От Вячеслав
К А.Б.
Дата 24.05.2010 11:02:54
Рубрики Прочее;

Re: Особенно когда...

>>Не совсем. Рибосомы осуществляют синтез белка на матрице полученной РНК. Т.е., если перейти к технической аналогии, то рибосома тупой преобразователь кода с одного носителя на другой, а не декодер.
>
>Кто в клетке строит белок по данным из РНК?
Строго говоря никто. Рибосома не берет данные из РНК, рибосома берет саму РНК и использует как матрицу.

> И как появился этот "станок с ЧПУ" эволюционным путём?
Не думаю что здесь подходит эта аналогия. Т.к. сам "станком" здесь является не столько рибосома, сколько сама РНК.
> В те времена, когда ещё не было "правильной информации", записанной в РНК. Эволюционность подразумевает существование такого периода.
Вот опять та же проблема - мыслите жизнь лишь на организменном уровне. Вроде как организм - это жизнь, а трансляция - это механизм поддержания оной. Но попробуйте представить, что вообще все наоборот, трансляция - это жизнь, а организм - механизм поддержания оной, не обязательный механизм, в отличие от обязательного синтеза. Соответственно вопрос о "когда не было правильной информации" сам собой отпадает - т.с. информация всегда была правильной, организмов еще не было, а жизнь уже была. Поищите статьи на счет РНК-мира. А для ознакомления вот http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B8%D0%BF%D0%BE%D1%82%D0%B5%D0%B7%D0%B0_%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%B0_%D0%A0%D0%9D%D0%9A

>>Собственно процесс правильно называется трансляцией...
>
>Если не изменяет склероз - то трансляция это из ДНК в РНК.
Изменяет. Это именно работа рибосомы по синтезу белка на РНК.

>Но, по дилетантски, декодирование - сегодня более понятный термин. Если оставить в стороне "химию" - то смысл термина очень близок к происходящему.
Нет, из-за этой неверной аналогии и получаются неверные (бессмысленные) вопросы. Подобная аналогия применима лишь при рассмотрении с макроуровня.

>>Так в том то и дело, что на молекулярном уровне нет информации, а есть лишь структуры и реакции.
>
>Структура - сама по себе информация. И не такая простая в хранении и передаче. Так же как книга - больше чем набор букв (на "молекулярном" уровне).
Не верно. Информации самой по себе не бывает. У снежинки самой по себе есть структура, но информации она не несет. И как раз книга на "молекулярном" уровне есть не более чем набор букв. А чтобы она стала хотя-бы набором слов, надо над этим уровнем еще подняться.

>>Я Вам давал ссылку на марковский сайт...
>
>Можно повторить ссылку? Я её, видимо, прошляпил.
 http://www.evolbiol.ru/index.html и лучше сразу сюда http://www.evolbiol.ru/reviews.htm

>>Но тогда сразу креационизм вообще лишается оснований, за счет фальсификации первоисточника.
>
>Нет. Как с аксиомами. :)
Т.е. все по правилам, кроме аксиом? ;)

>Просто вы получаете более чёткий "вектор событий" взамен стохастического "так случилось".
Угу, нефальсифицируемый вектор, аксиомы то не "по правилам".

>>Соответственно вопрос возвращается к проблеме - "а как утвердился именно такой принцип?".
>
>Совершенно верно. И снова - "вопрос первенства" и попадания "сразу в 10". Маловероятное событие. согласитесь. :)
Нет, если в рамках модели событие невероятно, но фактически имеет место быть, то это проблемы адекватности модели, по которой оценивается вероятность.

>>...жизнь это прежде всего экосистема...
>
>Как бы - давайте не отходить от уровня "в начале было..." - раз уж мы про становление жизни говорим.
Именно, о том и речь, в начале был углеродный цикл, т.е. экосистема или предэкосистема, которая и "обросла" жизнью, в конечном итоге организмами.
>Сдаётся мне, слово экосистема для той поры - не звучит. Рановато.
Вернадский бы с Вами не согласился. "Первое появление жизни при создании биосферы должно было произойти не в виде появления одного какого-либо организма, а в виде их совокупности, отвечающей геохимическим функциям жизни." (с) Кстати, в гипотетическом РНК-мире организмов еще нет, а экосистема уже есть.
От А.Б.
К Вячеслав (24.05.2010 11:02:54)
Дата 24.05.2010 17:28:29

Re: И про РНК-мир.

Из бульона без организмов-клеток - только случайные сборки пре-РНК, не несущие осмысленной информации могли возникнуть. Так?
От Вячеслав
К А.Б. (24.05.2010 17:28:29)
Дата 24.05.2010 18:11:00

Не думаю

>Из бульона без организмов-клеток - только случайные сборки пре-РНК, не несущие осмысленной информации могли возникнуть. Так?
Опять не согласен с постановкой вопроса, бульон - это и есть если даже и не пре, но точно преджизнь. Существовал он видимо долго и по каким-то своим законам, увязанным с циклическими процессами всей планеты. Соответственно утверждения о случайности сборки пре-РНК годится лишь в смысле "а черт его знает" как оно там в первичном бульоне варилось. Конечно чисто случайная сборка РНК с последующей эволюцией намного правдоподобней, чем сборка целого организма, но не думаю, что и тут Господь Бог играл в кости.
От А.Б.
К Вячеслав (24.05.2010 18:11:00)
Дата 25.05.2010 09:09:16

Re: Подумайте. :)

>Соответственно утверждения о случайности сборки пре-РНК годится лишь в смысле "а черт его знает"...

Я вам запрещаю использовать иной смысл?! :)
Или же вы утверждаете неслучайность сборки?

>Конечно чисто случайная сборка РНК с последующей эволюцией намного правдоподобней, чем сборка целого организма, но не думаю, что и тут Господь Бог играл в кости.

Хм. Придётся спросить - что же вы, всё-таки, думаете. Как развивались события установления известной нам формы белковой жизни?
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 09:09:16)
Дата 25.05.2010 11:30:37

Думаю

>>Соответственно утверждения о случайности сборки пре-РНК годится лишь в смысле "а черт его знает"...
>
>Я вам запрещаю использовать иной смысл?! :)
>Или же вы утверждаете неслучайность сборки?
Тут тяжело утверждать, но предполагаю - да. В эволюции значение случайности фундаментально, но случайные события идут на самом низком уровне комбинаций небольших групп атомов. А сама эволюция, в т.ч. дарвиновское поведение - м.с. механизм оптимизации элементарных случайностей. А сборка скорее всего результат эволюции, т.е. отбора форм со случайными изменениями.

>>Конечно чисто случайная сборка РНК с последующей эволюцией намного правдоподобней, чем сборка целого организма, но не думаю, что и тут Господь Бог играл в кости.
>
>Хм. Придётся спросить - что же вы, всё-таки, думаете. Как развивались события установления известной нам формы белковой жизни?
Некорректно говорите. Как жизнь дошла о РНК-мира до жизни такой, более менее ясно. Но вот РНК-мир - это не известная нам форма белковой жизни, а совсем иная форма. Как там в живых лужах шел массообмен и энергообмен, для чего были нужны те или иные особенности и как шел отбор макромолекул - достаточно сложно реконструировать. Все это уровень гипотез, которые еще долго будут требовать проверки. Пока же м.с. выяснили как примерно выглядел этап, предшествующий возникновению клетки и экосистем классического вида (с продуцентами и редуцентами).
От А.Б.
К Вячеслав (25.05.2010 11:30:37)
Дата 25.05.2010 20:59:03

Re: А теперь скажите мне...

