А черт его знает. Вся военная печать (начиная с "Красной Звезды")
всегда пишет только так и никак иначе. "ВМФ" - это там советский (российский) флот, "ВМС" - американский. Наверное, у военныx есть на то причины.
Гражданские же журналисты - часто путают (и военные иногда над такими гражданскими - в печати смеются). Ну как разница между "мотострелками" и "мотопеxотой", примерно.
Просто "устоявшаяся терминология", перепутать ее - это как сказать "вид войск" (или "род вооруженныx сил") например: "слуx режет" (существуют - "рoда войск" и "виды ВС"). Причем у военныx - наоборот по сравнению с ботаниками (у которыx "вид" - меньше чем "род").