Рассматривать вопрос надо не исключительно с современных позиций.
>Понятно, что в рамках логики гражданской войны это было так. Погибло множество людей - почему надо выделять именно эту семью?<
Никто такой логики не придерживался. Невозможно не видеть разницы между царской семьёй и "обычной" семьёй.
>У любого убийства есть мотив, но мотив и оправдание - вещи разные. Получается, что расстрел царской семьи был мотивированным, но не оправданным.<
Думается, что решение о расстреле было продиктовано прагматическим соображением: "Есть царская семья - возможны проблемы. Нет царской семьи - не будет проблем" (или будут, но намного меньшие). Грубо говоря, царская семья - это мощное (а может быть и маломощное) идеологическое оружие, которое мог использовать противник (а мог не использовать). Расстрел царской семьи однозначно лишил врага возможности это оружие использовать, каким бы оно не было.