>А сама эволюция, в т.ч. дарвиновское поведение - м.с. механизм оптимизации элементарных случайностей. А сборка скорее всего результат эволюции, т.е. отбора форм со случайными изменениями.

По каким параметрам и каким образом идёт "отбор" между реакций и их катализаторов - белков?

>Как жизнь дошла о РНК-мира до жизни такой, более менее ясно.

Совершенно не ясно. не ясно даже как оформилась сама жизнь - из вашего "бульона реакций". наличие жизни подразумевает обособление "зоны реакций" от "внешней среды". Лишь тода начинается вся эта конкуренция с отбором. Не раньше!
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 20:59:03)
Дата 26.05.2010 00:46:37

Скажу

>>А сама эволюция, в т.ч. дарвиновское поведение - м.с. механизм оптимизации элементарных случайностей. А сборка скорее всего результат эволюции, т.е. отбора форм со случайными изменениями.
>
>По каким параметрам и каким образом идёт "отбор" между реакций и их катализаторов - белков?
В дарвиновской системе один параметр - не словить премию Дарвина. И один способ - адаптация.

>>Как жизнь дошла о РНК-мира до жизни такой, более менее ясно.
>
>Совершенно не ясно. не ясно даже как оформилась сама жизнь - из вашего "бульона реакций".
Ничего себе "даже". Это как раз самое главное. А прогресс от РНК-мира лишь в использование более эффективных стройматериалов и катализаторов.
> наличие жизни подразумевает обособление "зоны реакций" от "внешней среды".
Нет. О чем я Вам и толкую. Нет, в смысле микроуровня, а так лужа с реакциями или вся предбиосфера и так обособленны. Я понимаю, что будучи разумным живым организмом несколько тяжело мыслить жизнь не на организменном уровне, но попробуйте. Тем более, что жизнь или вернее преджизнь, это не одна реакция, а вся их совокупность в некотором замкнутом цикле более высокого уровня, вместе с этим циклом.

> Лишь тода начинается вся эта конкуренция с отбором. Не раньше!
Конкурировать могут и не обособленные реакции. Простейший случай когда одна обратимая реакция, тут м.с. конкурируют прямая и обратная. Но вдруг одной попался катализатор... Без цикла это правда пиррова победа будет, но жизнь это настолько конкуренция, насколько и взаимодействие к совместной пользе в виде отсутствия все той же премии дарвина.
От Баювар
К Вячеслав (26.05.2010 00:46:37)
Дата 26.05.2010 13:36:25

Тщательнее надо.

>Конкурировать могут и не обособленные реакции. Простейший случай когда одна обратимая реакция, тут м.с. конкурируют прямая и обратная. Но вдруг одной попался катализатор...

Тщательнее надо. Прямая и обратная реакции не конкурируют. На самом деле прямая идет себе и идет, исходные расходуются, продукты образуются, приходим к равновесию, когда скорость обратной сравнивается со скоростью прямой. Если есть катализатор, то он обе две ускоряет одинаково, что есть азы.

А другого золота в Альпах нет...
От Вячеслав
К Баювар (26.05.2010 13:36:25)
Дата 26.05.2010 14:34:31

Виноват, безусловно Вы правы

>>Конкурировать могут и не обособленные реакции. Простейший случай когда одна обратимая реакция, тут м.с. конкурируют прямая и обратная. Но вдруг одной попался катализатор...
>
>Тщательнее надо. Прямая и обратная реакции не конкурируют. На самом деле прямая идет себе и идет, исходные расходуются, продукты образуются, приходим к равновесию, когда скорость обратной сравнивается со скоростью прямой. Если есть катализатор, то он обе две ускоряет одинаково, что есть азы.

Напальцевый кадавр аналогии не удался. Буду тщательнее.
От А.Б.
К Вячеслав (26.05.2010 00:46:37)
Дата 26.05.2010 09:42:19

Re: Обманули и не сказали. :)

>В дарвиновской системе один параметр - не словить премию Дарвина. И один способ - адаптация.

Это. надо отметить, правильно лишь для жизни в вид организмов. А для "молекул и реакций"? Они могут помереть и не размножиться?! :)

>Ничего себе "даже". Это как раз самое главное.

Так как? Вы сгласны - что жизнь - это обособление реакций, катализаторов. исходных и конечных внутри некой области. Обособление от внешней среды. где реакции, ктатлизаторы, исходные и конечные в другом составе и концентрации. не подходящей для жизни?

Сдается мне - Дарвином - будет невозможно объяснить этот переход от бульона к структуре жизни. :)

>Нет. О чем я Вам и толкую.

Решительно не согласен. Не могу считать химический реактор жизнью. То есть жизнь - набор химических реакций. Но не всякий набор - жизнь.
Разберем подробнее специфику?

>...или вся предбиосфера и так обособленны.

Нет. Идет усреднение концентраций. Что пагубно для... И, к тому же, идет смешение разнонаправленных хим. ветвей "жизненного цикла" - то что потом стало продучентами редуцентами. Без этого равновесия (превращения конечных продуктов реакций в исходные компоненты) - реакции "вымрут сожрав все исходные". Смешение же - приведёт к равновесному состонию. Какая-то возня идет (еле-еле), но в среднем - ничего не меняется.

>Простейший случай когда одна обратимая реакция, тут м.с. конкурируют прямая и обратная.

И все определяется внешними условиями. P, V и T. Кстати - вы не найдете так уж много подобных реакций в живых организмах. Белки заточены на то, чтобы проводить реакцию быстро и до конца, причем с минимумом энергии активации для реакции.

>Без цикла это правда пиррова победа будет...

ак и будет. В среде где "концентраци для всех равны", где все общее и нет обособленного. В среде, где есть лужа - хим. реактор, которая вовсе не пре-жизнь. :)

Так - придумайте как и почему прошло обособление? Что оно прошло - мы все точно знаем. :)
От Вячеслав
К А.Б. (26.05.2010 09:42:19)
Дата 26.05.2010 12:28:04

Нет, все что надо сказал, это видно из того, что Вы задаете правильные вопросы


>>В дарвиновской системе один параметр - не словить премию Дарвина. И один способ - адаптация.
>
>Это. надо отметить, правильно лишь для жизни в вид организмов. А для "молекул и реакций"? Они могут помереть и не размножиться?! :)
Правильно! Как приятно беседовать с умным человеком. Далеко не все комплексы молекул и реакций могут обладать дарвиновским поведением. Помимо ярко выраженного жизненного цикла (появление и исчезновение), они еще должны обладать определенной стабильностью и, архиправильно, уметь распространяться, масшабироваться, разделяться, короче, как-то "размножаться". И все это в условиях конкурирования за реагенты. И при обязательном наличие "мутаций" или, точнее, "информационного шума". Комплексы молекул и реакций должны уметь изменяться методом "тыка" и как-то запоминать полезные результаты. Только тогда они формально смогут помереть и не размножиться (или наоборот). В результате вопрос сводится к поиску реакций и условий удовлетворяющих таким требованиям. А на этом поприще активно потрудился один нобелевский лаурят http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%B9%D0%B3%D0%B5%D0%BD, который для подобных комплексов молекул и реакций, представляющих собой нелинейные автокаталитические цепи, даже ввел специальное понятие - гиперцикл http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B8%D0%BF%D0%B5%D1%80%D1%86%D0%B8%D0%BA%D0%BB_%28%D1%85%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D1%8F%29


>>Ничего себе "даже". Это как раз самое главное.
>
>Так как? Вы сгласны - что жизнь - это обособление реакций, катализаторов. исходных и конечных внутри некой области.
Обособление - да, внутри некоторой области - да, что это область обязательно белковая оболочка - нет. Вполне может быть расщелина под камнем, лужа или вся планета.

