|
|
От
|
Александр
|
|
|
К
|
константин
|
|
|
Дата
|
15.03.2002 22:03:25
|
|
|
Рубрики
|
Образы будущего;
|
|
Re: Можно
>>Неужели Вы всерьез считаете, что ДНК расшифровывают на Pentium-IV с производительностью 0.7 GFLOPS?
>
>Давайте спросим об этом у биологов, их тут много на Форуме, насколько им нужен именно суперкомпьютер в сравнении с другими средствами.(Например - электронным микроскопом или просто компьютером.
Разумеется, автоматический сиквератор нужнее. Тоесть прибор, способный давать вольт пятсот постоянного напряжения при сотне миллиампер тока, поддерживать в закрытой камере 500Х500Х100 мм камере температуру в 50С, две ровные стеклянные платы 400Х400мм чтобы заливать между ними акриламидный гель, по которому будут разгоняться сиквенсовые реакции, лазер, и фотоэлементы сканирующие нижнюю часть геля и считывающие какие флюоресцентные красители в данный момент проходятчерез финишную прямую геля. Компьютер в таком аппарате должен запоминать последовательность цветов считанную лазером в каждой дорожке геля и выдавать ее либо на принтер либо на экранчик. Полоска каждого цвета в каждой дорожке проходит через финишную прямую 2-3 секунды. Всего дорожек порядка 50. 8080 процессор вполне справится.
Одного аппарата на институт достаточно.
Автоматический синтезатор олигонуклеатидов. Аппарат, в который вставляется колоночка с матрицей, к которой пришит первый нуклеотид. В эту колоночку подается второй нуклеатид с защищенным 3' гидроксилом, идет реакция, пришивающая второй нуклеатид к первому, избыток нуклеотида смывается с колоночки, удаляется защитная группа с 3' гидроксила свежепришитого нуклеотида и добавляется третий нуклеотид, пришивается, колоночка промывается, удаляется защитная группа и т.д. От компьютерного узла требуется принять у пользователя последовательность (10-60 букв) и потом щелкать клапанами, подавая на колонки необходимые в данный момент реагенты. 8080 процессор более чем достаточно.
Одного аппарата на институт досьаьочно.
Программируемый термостат, который может делать температурные циклы, типа
94С 30 сек
50С 1 минута
72С 5 минут
Температуры, продолжительность шагов и количество циклов должны программироваться с точностью до градуса и секунды. От компьютерного узла требуется принять программу и орудовать нагревательными и охладительными элементами во исполнение. Некоторые модели просто таскают блок пробирок из бани в баню
Один на лабораторию.
Вообще, гораздо важнее чистые реагенты, ферменты, изотопы. С первым были проблемы, второе на уровне, третье - у нас гораздо лучше чем у буржуев.
Подавляющее большинство технологий легко воруется ибо опубликованы, и еще легче воспроизводятся, ибо состоят из стандартных процедур. Деньги экономит сумасшедшие. Наделать за 2-3 дня реагента, рыночная цена которого за миллион долларов - обычное дело.
Большинство других аппаратов - термостаты, качалки или склеенные из плексиглаза коробки разнообразных форм.
Компьютеры нужны чтобы делать поиск литературы, поиск свежеотсиквенированной последовательности ДНК по банку уже известных на предмет похожести. 40 мГц 80386 компьютер справлялся, хотя приходилось оставлять поиск по банку на ночь.
Суперкомпьютнры используют для обслуживания поисковых нужд тысяч пользователей. По-настоящему они нужны для всякой молекулярной динамике, но это все баловство. Предсказывать трехмерную структуру белковой молекулы они все равно не могут. Полезны суперЭВМ кристаллографам. Им по картинке рентгенновской дифракции нужно восстановить трехмерную структуру молекулы. Опять же, обходились и 20 лет назад, и 40. Обработка двумерных ЯМР-ов тоже, говорят, кое-каких вычислений требует, но тут я совсем не в курсе. Чтобы крутить получившиеся молекулы так и эдак, лекарства к ним примерять, полезна хорошая видеокарточка. Но современных бытовых вроде GeForce2 MX4 хватит выше крыши.
> Сколько генетически модифицированных семян не ввози, селекционером не станешь.
Самое смешное что генетически модифицировать для наших нужд никто и не станет. На кой растить что-нибудь в замороженой пустыне? А у журжуев проблемы другие. Им то побольше ненасыщенных жирных кислот понадобится потому что насыщенные "вредно", то решат наоборот, что вредно ненасыщенные и надо побольше насыщенных. А вот полиненасыщенные им не нравятся потому что на воздухе сшиваются кислородом (тот же процесс что и при "засыхании" масляных красок) и от посуды или от плиты не отдерешь. Так что норовят замочит фермент, делающий из мононенасыщенных жирных кислот полиненасыщенные. Короче, они для себя балуются и на наши нужды им плевать. Да и "ген терминатор" для таких целей есть для любителей импорта. Чтобы во втором поколении семена невсхожие получались.
Что до опыта индустриализации так теперь дело хуже. Наш хлеб им и даром не нужен. У них своего теперь выше крыши. За счет с/х в наше время не индустриализуешься.