Ваша модель может и хороша для переходного периода но не дальше. Интересную мысль высказал Баювар. Отдать все университетам. Либо надо создать сверхцентрализаванноие министерство высшего образования-науку путем слияния АН и минвуза или же оставить все дцецентрализавано. Централизация ведет к монополии и сверхдоходам. Если учесть, что земельная рента в будушем государстве будет народной встанет вопрос о монопольных надбавках. Естественно ученые будут требовать все большую и большую интеллектуальную ренту. Им же все будет очень сложно. Это особенно будет им легко сделать если будет сверхцентрализация.
Напротив, если будут финансироваться проекты под конкретного Лаврентия Павловича и конкурировать за проэкты будут независимые университеты, то монопольная добавка будт разумной.
Вон как Александр взвился - покусились на его свяхсенную корову.
Что касается НИИ то видимо надо использовать немецкий опыт институтов Макс Планка.
Там такой институт создается под конкретного ученого, очень крупного. Финансирование почти без ограничений. Учет - публикации в журналах с самым высоким импакт фактором. После ухода Ученого на пенсию институт весь расформировывается.
Я лично за конкуренцию, а то ученые Вам нагородят такого, что вся страна будет работать только на их амбиции, как это было с вице-президентом Овчинниковым, когда целые институты делали последовательность одного белка, чтобы он стал первым. Американцы же все равно сделали раньше, всего одна лаборатория и более точно. так что конкуренция и программно-целевое планирование - вот наиболее перспективный выход.