Прежде чем выбирать механизм хранения, нужно определиться с тем, в каком виде Вы хотите хранить. То есть, как тут выше отметили, проработать структуру классификатора (-ов), определить критерии отнесения к тому или иному классу. И только после этого выбирать инструмент.
Инструмент всгда вторичен, первично понимание цели. Если голова есть, то и с обычными папками можно поддерживать приемлемый порядок. А если все бестолково, то бардака даже в самой лучшей БД не избежать.
Если сами с инструментом определиться не сможете - покажите проработанный классификатор специалисту, он Вам даст исчерпывающие рекомендации.