> Обособление от внешней среды. где реакции, ктатлизаторы, исходные и конечные в другом составе и концентрации. не подходящей для жизни?
Правильно, либо за счет соседства с другой реакцией, которая существует за счет конечных продуктов первой! Потому я самого начала и веду речь о необходимости и даже первичности "большого цикла". Обособление без структурирования, да и само структурирование возможно только в нем (если играть по правилам ;).

>Сдается мне - Дарвином - будет невозможно объяснить этот переход от бульона к структуре жизни. :)
Одним Дарвином - конечно невозможно. Тут уже без Пригожина, а также еще ряда именитых фамилий просто никуда.

>>Нет. О чем я Вам и толкую.
>
>Решительно не согласен. Не могу считать химический реактор жизнью.
Правильно! Один реактор никак не жизнь.
> То есть жизнь - набор химических реакций. Но не всякий набор - жизнь.
Правильно. Даже не всякий сбалансированный цикл, состоящий из гиперциклов - жизнь. Тут должен быть превышен неймановский http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9D%D0%B5%D0%B9%D0%BC%D0%B0%D0%BD,_%D0%94%D0%B6%D0%BE%D0%BD_%D1%84%D0%BE%D0%BD порог сложности организации самовоспроизводящихся автоматов, дабы не было устойчивой тенденции к вырождению системы.

>Разберем подробнее специфику?
Так разбираем.

>>...или вся предбиосфера и так обособленны.
>
>Нет. Идет усреднение концентраций. Что пагубно для... И, к тому же, идет смешение разнонаправленных хим. ветвей "жизненного цикла" - то что потом стало продучентами редуцентами. Без этого равновесия (превращения конечных продуктов реакций в исходные компоненты) - реакции "вымрут сожрав все исходные".
Правильно, потому прежде всего "большой цикл", можно исходно абиогенный, типа круговорота воды.

> Смешение же - приведёт к равновесному состонию. Какая-то возня идет (еле-еле), но в среднем - ничего не меняется.
Верно. А наша биосфера и есть эта самая "какая-то возня", еле-еле, но в среднем солнечная энергия, поступающая на землю, как излучалась в космос в виде тепла, так и излучается. Только эта возня чуть-чуть структурировалась, в рамках неравновесной термодинамики.

>>Простейший случай когда одна обратимая реакция, тут м.с. конкурируют прямая и обратная.
>
>И все определяется внешними условиями. P, V и T.
Да, конечно, но не только этим.
> Кстати - вы не найдете так уж много подобных реакций в живых организмах.
Это был пример самой примитивной конкуренции.
> Белки заточены на то, чтобы проводить реакцию быстро и до конца, причем с минимумом энергии активации для реакции.
Ферменты - плод длительной эволюции в циклах высокого порядка вложенности.

>>Без цикла это правда пиррова победа будет...
>
>ак и будет. В среде где "концентраци для всех равны", где все общее и нет обособленного. В среде, где есть лужа - хим. реактор, которая вовсе не пре-жизнь. :)
Земля вертится, солнышко освещает лужу циклически, соответственно возможны абиогенные циклы верхнего уровня, которые никогда не будут погашены выравниванием концентраций.

>Так - придумайте как и почему прошло обособление? Что оно прошло - мы все точно знаем. :)
Надеюсь многое разъяснилось?
От А.Б.
К Вячеслав (26.05.2010 12:28:04)
Дата 26.05.2010 13:31:23

Re: Все эти "как-то" остались без ответа, к сожалению.

>Помимо ярко выраженного жизненного цикла....

Вячеслав, не гони лошадей. :)
Мы еще не определились с какого момента отсчитывать начало жизни.
И про необходимые особенности жизненного цикла - тоже не нашли консенсуса.

И первое, что мне приходит на ум - это необходимость "поддерживаться". то есть "антиэнтропийное" поведение, которое потребует расхода энергии. получаемой извне. Вот где-то отсюда, ИМХО, и надо вести отсчёт.

>И при обязательном наличие "мутаций" или, точнее, "информационного шума".

Это-то обеспечивается само собой. Вопрос обратного шага важнее. - Как от структуры белка перейти к РНК?

>Обособление - да, внутри некоторой области - да, что это область обязательно белковая оболочка - нет. Вполне может быть расщелина под камнем, лужа или вся планета.

ПРо белок оболочки - это вы перегнули. Даже сегодня - оболочка в основном липидная. Про масштаб прланеты - тоже явно загнули - не остается места "окружающей среде". :)

Про маштаб расщелины или лужи - скажу что на мой взгляд - тоже великоват масштаб. Он, знаете ли, скорее всего должен быть размера "диффузионно-контролируемого" очага реакции. Что будет близко к клеточным размерам. Ну и вопросом стабильности от механических воздействий при таких масштабах все много проще.

>Правильно, либо за счет соседства с другой реакцией, которая существует за счет конечных продуктов первой!

Вот тут вопрос разделения "пространств" реакций и проявляется во весь рост. :)

>Одним Дарвином - конечно невозможно. Тут уже без Пригожина, а также еще ряда именитых фамилий просто никуда.

Изложите концепцию своими словами, пжлста.

>Это был пример самой примитивной конкуренции.

Лучше примеры поближе искать. Я не тороплю, но...

>Земля вертится, солнышко освещает лужу циклически, соответственно возможны абиогенные циклы верхнего уровня...

Не совсем понял про что вы.
От Вячеслав
К А.Б. (26.05.2010 13:31:23)
Дата 26.05.2010 17:45:54

Так вопросов всегда будет больше, чем ответов

>>Помимо ярко выраженного жизненного цикла....
>
>Вячеслав, не гони лошадей. :)
Тпрууу!!!

>Мы еще не определились с какого момента отсчитывать начало жизни.
>И про необходимые особенности жизненного цикла - тоже не нашли консенсуса.
Я тут не о жизни, а о жизненном цикле неживого объекта. У товаров или у звезд жизненный цикл бывает, так это типа того.

>И первое, что мне приходит на ум - это необходимость "поддерживаться". то есть "антиэнтропийное" поведение, которое потребует расхода энергии. получаемой извне. Вот где-то отсюда, ИМХО, и надо вести отсчёт.
Разумеется! Но только с потоками энергии на нашей планете, даже в безжизненной фазе, вроде проблем не должно быть? А так, конечно, надо исходить из энергетического потока.

>>И при обязательном наличие "мутаций" или, точнее, "информационного шума".
>
>Это-то обеспечивается само собой.
Вот и славно, а то я все боялся что на кибернетическом уровне засядем. А там знаете ли проблемы неуменьшаемой сложности острее стоят.

> Вопрос обратного шага важнее. - Как от структуры белка перейти к РНК?
Не понял, может наоборот, от РНК перейти к белкам?

>>Обособление - да, внутри некоторой области - да, что это область обязательно белковая оболочка - нет. Вполне может быть расщелина под камнем, лужа или вся планета.
>
>ПРо белок оболочки - это вы перегнули. Даже сегодня - оболочка в основном липидная.
Ну, это уже запасы энергии в развитых формах. Вероятно вообще позднее приобретение. А в мембранах это главным образом каркас для мембранных белков. Да и вообще, белковая оболочка или белковый футляр - устойчивое выражение.

