Я ни разу об этом не слышал, во всяком случае. Система такого рода - ну то есть суда комплексного снабжения - должная быть рассчитана на four-shooters, самые старые "лоси", у которых кроме 4-х 53-см носовых ТА ничего нет, то есть погрузка только через ТПЛ. А через ТПЛ в море грузить что-либо запрещено у них, он используется только в целях возможной медицинской эвакуации чела на носилках для загрузки в висящий вертолет (в рубочный люк стандартные флотские носилки не пролазят).
Тем более странно было бы обнаружить факты перегрузки оружия в море в УВП более новых лодок. Я не утверждаю что их нет, я просто не знаю и ни разу не видел упоминаний о подобном, но в принципе это должна быть крайне трудоёмкая и очень опасная погрузочная операция.