Да, на Си-47 стояли родные движки, это сказывалось, например, при групповых полетах + могло быть некоторое утяжеление конструкции от перевода на метрическую систему.
На Ли-2 все же АШ-62ИР, а на тех С-47 что нам поставляли - стояли уже весьма продвинуте 53й и последущих серий, с которых можно было снять на 10 а то и 20-25% больше мощности... Плюс на некоторых вообще были и ДРУГИЕ двигуны (С-47 С-47 большая рознь -- самолеты в ходе выпуска здорово отличались - когда не хватало чего то не комплексовали ,меняли скажем R1820 на R1830 и вперед). А конструкцию не перетяжелили. Просто у нас была куча дополнительного оборудования у амеров съемного (грузовой полик и прочее) а у нас неотьемного. Плюс двигуны с обвязкой у нас тяжелее на 150-200 кило. А что делать
Вот и вышло, что в среднем С-47 были процентов на 20 грузоподьемнее Ли-2. Зато не было парного шпангоута куда можно было турель поставить УТК.