> Про масштаб прланеты - тоже явно загнули - не остается места "окружающей среде". :)
Ну наверно понятно, что речь не о глубинах литосферы, а о той зоне где и теперь располагается основная масса живого вещества.

> Про маштаб расщелины или лужи - скажу что на мой взгляд - тоже великоват масштаб. Он, знаете ли, скорее всего должен быть размера "диффузионно-контролируемого" очага реакции. Что будет близко к клеточным размерам.
Или к размерам всяких коацерватов? ;) У нас все же пусть исходно и мало структурированный, но бульон.

> Ну и вопросом стабильности от механических воздействий при таких масштабах все много проще.
Земля большая, условий всяких разных можно много подобрать. Хотя, очевидно, что основная и даже подавляющая масса реакций "с претензией" была нестабильна.

>>Правильно, либо за счет соседства с другой реакцией, которая существует за счет конечных продуктов первой!
>
>Вот тут вопрос разделения "пространств" реакций и проявляется во весь рост. :)
Который и разобран товарищем Эйгеном в его теории гиперциклов.

>>Одним Дарвином - конечно невозможно. Тут уже без Пригожина, а также еще ряда именитых фамилий просто никуда.
>
>Изложите концепцию своими словами, пжлста.
Экий Вы простой, люди об этом тома пишут. ;) Есть класс химических реакций, которые обладают дарвиновским поведением. Это хоть и сложная область, но это чистая химия. Т.е. проблемы случайного возникновения таких реакций крайне выгодно отличаются о проблем случайной самосборки организма. (Тут Господь Бог вполне мог и кости раскинуть) Вопрос, в том, как эти реакции "запитывались". В классическом бульоне процессы сборки и отбора органики и процесс наполнения бульона рассматривались отдельно, что не правильно. Электрические разряды, температуры и прочие излучения его конечно насыщали всякими вкусностями, однако ключевыми представляются регулярные циклические процессы, обеспечивающие перманентную и упорядоченную болтанку бульона. А т.к. такие процессы в силу вращения планеты были, то они очевидно сопровождались некоторыми регулярно воспроизводимыми потоками массо и энергообмена бульона с окружающей средой. Соответственно если бы гиперцикл возник бы в таком потоке, то имел бы регулярную "запитку". Причем преимущество имели бы те гиперциклы, которые способствовали бы стабилизации таких потоков. Т.е. для возникновения жизни надо было, чтобы в рамках пригожинской структуры возник эйгеновский гиперцикл, прием его сложность должна была превысить неймановского порог сложности. В общем, дальше должны идти опыты с имитационным компьютерным моделированием. Только модели чур не я составлю. ;)
От А.Б.
К Вячеслав (26.05.2010 17:45:54)
Дата 27.05.2010 00:22:04

Re: А утверждений без оснований? :)

>Тпрууу!!!

Вот и славненько! :)

>Я тут не о жизни, а о жизненном цикле неживого объекта.

катахрезами балуемся? :)
Давайте серьезнее чуть-чуть.

>Разумеется! Но только с потоками энергии на нашей планете, даже в безжизненной фазе, вроде проблем не должно быть? А так, конечно, надо исходить из энергетического потока.

А вот тут - вам "ой". Не всякая энергия пригодна для жизни (её поддержания). Так что - есть проблема. Тему возникновения пре-митохондрий и становления симбиоза с потребителями АТФ - на повестке дня.

>Вот и славно, а то я все боялся что на кибернетическом уровне засядем.

Зачем заседать? Мы будем периодически наводить мосты с... информация такая категория. что иначе не выйдет.

>Не понял, может наоборот, от РНК перейти к белкам?

Нет. Если был РНК-мир, и оказались полезны белки... то как-то надо информацию об их структуре шифровать-записывать в РНК. Вы ж не станете утверждать, что столь тонко устроенная система как белок рождалась "чисто случайно"?

>Ну, это уже запасы энергии в развитых формах.

Нет, что вы. Фосфолипиды - строительный элемент клеточной мембраны. Основной.

>Ну наверно понятно...

Нет. Я про обособленность от внешней среды.

>Или к размерам всяких коацерватов? ;) У нас все же пусть исходно и мало структурированный, но бульон.

А я про то как возникает сруктурированность. И чем она поддерживается?

>Который и разобран товарищем Эйгеном в его теории гиперциклов.

Ссылку.

>Есть класс химических реакций, которые обладают дарвиновским поведением.

Нет у реакций "дарвинизма". Есть у реакций кинетика. Для появления дарвинизма - нужна более высокая степень организации-структурирования. которая... я не вижу пока как возникла и удержалась. Исходя из эволюционного подхода.


От Вячеслав
К А.Б. (27.05.2010 00:22:04)
Дата 27.05.2010 03:23:07

А этих всегда еще больше, на порядок ;)

>>Тпрууу!!!
>
>Вот и славненько! :)

>>Я тут не о жизни, а о жизненном цикле неживого объекта.
>
>катахрезами балуемся? :)
>Давайте серьезнее чуть-чуть.
Да ладно Вам, устойчивое же выражение, синоним периода существования.

>>Разумеется! Но только с потоками энергии на нашей планете, даже в безжизненной фазе, вроде проблем не должно быть? А так, конечно, надо исходить из энергетического потока.
>
>А вот тут - вам "ой". Не всякая энергия пригодна для жизни (её поддержания).
Если смотреть концептуально, то вопрос не о поддержании, а о возникновении. А после возникновения вполне возможно смена ресурсов (расширение или изменение "экологической ниши").
> Так что - есть проблема. Тему возникновения пре-митохондрий и становления симбиоза с потребителями АТФ - на повестке дня.
Нет, это Вы уж слишком высоко полезли. Причем тут митохондрии? Тут бы с прокариотами разобраться, а Вы уже на органоиды заглядываетесь.

>>Вот и славно, а то я все боялся что на кибернетическом уровне засядем.
>
>Зачем заседать? Мы будем периодически наводить мосты с... информация такая категория. что иначе не выйдет.
Легко, на термодинамическом уровне это всего лишь мера упорядоченности.

>>Не понял, может наоборот, от РНК перейти к белкам?
>
>Нет. Если был РНК-мир, и оказались полезны белки... то как-то надо информацию об их структуре шифровать-записывать в РНК. Вы ж не станете утверждать, что столь тонко устроенная система как белок рождалась "чисто случайно"?
Буду. В РНК-мире было тяжеловато с катализом. А катализатор такая вещь, что вполне подбирается методом тыка, была бы память. А научившись использовать катализаторы, можно было их еще для всяких полезностей приспособить.

>>Ну, это уже запасы энергии в развитых формах.
>
>Нет, что вы. Фосфолипиды - строительный элемент клеточной мембраны. Основной.
Это не отменяет того, что основная масса липидов в организмах используется в виде энергетического резерва. К тому же и в мембранах липиды - это клей для мембранных белков, которые и определяют основные свойства мембраны, кроме чисто механических.

>>Ну наверно понятно...
>
>Нет. Я про обособленность от внешней среды.
Что-то я запутался. Обособленность чего?

>>Или к размерам всяких коацерватов? ;) У нас все же пусть исходно и мало структурированный, но бульон.
>
>А я про то как возникает сруктурированность. И чем она поддерживается?
Как чем? Солнышком и вращением планеты. Короче, диссипацией с шумом.

