Проблема лишь в том, что как "атеизм", так и "мракобесие" - это термины, которые могут трактоваться в самом широком смысле. И с одной стороны атеист может быть сторонником просвещения (тоже неоднозначное понятие) и противником обскурантизма. А с другой - ничто не мешает атеисту оказаться на "тёмной стороне".
Атеисты, агностики, игностики, апатеисты и т.д. и т.п. - все в совокупности так же, как и теисты пытаются так или иначе определиться с рациональным ответом на вопрос об иррациональном. В то время, как подлинно рациональный ответ дал Вовочка в известном анекдоте: "Если там никого нет, то зачем кричать? А если там кто-то есть, то зачем портить с ним отношения?"