У нас, биологов, границей атома считается радиус Ван дер Ваальса. И это правильно потому что мы самые крутые. Для темных поясню что радиус Ван дер Ваальса это такое расстояние на котором силы притяжения и отталкивания атома равны. Именно этот радиус используется для изображения space filled молекулярных моделей.