НИОКР может недофинансироваться в обмен на обещание потом закупить партию в оговоренном количестве и стоимости.
Как правило, в процессе работы выясняются всякие новые обстоятельства (не выдуманные, хотя и не без них) и проект требует продолжения, в том числе и нового финансирования. Заранее оценить стоимость работы редко кому удается. Просчеты решаются по-сталински. Заказчик в свою очередь обычно не компетентен и не может правильно составить ТЗ.
По опыту, ни один НИОКР себя не окупил. Отдача случается только при повторном использовании результатов, но для других товарищей.
Оценить качество выполненной работы очень трудно. Юридически не возможно вовсе.
Поскольку основным способом хищения явлется заранее заложенное недофинансирование, то первопричину и нужно устранить. Тот кто занимается НИОКР разумеется не может предвидеть все и вомможно что заложенной сметы не хватит. Но есть существенная разница между выделение 2-5% средств на НИОКР и попил их и 100% выделение средств и незавершение на 10-20% работ по объективным причинам. Обосновать выделение дополнительных средств на работу сделанную на 80% все равно намного лучше для государства чем попиливание бесконечного числа 2% средств.
Но ни разу не сталкивался с 2% финансированием работ. Может правда страна все-таки та же, но отрасль другая. Но тогда проблема не в системе, раз отдельные отрасли в ней все-таки функционируют.