Поскольку основным способом хищения явлется заранее заложенное недофинансирование, то первопричину и нужно устранить. Тот кто занимается НИОКР разумеется не может предвидеть все и вомможно что заложенной сметы не хватит. Но есть существенная разница между выделение 2-5% средств на НИОКР и попил их и 100% выделение средств и незавершение на 10-20% работ по объективным причинам. Обосновать выделение дополнительных средств на работу сделанную на 80% все равно намного лучше для государства чем попиливание бесконечного числа 2% средств.
Но ни разу не сталкивался с 2% финансированием работ. Может правда страна все-таки та же, но отрасль другая. Но тогда проблема не в системе, раз отдельные отрасли в ней все-таки функционируют.