>>Который и разобран товарищем Эйгеном в его теории гиперциклов.
>
>Ссылку.
Только за деньги.
В смысле, сканов в сети не видно. А так
М.Эйген, П.Шустер. "Гиперцикл. Принципы самоорганизации макромолекул", Изд-во "Мир", М., 1982, 270 стр.
М.Эйген, "Самоорганизация материи и эволюция биологических макромолекул", Изд-во "Мир", М., 1973, 224 стр.

>>Есть класс химических реакций, которые обладают дарвиновским поведением.
>
>Нет у реакций "дарвинизма". Есть у реакций кинетика. Для появления дарвинизма - нужна более высокая степень организации-структурирования. которая... я не вижу пока как возникла и удержалась. Исходя из эволюционного подхода.
Ну знаете, я тут как-то больше нобелевскому лауреату доверяю.
И вообще, темных мест в рассматриваемой мегапроблеме полно, освещать все я просто не в состоянии, т.к. это не мой профиль, впрочем и специалист тут на много чего не смог бы ответить. Но факт в том, что на концептуальном уровне научная мысль уже давно ушла от случайной самосборки клетки. А раз есть концепции то будут и гипотезы, эксперименты и, в конце концов, теории. Собственно они уже есть по отдельным аспектам. В результате все настолько сдвинулось, что сажать Господа Бога за монтаж клетки уже просто не серьезно, а за монтаж чего-нибудь попроще (но с дарвиновским поведением) - опасно, потому как там все еще 10 раз пересмотрено будет. ;) При этом креационизм, даже самый передовой, тут как всегда может лишь критиковать, ничего не предлагая взамен, ну кроме очередной реплики универсальной гипотезы "точечного нарушения правил".
От А.Б.
К Вячеслав (27.05.2010 03:23:07)
Дата 27.05.2010 08:13:48

Re: Ага и увы.

>Да ладно Вам, устойчивое же выражение, синоним периода существования.

Меж устойчивостью и точностью - я выберу точность, зная как устойчивы бывают заблуждения. :)

>Если смотреть концептуально, то вопрос не о поддержании, а о возникновении.

Это одно и то же для стохастического эволюционазма. Случайно возникнув (на момент допустим такую возможность) - чтобы случайно не исчезнуть. этой самой жизни надо начинать борьбу за существование в виде некоей структуры. обладающей бОльшей организацией чем всё остальное вокруг. Так ведь?

>Нет, это Вы уж слишком высоко полезли. Причем тут митохондрии? Тут бы с прокариотами разобраться, а Вы уже на органоиды заглядываетесь.

Ну - давайте снизу (правда тут очень мало знаний и фактов) - что говорят эволюционисты про путь, которым жизнь "подсела" на АТФ?

>Буду. В РНК-мире было тяжеловато с катализом.

И что до того этим РНК? Чем им так плохело, что сшивка аминокислот шла дольше?

>А катализатор такая вещь, что вполне подбирается методом тыка, была бы память.

Смотря для каких реакций. Смотря для каких условий.

>А научившись использовать катализаторы...

Каким местом учится РНК? :)

>Это не отменяет того, что основная масса липидов в организмах используется в виде энергетического резерва.

?! Где бы почитать подробнее про это открытие?

>К тому же и в мембранах липиды - это клей для мембранных белков...

Это ПАВ, формирующий основу оболочки клетки. отделяющей её внутренности от внешнего мира. Белки там - плавают. проходя насквозь. а не приклеиваясь к... не к чему там так уж приклеиваться. И таки да - мембранные белки выполняют кучу важных функций по контролю за составом внутри клетки.

>Что-то я запутался. Обособленность чего?

Жизни.


>Как чем? Солнышком и вращением планеты. Короче, диссипацией с шумом.

Как раз - эти факторы - за энтропию. И против жизни. И использовать их "во благо" жизнь научилась не сразу. если исходить из эволюционизма. :)

>М.Эйген, П.Шустер. "Гиперцикл. Принципы самоорганизации макромолекул", Изд-во "Мир", М., 1982, 270 стр.

Попробую нарыть...

>Ну знаете, я тут как-то больше нобелевскому лауреату доверяю.

А я вредный. я никому на слово не доверяю. :)

>Но факт в том, что на концептуальном уровне научная мысль уже давно ушла от случайной самосборки клетки.

И куда же она тогда пришла ?!?!

>ну кроме очередной реплики универсальной гипотезы "точечного нарушения правил".

Это очень важная точка - точка отсчёта! А эволюционизм. сдаётся мне, и этого не предлагает. ;)
От Вячеслав
К А.Б. (27.05.2010 08:13:48)
Дата 27.05.2010 14:44:57

Се ля ви

>>Если смотреть концептуально, то вопрос не о поддержании, а о возникновении.
>
>Это одно и то же для стохастического эволюционазма.
Лишь концептуально, однако т.к. многие механизмы и процессы изменяются, то видимый процесс при поддержании, в общем случае, мало чего говорит об аналогичном процессе во время создания. Грубо говоря, из того что взрослый трескает мясо не следует, что будучи младенцем он трескал молоко.

> Случайно возникнув (на момент допустим такую возможность) - чтобы случайно не исчезнуть. этой самой жизни надо начинать борьбу за существование в виде некоей структуры. обладающей бОльшей организацией чем всё остальное вокруг. Так ведь?
И так и не так. Вы все никак не оторветесь от организменного уровня. Соответственно надо начинать с дефиниций. Соответственно вопрос - что такое жизнь?

>>Нет, это Вы уж слишком высоко полезли. Причем тут митохондрии? Тут бы с прокариотами разобраться, а Вы уже на органоиды заглядываетесь.
>
>Ну - давайте снизу (правда тут очень мало знаний и фактов) - что говорят эволюционисты про путь, которым жизнь "подсела" на АТФ?
Не помню где читал, но есть мнение, что изначально это был способ защиты (сохранения стабильности) путем сброса энергии.

>>Буду. В РНК-мире было тяжеловато с катализом.
>
>И что до того этим РНК? Чем им так плохело, что сшивка аминокислот шла дольше?
Не плохело, т.с. жить всегда плохо, потому что известно чем это кончается, но вот у кого хорошело, у тех дольше не кончалось (или быстрее воспроизводилось, что особенно актуально для доорганизменного этапа).

>>А катализатор такая вещь, что вполне подбирается методом тыка, была бы память.
>Смотря для каких реакций. Смотря для каких условий.
Это не важно, важно что подбирается, а значит все это может эволюционировать.

>>А научившись использовать катализаторы...
>
>Каким местом учится РНК? :)
Структурой.

>>Это не отменяет того, что основная масса липидов в организмах используется в виде энергетического резерва.
>
>?! Где бы почитать подробнее про это открытие?
Про сало читать надо наверно где-нибудь на Украинских сайтах.;)
А в мембранах по массе белков около 50%. Есть исключения, но все равно меньше 25% не бывает. Хотя если смотреть по головам...

>>К тому же и в мембранах липиды - это клей для мембранных белков...
>
>Это ПАВ, формирующий основу оболочки клетки. отделяющей её внутренности от внешнего мира.
Ну, кто там в основе - это вопрос сложный и где-то даже эволюционный.;) К примеру, зачем нужна мембрана без рецепоторов и транспортеров, я с трудом представляю.

> Белки там - плавают. проходя насквозь. а не приклеиваясь к... не к чему там так уж приклеиваться.
Мембранный белки там м.с. торчат, как-бы вклеенные в бислой.

