ;)
Так на "перфоленте" не только код белка но и алгоритм для рибосомы, и часть молекулярной машины, которая помогает рибосоме ползти. Но в общем, конечно, основной декодирующий алгоритм в РНК рибосомы.

>>С чего?
>
>С белка.
А в чем проблема то?

>>"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК.
>
>Я не заметил, чтобы было доказана способность "главной единицы" рибосомной РНК справляться с синтезом белка по м-РНК.
"Самый главный этап трансляции — присоединение аминокислот к синтезируемой белковой молекуле (реакция транспептидации) — осуществляется молекулой 23S-рРНК." (с)

>>Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже.
>
>Как и за счет чего протекал этот отбор?
За счет чего отбирались те механизмы, которые лучше работали на собственное выживание за счет присоединения более эффективных катализатаров? ;)

>>Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически.
>
>Я мыслю комплексно. :) Просто у нас разная смысловая нагрузка для терминов. Но. полагаю, усредним их толкование.

>>А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты...
>
>И то и другое на входе. Иначе на выходе будет суп, а не белок.
У рибосомы без мРНК ничего нет ни на входе, ни на выходе. Рибосома без мРНК - фрагмент машины.

>>...(хотя как-то принцип задумывался! как?).
>
>А как вы задумываетесь? :)
Ну, тут нам куча наук много чего может сказать. Познавательного тупика нет. А у Вас?

>>Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"?
>
>Структурирование с разделением на клетку и окружающую среду. Плюс создание кода. Осмысленного.
Стоп. Структурирование чего? До структурирования, с окружающей средой что было? Далее, в "плюс создание кода" этот самый "плюс" в какой момент произошел, до структурирования или после? Далее, процессы структурирования с приплюсованием - они мгновенные или растянутые? Далее, физически структурирование как осуществлялось - в нарушение правил, т.е. чисто божественной дланью или по некоторым физическим законам? Вопросы оптимальности создания именно такого осмысленного и универсального кода для всех неосмысленных и специализированных жизненных форм, равно как и инженерно-дизайнерские способности и квалификацию первопричины мы пока не трогаем. ;)

>>Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?
>
>Да те же принцпы, что открываются сегодня биохимиками.
Я не про принципы, а про условия. Это биохимический цикл сразу все в себе содержит. А организму, извините, жрать и гадить..., пардон, осуществлять метаболизм как-то надо?
> Сдохнуть на зло... на это требуется своя воля. А вопрос когда организмы приобрели эту волю - сложен. :)
Да пусть не назло, а просто с голодухи или отравившись собственным дерьмом. Как осуществлялось питание и как работала канализация?

>Ещё сложнее вопрос - когда зло появилось в материальном мире, и сколько времени властвует им. ;)
О да. А кстати, что в дикой природе зло?

>>А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции
>
>Это еще не жизнь.
Вне большого цикла конечно не жизнь. Но я говорил не о "вне".