>Как осуществлялись в немецкой армии наказания за воинские преступления (дезертирство, невыполнение приказа и проч.) в период войны с СССР?
военный трибунал
>Были ли какие-либо аналоги штрфрот?
насколько помню - 22 июня 1941 на Остфронте был один штрафной батальон. В 1942 была сформирована 999-я бригада Африка - солдаты там все были осужденные военными судами, сержанты и офицеры - обычные. В 1943 эта бригада развернута в Дивизию (три пехотных и артиллерийский полки).
>Отдельно - по заградотрядам. Была ли схожая практика у немцев?
если в смысле "пальбы из Максимов по бегущим" - то не было.