> И таки да - мембранные белки выполняют кучу важных функций по контролю за составом внутри клетки.
Ага, как и по взаимодействию с окружающим миром, каковое в принципе важнее, чем механическое обособление от него.

>>Что-то я запутался. Обособленность чего?
>
>Жизни.
Без согласованного определения жизни это бесполезно обсуждать. Тут я даже выдвину жесткий тезис - любой организм взятый в отдельности, сам по себе, жизнью не является.

>>Как чем? Солнышком и вращением планеты. Короче, диссипацией с шумом.
>
>Как раз - эти факторы - за энтропию. И против жизни. И использовать их "во благо" жизнь научилась не сразу. если исходить из эволюционизма. :)
Совершенно наоборот, в самом общем термодинамическом определении жизни, диссипация и будет жизнью. М.с. жизнь это процесс рассеивания энергии. А шумы лишь способствуют структурированию в соответствующую неравновесную систему. Т.е. жизнь которая еще не научилась использовать диссипацию во благо - пустое множество. И это именно исходя из эволюционизма.


>>Ну знаете, я тут как-то больше нобелевскому лауреату доверяю.
>
>А я вредный. я никому на слово не доверяю. :)
Что и Матфею, Луке и Иоанну тоже?;)

>>Но факт в том, что на концептуальном уровне научная мысль уже давно ушла от случайной самосборки клетки.
>
>И куда же она тогда пришла ?!?!
Здрасьте! К закономерной самосборке, конечно.

>>ну кроме очередной реплики универсальной гипотезы "точечного нарушения правил".
>
>Это очень важная точка - точка отсчёта! А эволюционизм. сдаётся мне, и этого не предлагает. ;)
Конечно, эволюционизм, как частный случай историзма, предполагает, что у любого состояния было предшествующее состояние, т.е. рассматривают мир как закономерный процесс. А любые точки отсчета типа "первая живая система", "первый организм" или "первый представитель вида" в этом процессе лишь размытые условности. Да и вообще, даже если принять идею наличия Творца вне времени, то перманентный процесс творения мира по излучаемым законам кажется намного солидней, чем точечные марания рук Творца в первичном бульоне. Так по крайней мере больше мотивация быть перманентно благодарным. ;)
От А.Б.
К Вячеслав (24.05.2010 11:02:54)
Дата 24.05.2010 17:24:08

Re: Не упрощайте.

>Строго говоря никто.

Такого не может быть. :)

>Рибосома не берет данные из РНК, рибосома берет саму РНК и использует как матрицу.

Там много интересного - промоутеры, стоп-блоки и т.п. информация, позволяющая стартовать построение белка и завершить его нужным образом. Так что - данные по РНК берутся.

>Не думаю что здесь подходит эта аналогия. Т.к. сам "станком" здесь является не столько рибосома, сколько сама РНК.

РНК способны сами производитьть белок? Ведь вы знаете что это не так. С учётом "трехбуквенного кода" определяющего какую именно аминокислоту используют на текущей стадии наращивания белковой цепи... Конечно это код!

>Вот опять та же проблема - мыслите жизнь лишь на организменном уровне.

Когда-то иного уровня не было. Не так ли? :)
Да и организменного - тоже. Этот аспект вы очень не хотите разбирать, как вижу. :)

>отпадает - т.с. информация всегда была правильной, организмов еще не было, а жизнь уже была.

Что кодировали пре-РНК? в чём их польза была?
От Вячеслав
К А.Б. (24.05.2010 17:24:08)
Дата 24.05.2010 18:54:12

Re: Не упрощайте.

>>Строго говоря никто.
>
>Такого не может быть. :)
Бывает.

>>Рибосома не берет данные из РНК, рибосома берет саму РНК и использует как матрицу.
>
>Там много интересного - промоутеры, стоп-блоки и т.п. информация, позволяющая стартовать построение белка и завершить его нужным образом. Так что - данные по РНК берутся.
Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет" вдоль молекулы и химически взаимодействует с разными участками по-разному. Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять, а их на ней не остается, они м.с. в побитовом режиме переносятся в структуру белка. Ну вспомните винил, разве можно сказать, что игла звукоснимателя взяла данные? Можно ли сказать, что поток воды в трубе, повторяющий изгиб трубы, берет данные об изгибе? Получается, что если кто и берет данные, то только сам синтезированный белок, структура которого хоть как-то отражает РНК.

>>Не думаю что здесь подходит эта аналогия. Т.к. сам "станком" здесь является не столько рибосома, сколько сама РНК.
>
>РНК способны сами производитьть белок? Ведь вы знаете что это не так.
;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка. Если уж брать аналогию станка, то РНК - это сам станок, а рибосома - что-то типа шпинделя.;)

> С учётом "трехбуквенного кода" определяющего какую именно аминокислоту используют на текущей стадии наращивания белковой цепи... Конечно это код!
Только рибосома - не декодер, а транслятор.

>>Вот опять та же проблема - мыслите жизнь лишь на организменном уровне.
>
>Когда-то иного уровня не было. Не так ли? :)
Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня. Если не изменяет память, то при универсальности кода, клеточные мембраны появились многократно и независимо, т.е. "общий предок" всех организмов был не организмом, а чем-то типа лужи, в который шли реакции подобные тем, что сейчас идут в клетках.
> Да и организменного - тоже. Этот аспект вы очень не хотите разбирать, как вижу. :)
Да я не против, только как то у нас в одни ворота получается. Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно. А упомянутый аспект невозможно понять в отрыве от многоуровневой системности жизни, в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни. Вот я чего пытаюсь донести.

>>отпадает - т.с. информация всегда была правильной, организмов еще не было, а жизнь уже была.
>
>Что кодировали пре-РНК? в чём их польза была?
Вот посмотрите, думаю многие вопросы снимутся
http://elementy.ru/news/431013
ну и с этим ознакомьтесь http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%9D%D0%9A_%D0%BC%D0%B8%D1%80
От А.Б.
К Вячеслав (24.05.2010 18:54:12)
Дата 25.05.2010 09:45:14

Re: Вы знаете как работает "компутер"?

>Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет"...

Причем строго в одну сторону. А почему?
Опять же - сборка белка "по программе" начинается не со случайного места. То есть последовательность сборки снабжена доп. информацией, управляющей процессом. Это - точно код.

>Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять

Чтобы "брать" (как я понимаю ваше понимание этого слова в данном контексте) - надо обладать памятью. Но это не обязательно для декодирования. Как аналогия - Жаккардовский станок (ЕМНИП) - где рисунок ткани задается перфолентой. Как вы охарактеризуете такое устройство? Где там программа. Откуда ее можно "брать"?

Получается, что если кто и берет данные...

Обработка данных (декодирование) не предусматривает сохранение полной копии использованной информации. В общем случае.

>;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка.

Это "немного" портит все дело. :)

>Только рибосома - не декодер, а транслятор.

Не только. Еще и сборщик. Трансляция - это работа только с информацией. А тут на выходе - конечная продукция (белок).

>Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня.

Слишком много безответных вопросов. Но, давайте пока остановимся на становлении кода. Каким образом возник механизм "записи информации" - то есть переход от 3-мерной структуры белка в последовательность РНК?

>Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно.

Какие вам концепции?! Там же все прозрачно. принцип был создан. И запущен в жизнь. Обсуждать можно - дополняется ли исходная информация или размывается. :)

>...в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни.

