Резкое отличие было по части генетики (евгеники). См. статью о Мухолюбах
В случае фашизма главной идеологией было истребление "неполноценных рас" и лиц - нацисты по-моему этого и не скрывали. У Сталина в соответствии с биологией Мичурина и Лысенко была другая идеология: преполагалась возможность улучшения природы человека путём воспитания. Например, использовалось массовое образование (для всех бесплатное), бесплатные библиотеки, массовая наука (в каждом колхозе - хата-лаборатория) и не менее массовая культура (колхозные и рабочие театры как в известном фильме - "а не замахнуться ли нам...").
Например, даже в лагерях военнопленных поляков были многочисленные научные кружки, показывали фильмы общего проката 1940 г. наподобие "Любимой девушки", и приезжал театр - сторонники геббельсовской версии катынского расстрела никак это не комментируют, но в их же талмудах "для объема" это почему-то вписано (наряду с другими характерными деталями, такими как толстые пачки денег и золотые изделия в карманах у расстрелянных, которые нашла немецкая комиссия Бутца, и честно вписала в свой отчет).
Есть и еще один пункт "биологических" различий: идеологи фашизма считали вредным смешение рас (и полезным - в применении, скажем, к растениям - длительный инцухт, самоопыление), тогда как Мичурин, к примеру, использовал отдаленную гибридизацию (судя по его книге http://imichurin.narod.ru/ , чуть ли не только ее) и последующее "воспитание" гибридов, наследственность которых он считал нестабильной, пригодной для адаптации к условиям внешней среды. Ну и соответственно фонтан "Дружба народов" на ВДНХ помнят я надеюсь все.
Начиная с 1936 г. Лысенко вступил в конфликт с т.н. генетиками по вопросу о самоопылителях (польза или вред смешения рас растений): до этого генетики (и Вавилов) его захваливали на всех съездах, и расхождений по научной части у них не было.
В статье о генетиках-"мухолюбах" и в других публикациях того периода различие между советскими (мичуринскими) и евгеническими (западными) генетиками прослеживается достаточно четко:
«В то время как демократическое общество еще неохотно признает расовые различия, — можно было прочитать в «Журнале наследственности» в 1933 году, — вся генетика в целом ведет к заключению, что расовые смешения ослабляют и уничтожают ценные человеческие породы. Жизненная сила повышается только в чистопородных расах путем длительного отбора. Смешение рас в большинстве случаев ведет к расовой дегенерации».