Уровень выше "просто молекул и реакций" - все же жизнь - это бОльшая структурированность.

И чем была ценна "случайная структурированность" для начального этапа? Ответа нету, не так ли?
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 09:45:14)
Дата 25.05.2010 16:26:11

Ага, вот так - у-у-у-у-у!!!

>>Нет, тут эта аналогия некорректна, рибосома просто "ползет"...
>
>Причем строго в одну сторону. А почему?
Есть механизм, после образования очередной пептидной связи, что-та на что-то комплементарное влияет и получается физическое смещение, ориентированное относительно уже сформировавшейся связи, самим способом влияния. Я не помню как там все точно, но помню, что какая-то механика, весьма хитрая, но не более того.

>Опять же - сборка белка "по программе" начинается не со случайного места. То есть последовательность сборки снабжена доп. информацией, управляющей процессом. Это - точно код.
Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)

>>Понимаете, если бы рибосома "брала" данные, то их можно было бы с нее снять
>
>Чтобы "брать" (как я понимаю ваше понимание этого слова в данном контексте) - надо обладать памятью.
Да
> Но это не обязательно для декодирования.
Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.
> Как аналогия - Жаккардовский станок (ЕМНИП) - где рисунок ткани задается перфолентой. Как вы охарактеризуете такое устройство? Где там программа. Откуда ее можно "брать"?
Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон. Команды начала и остановки - это вроде как ближе к коду. А сама структура белка - это уже вроде как шаблон. Тут уже просто проблема выбора метода моделирования процесса, да можно моделировать т.с. "кибернетически" через введение сущностей типа программ и кодов, но в то то и дело, что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики". Т.е. целесообразность применения более сложной модели на это уровне сомнительна. Ну если только не ставить себе целью придание т.с. "кибернетического" веса и прочего информационного тумана. Как аналогия для объяснения технарям чайника типа нас с Вами - это пожалуйста, но биологи достаточно подробно уже описали это все через "механику", где уже собственно не коды, а комплиментарные связи структурных единиц. Мы можем восхищаться такой сложной механикой, типа - ба, да это же натурально код, однако в вопросе происхождения этих систем, чтобы остаться в рамках науки, а не съехать в спекулятивную философию, мы должны мыслить в рамках подробной и четкой модели от биологов, а не на аналогиях и нестрогих обобщениях. А уже имеющаяся модель и есть по-сути уход от кибернетики в механику. Кстати, в рамках такого подхода было выяснено, что сам процесс синтеза не универсален, у ядерных и безъядерных протекает очень по-разному. Общее скорее лишь в химической базе и используемых комплиментарных парах, которые мы и интерпретируем как универсальность кода.

>Получается, что если кто и берет данные...
>Обработка данных (декодирование) не предусматривает сохранение полной копии использованной информации. В общем случае.
Соглашусь. Процессу память не нужна. Но она нужна отдельному устройству. Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.

>>;) Так рибосома - это тоже РНК+немного белка.
>>Это "немного" портит все дело. :)
С чего?
"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК. Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже. Самый главный этап трансляции — присоединение аминокислот к синтезируемой белковой молекуле (реакция транспептидации) — осуществляется молекулой 23S-рРНК. Поэтому логично предположить, что всё началось именно с этой молекулы." (с)
http://elementy.ru/news/431013

>>Только рибосома - не декодер, а транслятор.
>
>Не только. Еще и сборщик. Трансляция - это работа только с информацией. А тут на выходе - конечная продукция (белок).
Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически. А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты, которые обрабатываются "механической" системой из рибосом и РНК, а если кибернетически, то и на выходе не белок, а его структура, т.е. информация.

>>Не так. Судя по всему, когда-то (когда жизнь уже была) не было именно организменного уровня.
>
>Слишком много безответных вопросов.
Ну и что? Любой ответ всегда порождает еще больше вопросов, многие из которых долго остаются безответными.
>Но, давайте пока остановимся на становлении кода. Каким образом возник механизм "записи информации" - то есть переход от 3-мерной структуры белка в последовательность РНК?
"Согласно общепризнанной в настоящее время теории «РНК-мира», на ранних этапах развития жизни все основные функции, которые сегодня выполняются белками, выполнялись молекулами РНК. Появление системы синтеза белка на основе записанных в РНК «инструкций» стало ключевым событием, ознаменовавшим переход от «мира РНК» к привычному нам «белковому миру». Поскольку рибосомы являются центральным компонентом этой системы, вопрос о происхождении рибосом чрезвычайно важен для понимания того, как РНК-организмы превратились в первые прокариотические клетки." (с)

>>Вы то альтернативные концепции от креационизма не предлагаете, а было бы интересно.
>
>Какие вам концепции?! Там же все прозрачно. принцип был создан. И запущен в жизнь. Обсуждать можно - дополняется ли исходная информация или размывается. :)
Ничего себе "прозрачно"! Положим что вопросы структуры мышления и физического устройства субъекта, задумавшего принцип, мы пока трогать не будем(хотя как-то принцип задумывался! как?). Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"? В какой последовательности формировался этот "материальный вид"? Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?

>>...в которой клетка - далеко не самый нижний уровень иерархии жизни.
>
>Уровень выше "просто молекул и реакций" - все же жизнь - это бОльшая структурированность.
Конечно, но это не элементарная жизнь. Не базис. А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции (условно говоря "малый цикл") внизу и большой массо-энергетический цикл (включающий эти реакции, т.с. "большой цикл") вверху. Вот все вместе это уже жизнь, хотя еще и без всякой организменной структурированности. И, кстати, даже без белковых форм.

>И чем была ценна "случайная структурированность" для начального этапа? Ответа нету, не так ли?
Тут не понял, структурированность какого уровня? Если организменного - то это белковый футляр для "малого цикла", дабы обеспечить его стабильность в "большом". Если речь о "ценности" "малого цикла" для "большого", то тут сложнее, хотя гипотезы есть и все они так или иначе крутятся вокруг стабилизации "большого цикла". Короче, тут уже судя по всему переход к пригоженским структурам. Точных ответов, конечно, нет. Но гипотезы есть, их проверяют и уточняют. В общем, проблема статистической невероятности случайной самосборки первого организма уже успешно решена. Уровень невероятности понижен на несколько порядков. Т.е. процесс познания идет и тупиков не видно.
От А.Б.
К Вячеслав (25.05.2010 16:26:11)
Дата 25.05.2010 21:20:22

Re: Я несколько про другое. :)

>Есть механизм, после образования очередной пептидной связи...

Вопрос - сборку белка можно начинать "против шерсти" - то есть прокручивя м-РНК от конца к началу? соберется правильная структура белка или нет?

>Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)

С точки зрения информатики - это код. :)
А для вопроса "считывания" - есть устройсва с памятью состояний и без оного свойства. Но при том это не ограничивает их функциональность по декодированию-трансляции.

>Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.

Вовсе не обязательно. Те же скрэмблеры (кодировка-декодировка речи) - работают без памяти состояния. И разговор не пишут. :)

>Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон.

Я говорю - код. Можете опрвергать мой тезис. :)

>А сама структура белка - это уже вроде как шаблон.

Тоже код. Описание 3-мерной структуры на языке нуклеотидов. Код, однозначно! :)

>... что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики".

Были и механические "ЭВМ". Отличие от нынешних - в легкости изменения кода. Ну и размере памяти под него.

>Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.

Нет. Рибосома - станок с декодером. РНК - "перфолента". И не стоит смешивать код и его носитель. ;)

>С чего?

С белка.

>"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК.

Я не заметил, чтобы было доказана способность "главной единицы" рибосомной РНК справляться с синтезом белка по м-РНК.

>Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже.

Как и за счет чего протекал этот отбор?

>Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически.

Я мыслю комплексно. :) Просто у нас разная смысловая нагрузка для терминов. Но. полагаю, усредним их толкование.

>А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты...

И то и другое на входе. Иначе на выходе будет суп, а не белок.

>...(хотя как-то принцип задумывался! как?).

А как вы задумываетесь? :)

>Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"?

Структурирование с разделением на клетку и окружающую среду. Плюс создание кода. Осмысленного.

>Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?

Да те же принцпы, что открываются сегодня биохимиками. Сдохнуть на зло... на это требуется своя воля. А вопрос когда организмы приобрели эту волю - сложен. :)
Ещё сложнее вопрос - когда зло появилось в материальном мире, и сколько времени властвует им. ;)

>А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции

Это еще не жизнь. Химический реактор на заводе - не живой. но там есть и специфические молекулы и реакции...
От Вячеслав
К А.Б. (25.05.2010 21:20:22)
Дата 26.05.2010 00:19:02

Значит я не так понял ;)

>>Есть механизм, после образования очередной пептидной связи...
>
>Вопрос - сборку белка можно начинать "против шерсти" - то есть прокручивя м-РНК от конца к началу? соберется правильная структура белка или нет?
Не знаю. Подозреваю, что в принципе можно. Кстати, гомохиральность не с этим связана?

>>Это можно представлять как код, но вообще-то это скорее сложная молекулярная механика. ;)
>
>С точки зрения информатики - это код. :)
Ну и прекрасно. Собственно мне и надо зафиксировать, что это код в рамках нормативного использования кибернетического подхода.

>А для вопроса "считывания" - есть устройсва с памятью состояний и без оного свойства. Но при том это не ограничивает их функциональность по декодированию-трансляции.
Пусть.

>>Если декодер - отдельное устройство, то обязательно.
>
>Вовсе не обязательно. Те же скрэмблеры (кодировка-декодировка речи) - работают без памяти состояния. И разговор не пишут. :)
Да ладно Вам, если это не сам алгоритм, а аппарат его реализующий, то там в том или ином виде и ПЗУ с алгоритмом и ОЗУ для каждого шага. Аккурат рибосома в компании с мРНК.;)

>>Хороший пример. Но тут у нас всегда будет некоторое размытие то ли код, то ли шаблон.
>
>Я говорю - код. Можете опрвергать мой тезис. :)
Да мне это не нужно. Важно что кибернетический подход здесь не единственный. Т.е. смотрим на возникновение механизма, а то что он по возникновению оказался еще и чем-то большим (кодом) - дело второе. Такое в эволюции часто бывает. Вон кистеперые отрастили специфические плавники, дабы на мелководье сквозь заросли продираться, а оно оказалось пригодно в качестве сухопутных лап. Или тероподы отрастили перья для теплоизоляции, а они оказались удобными для полета. Или гоминиды встали на задние лапы, а передние освободились для клавиатуры. Почему бы и усложнившейся молекулярной машине не заделаться декодером?

>>А сама структура белка - это уже вроде как шаблон.
>
>Тоже код. Описание 3-мерной структуры на языке нуклеотидов. Код, однозначно! :)
Шаблон трехмерной структуры комплементарной набору нуклеотидов.;) Пусть код, но не забываем про молекулярный механизм.

>>... что на столь низком уровне можно и редуцировать до т.с. "механики".
>
>Были и механические "ЭВМ". Отличие от нынешних - в легкости изменения кода. Ну и размере памяти под него.
Отличный пример. Качественную грань между дверным замком и трехбитным арифмометром определить сможем? ;)

>>Это я к тому веду, что декодером тут является совокупная система из рибосом и РНК.
>
>Нет. Рибосома - станок с декодером. РНК - "перфолента". И не стоит смешивать код и его носитель. ;)
Так на "перфоленте" не только код белка но и алгоритм для рибосомы, и часть молекулярной машины, которая помогает рибосоме ползти. Но в общем, конечно, основной декодирующий алгоритм в РНК рибосомы.

>>С чего?
>
>С белка.
А в чем проблема то?

>>"Ранее уже было показано, что рибосомные белки играют в рибосоме вспомогательную роль: они делают ее более стабильной и повышают эффективность ее работы, однако все главные действия, необходимые для синтеза белка, осуществляются не белками, а рибосомными РНК.
>
>Я не заметил, чтобы было доказана способность "главной единицы" рибосомной РНК справляться с синтезом белка по м-РНК.
"Самый главный этап трансляции — присоединение аминокислот к синтезируемой белковой молекуле (реакция транспептидации) — осуществляется молекулой 23S-рРНК." (с)

>>Это значит, что изначально рибосомы могли состоять только из рРНК, а белки добавились позже.
>
>Как и за счет чего протекал этот отбор?
За счет чего отбирались те механизмы, которые лучше работали на собственное выживание за счет присоединения более эффективных катализатаров? ;)

>>Так не пойдет, то Вы кибернетически мыслите, а то вдруг механистически.
>
>Я мыслю комплексно. :) Просто у нас разная смысловая нагрузка для терминов. Но. полагаю, усредним их толкование.

>>А если механистически, то у нас и на входе не информация, а исходные продукты - аминокислоты...
>
>И то и другое на входе. Иначе на выходе будет суп, а не белок.
У рибосомы без мРНК ничего нет ни на входе, ни на выходе. Рибосома без мРНК - фрагмент машины.

>>...(хотя как-то принцип задумывался! как?).
>
>А как вы задумываетесь? :)
Ну, тут нам куча наук много чего может сказать. Познавательного тупика нет. А у Вас?

>>Но тут и с запуском одна муть. В каком именно виде принцип т.с. "материализовался"?
>
>Структурирование с разделением на клетку и окружающую среду. Плюс создание кода. Осмысленного.
Стоп. Структурирование чего? До структурирования, с окружающей средой что было? Далее, в "плюс создание кода" этот самый "плюс" в какой момент произошел, до структурирования или после? Далее, процессы структурирования с приплюсованием - они мгновенные или растянутые? Далее, физически структурирование как осуществлялось - в нарушение правил, т.е. чисто божественной дланью или по некоторым физическим законам? Вопросы оптимальности создания именно такого осмысленного и универсального кода для всех неосмысленных и специализированных жизненных форм, равно как и инженерно-дизайнерские способности и квалификацию первопричины мы пока не трогаем. ;)

>>Какие при этом были условия, чтобы носитель принципа начал свое тиражирование, а не сдох на зло создателю? Что скажете?
>
>Да те же принцпы, что открываются сегодня биохимиками.
Я не про принципы, а про условия. Это биохимический цикл сразу все в себе содержит. А организму, извините, жрать и гадить..., пардон, осуществлять метаболизм как-то надо?
> Сдохнуть на зло... на это требуется своя воля. А вопрос когда организмы приобрели эту волю - сложен. :)
Да пусть не назло, а просто с голодухи или отравившись собственным дерьмом. Как осуществлялось питание и как работала канализация?

>Ещё сложнее вопрос - когда зло появилось в материальном мире, и сколько времени властвует им. ;)
О да. А кстати, что в дикой природе зло?

>>А в базисе две вещи - специфические молекулы и реакции
>
>Это еще не жизнь.
Вне большого цикла конечно не жизнь. Но я говорил не о "вне".